Но он не успел даже вскочить на коня, как был арестован именем короля и королевы Испании Фердинанда Арагонского и Изабеллы Кастильской. Дело в том, что Чезаре в свое время надеялся получить защиту короля Фердинанда и королевы Изабеллы. Но монархи запротестовали – они не хотели покровительствовать человеку, который совершил так много преступлений и за которым тянется такая ужасная слава. Возможно, сыграло роль мнение Марии Энрикес, герцогини Гандии, которая до сих пор была уверена в том, что именно Чезаре убил ее мужа и своего брата Хуана.
Но главное было то, что Папа Юлий II перехитрил Борджиа и на этот раз. Он написал испанским монархам гневное письмо, в котором упрекал их за поддержку преступника Борджиа и намекал, что в этом случае они лишатся его папского благоволения. К тому же он написал о том, что Гонсало де Кордоба пренебрегает интересами Испании и связался с союзником Франции герцогом Валентинуа. Фердинанд и Изабелла были возмущены этим, они отдали приказ Гонсало арестовать Чезаре Борджиа и доставить его в Испанию. Кордоба не мог ослушаться приказа короля, поэтому ему пришлось пойти на предательство и арестовать Борджиа.
Чезаре привезли в кандалах в Испанию в августе 1504 года и заключили в тюремную башню под названием «Печь». Ему было всего 29 лет – в наше время в этом возрасте жизнь только начинается, а жизнь Чезаре Борджиа была почти закончена. Место вокруг было красивое, но его камера с решетками на окнах находилась под строгим наблюдением. Только сейчас, наконец, Чезаре Борджиа понял, что предал его, казалось бы, друг Гонсало де Кордоба, почувствовал на собственной шкуре, что это значит – быть преданным.
Испанцы держали Борджиа в изоляции до тех пор, пока он не сдал Юлию II крепость Форли.
Но и после этого Чезаре не освободили, а просто перевезли в Валенсию по желанию Фердинанда Арагонского и посадили в замок Чинчилья. Это было первое и последнее посещение бывшим епископом Валенсии своей епархии. Но и это место показалось испанскому королю не самым надежным. Дело в том, что Чезаре попытался оттуда бежать и столкнул коменданта крепости со стены замка. К счастью для последнего, неудачно. Тогда его перевели в более суровую и мощную крепость Ла Мота в городе Медина дель Кампо. Ни хлопоты друзей и сторонников Чезаре, ни прошения его сестры Лукреции Борджиа о смягчении участи брата – ничего уже не могло помочь герцогу.
Самым известным в этой истории стал случай, когда один из приближенных Чезаре Борджиа по имени Бальдассаре да Шипионе был настолько возмущен арестом своего вождя, что вызвал на поединок… всю страну! Вернее, он заявил, что вызывает на поединок любого испанца, который посмеет утверждать, что испанские монархи Фердинанд и Изабелла не запятнали свою репутацию тем, что арестовали герцога Валентинуа несмотря на охранное письмо. Конечно, это было по-детски с его стороны. Тем не менее ни один испанец так и не принял вызов. Хотя возможно, что его просто не восприняли всерьез. Дона Микелотто и Таддео делла Вольпа по приказу Юлия II освободили из тюрьмы, так и не добившись от них никаких показаний. Впоследствии они переехали во Флоренцию. Дона Мигуэля Корэльо даже назначили на должность барджелло – капитана флорентийского войска.
Чезаре провел в крепости Ла Мота два года. Там же в это время жила в одиночестве Хуана Безумная, будущая законная королева Кастилии, дочь Фердинанда Арагонского и Изабеллы Кастильской. Хуану изолировали из-за ее нестабильной психики. Изабелла Кастильская умерла 26 ноября 1504 года, их единственный с Фердинандом II сын Хуан и старшая дочь Изабелла скончались еще раньше.
По завещанию Изабеллы королевой Кастилии стала Хуана Безумная, а регентом при ней – ее отец Фердинанд II Арагонский. Но на деле регентом жены объявил себя муж Хуаны Безумной Филипп I Австрийский из рода Габсбургов. Он отстранил от власти Фердинанда и заключил жену в крепость Ла Мота. Филипп был первым королем из рода Габсбургов на троне Испании, но его правление длилось недолго – через два года он заболел оспой и умер 25 сентября 1506 года.
После его смерти в стране начались беспорядки и анархия, Хуана совсем обезумела, и править Кастилией пытался ее отец Фердинанд II Арагонский. Он узнал некоторые подробности о деятельности Гонсало де Кордоба и удостоверился в том, что полководец действительно вел двойную игру с Испанией и Францией. Появились слухи о том, что король Фердинанд собирается освободить Борджиа и даже поставить его во главе войска, отправляющегося в Италию. Но король так и не решился на этот шаг – он боялся гнева Римского папы, которым все еще был Юлий II.