Шарлотта д’Альбре еще при жизни мужа укрылась в монастыре города Бурже, который основала ее подруга Жанна Валуа, бывшая жена Людовика XII, чей брак с ним был аннулирован буллой Папы Александра VI. Жанна умерла в один год с Чезаре. Тогда Шарлотта с дочерью перебралась жить к своему отцу. Герцогиня Валентинуа купила поместье Ла Мотт-Фейи, где прожила свои последние годы жизни. Шарлотта много занималась благотворительностью и часто проводила время в молитве. Перед смертью она оставила завещание, по которому поручила свою дочь Луизу заботам графини Ангулемской, при дворе которой девушка прожила три года. Шарлотта распорядилась похоронить своетело в монастыре Бурже, а сердце – в церкви Сент-Илер в Ла Мотт-Фейи, где оно и находится до сих пор в алебастровом и мраморном мавзолее, построенном на 7 лет позже.
Луизу Борджиа выдали замуж 7 апреля 1517 года в возрасте 16 лет за губернатора Бургундии французского полководца Луи II де ла Тремуйля. От отца она унаследовала титул герцогини Валентинуа, а от матери – титул мадам де Шалю. Ее первый брак был бездетным. Луи де Тремуй был убит в битве при Павии 24 февраля 1525 года, и в возрасте 24 лет Луиза осталась вдовой. Второй раз она вышла замуж уже в 30-летнем возрасте за Филиппа де Бурбона, барона де Бурбон-Бюссе. Супруги поселились в замке Бюссе, где сделали радикальную реконструкцию и прожили в счастливом браке до самой смерти Луизы в 1553 году в возрасте 53 лет.
Ее муж пережил жену на 4 года и скончался в 1557 году. У пары было 6 детей, потомки которых до сих пор живут в Европе. Среди них, например, Сикст Генрих Бурбон-Пармский, претендент на троны Испании, Франции и Пармы. Сейчас ему 83 года, он живет во Франции и считает себя регентом Испании. Парма давно входит в состав объединенной Италии, а Франция является республикой. Потомки Чезаре Борджиа и Шарлотты породнились также с династией Богарне, родом из которой был Александр Богарне, первый муж Жозефины, жены Наполеона Бонапарта.
Кроме того, у Чезаре Борджиа было, по крайней мере, 11 внебрачных детей, это только те, о которых известно. Двое из них – сын Джироламо и дочь Камилла Лукреция родились от фрейлины его сестры Лукреции Борджиа по имени Друзилла в тот период времени, когда она еще жила в Риме. После смерти брата Лукреция забрала обоих его детей в Феррару и растила сама. Камилла Лукреция стала монахиней, а потом и настоятельницей монастыря Сан-Бернардино в Ферраре. Ее брат Джироламо Борджиа был дважды женат. В первом браке у него родилась дочь Ипполита, потомки которой до сих пор живут в Европе.
Про остальных любовниц Чезаре и его незаконнорожденных потомков мало что известно. Например, хронист придворной жизни Екатерины Медичи Пьер Брантом считает, что герцог Валентинуа был двойной ориентации, и что у него были отношения с турецким принцем Джемом, причем не только платонические. Стоит отметить, что Брантом родился в 1540 году, через 33 года после смерти Чезаре Борджиа, поэтому он не мог знать лично ни самого Чезаре, ни принца Джема, и тем более что-то точно знать об их отношениях. О его связи с Санчей Арагонской уже было упомянуто, причем инициатива была со стороны именно Санчи.
Обвинение в изнасиловании Екатерины Сфорца – сложный вопрос. Графиня Имолы и Форли была к тому времени трижды вдовой и родила 8 детей. Учитывая ее характер и долгое воздержание, вполне можно предположить, что с ее стороны особого сопротивления не было. К тому же Чезаре был молодым, красивым, сильным и непобедимым полководцем, редко кто из женщин мог устоять перед ним, тем более женщина зрелого, но вполне еще детородного возраста. Хотя и про это ничего точно не известно. Может быть, никакой связи между ними и не было.
Есть также сведения о том, что в 1500 году у Чезаре был роман с одной флорентийской куртизанкой по имени Фиаметта Микаэлис. Это была не рядовая проститутка, а богатая и образованная служительница любви. Она знала латынь и греческий язык, любила поэзию, хорошо пела и играла на лире. Скорее всего, Чезаре пользовался услугами куртизанок и в Риме – такой человек, как он, не мог долго жить в условиях воздержания. А ведь мы помним, что его законная жена постоянно отказывалась к нему приехать, и он ее больше никогда не видел после свадьбы. Но никакая внебрачная связь Чезаре не вызвала скандала, кроме одной – истори я с Доротеей Малатеста.
Когда и от кого герцог Валентинуа заразился сифилисом – точно неизвестно. Возможно это произошло примерно в 1497 году, когда он вернулся из Неаполя после коронации Фридриха I Неаполитанского. Хотя некоторые упоминают более раннюю дату – 1495 год. Эта болезнь была тогда распространена повсеместно, скорее всего, ей страдал также его верный слуга и киллер Микелотто.
О любовной связи Чезаре с родной сестрой Лукрецией говорилось уже много – очень маловероятно, что такое вообще было возможно. Они любили друг друга искренне и нежно, но именно как брат и сестра.