Пятидесятилетний Алонсо с удовлетворением возвращается в роли пастыря в епархию, где он родился. Новый сан не отдаляет его от короля: кроме обязанностей личного секретаря, Альфонс V доверяет ему обязанности наставника его незаконнорожденного сына Ферранте. Он постоянно обращается к нему за советом при решении споров, раздирающих Арагонское и Кастильское королевства. В промежутках между его пребываниями при дворе Алонсо направляется в Хативу, где узнает об увеличении числа его родственников. 1 января 1432 года в доме на
Алонсо не замыкается на внутренних делах Испании. Его повелитель поверяет ему свои неаполитанские замыслы. Когда в ноябре 1434 года умирает король Людовик III Анжуйский, королева Жанна II едва успевает, до своей смерти 2 февраля 1435 года, назначить наследником Рене, брата анжуйского претендента. Так как Рене является пленником герцога Бургундского, его жене Изабелле Лотарингской, старшей дочери герцога Миланского Филиппо Марио Висконти, приходится храбро выступить против Альфонса V. И она одерживает победу. В Понца 5 августа 1435 года Альфонс V терпит сокрушительное поражение в морской битве. Он взят в плен, и его удерживают в Милане. Правда, в тюрьме ему удается обольстить своего надзирателя, и тот становится его другом. Так королю удается освободиться, и он снова начинает свое наступление на королевство Неаполитанское.
Епископ Валенсийский не щадит себя и помогает своему королю на поле битвы. Великое арагонское начинание против Неаполя становится колониальной экспедицией, в которой участвует весь народ. В последующих кампаниях участвуют дворяне Альфонса, которым обещаны богатые владения, но он опирается еще и на местных крупных вельмож, врагов анжуйского претендента — таких, как принц де Таренте, Джованни Антонио дель Бальцо Орсини, а также на потомков каталонских семей, поселившихся в Неаполе в прошлом веке — на старшую ветвь Борха. Он сталкивается с Джакомо Вителески, прелатом-кондотьером, которого папа Евгений IV направил для помощи Изабелле, жене Рене Анжуйского, а также с собственным кондотьером анжуйского принца Джакомо Кальдора. Немилость первого, смерть второго в 1439 году навсегда похоронили анжуйские претензии. Наконец 12 июня 1442 года Альфонс захватывает столицу. В следующем году он торжественно въезжает в нее на золоченой колеснице, запряженной четырьмя белыми скакунами. Он проезжает по улицам, усыпанным цветами, аллегорические сцены представляют Фортуну, Добродетели и Цезаря, попирающего картину мира.
Начиная с этого момента Альфонс занимается организацией своего королевства. Царит анархия. Вместо того чтобы восстанавливать прежние свободы, король, посоветовавшись со своими юристами, централизует власть. Семь самых крупных должностей в королевстве, советы, магистратуры переданы каталонским и арагонским семьям — Авалос, Гевара, Сентельес, Кардона и Мила. Епископ Валенсийский является главной пружиной в этой реорганизации, кульминацией которой становится учреждение
Король Арагонский и Неаполитанский мог теперь отомстить папе Евгению IV, активному стороннику Рене Анжуйского. Папа подвергается враждебным нападкам церковного собора, собравшегося в Базеле: 25 июня 1439 года собрание низложило его, и на его место был избран 5 ноября бывший герцог Савойский Амедей VIII, взявший имя Феликса V. Как и во времена антипап Пеньисколы, Альфонс V не сделал выбора между двумя папами. Но после своего неаполитанского триумфа он уже не колеблется. Он больше склоняется к союзу с Римом. Этот союз положит конец постоянным войнам между Неаполем и Римом. Для того чтобы донести свои мирные предложения до Евгения IV, он выбирает Алонсо де Борха.