Дела Чезаре после смерти отца шли не очень-то хорошо. Сначала засуетились Орсини – они начали строить разные планы мести и способы вернуть себе все свое имущество. Потом против правления Валентинуа восстали жители Урбино, которые любили и уважали своего прежнего правителя. Местное население свергло людей Чезаре с государственных постов и изгнало их из города. В Урбино вернулись торжествующие супруги Гвидобальдо да Монтефельтро и Елизавета Гонзага, которые отсутствовали четыре месяца.
Вслед за ними прежние князья постепенно отвоевали Камерино, Перуджу, Читта дель Кастелло, Пезаро, Римини, Форли и Фаэнцу. Враги Борджиа искали помощи Венеции, которая теперь охотно им помогала, в то время как Флоренция все еще соблюдала нейтралитет. Постепенно государство, с таким трудом созданное герцогом Валентинуа, начало рушиться как карточный домик. Леонардо да Винчи покинул армию Чезаре и вернулся во Флоренцию. На мертвого отца рассчитывать больше на приходилось, на французов, похоже, тоже.
Юлий II сначала вел себя довольно странно в отношении герцога Валентинуа. Он сам имел троих внебрачных детей и подозревал, что и Чезаре является его внебрачным сыном, а вовсе не Александра VI. Дело в том, что Ваноцца Каттанеи была любовницей Джулиано делла Ровере перед тем, как сойтись с Родриго Борджиа. Так что это вполне могло быть возможно. Юлий II грозился, что теперь, когда он, наконец, стал понтификом, он заставит Ваноццу сказать правду о том, кто же настоящий отец Чезаре.
Валентинуа совершил грубую ошибку, поверив Юлию II на слово. Трудно понять, почему такой хитрый и осторожный человек, как Борджиа, поверил бывшему врагу. Может быть, тот усыпил его бдительность тем, что сражался в составе его армии?
Поначалу Юлий II демонстрировал свое расположение к герцогу Валентинуа, и многие даже посчитали его любимчиком понтифика. Папа сдержал обещание и подтвердил его должность гонфалоньера и капитан-генерала папских войск, а также папского викария в землях Романьи и Умбрии. Кроме того, понтифик делал вид, что хочет способствовать помолвке своего племянника Франческо Мария делла Ровере, наследника герцогства Урбино, и Луизы Борджиа, дочери Чезаре и Шарлотты. Тем более что разница всего 10 лет в возрасте жениха и невесты в те времена была абсолютно незначительной. Еще Юлий II пообещал устроить свадьбу своей племянницы, дочери Венаццо Варано, с Джованни Борджиа, прозванным «дитя Рима».
Чезаре написал Шарлотте д’Альбре и приказал ей срочно приехать с дочерью в Рим, не придумывая никаких оправданий. На этот раз жена даже на потрудились ответить на его письмо. Это было знаком того, что после смерти Александра VI она ни в грош не ставила ни своего мужа, ни вообще семью Борджиа. Без понтифика они были никто – обычные испанцы «из понаехавших». Все титулы и владения Валентинуа больше не играли никакой роли, а расположение к нему Папы Юлия II было фальшивым. В отличие от мужа Жанна понимала, что новый Папа что-то задумал против Борджиа, и точно что-то нехорошее.
Однако герцог Валентинуа верил, что Юлий II нуждается в нем, чтобы противодействовать претензиям Венеции на возврат территорий Романьи. Серениссима хотела вернуть обратно все свои потерянные владения и добивалась этого от нового понтифика. Наконец, не дожидаясь разрешения Римского папы, венецианские войска захватили Римини, и туда вернулись Малатеста. Но уже не как хозяева, а только как губернаторы. Вслед за этим венецианцы штурмовали Имолу, но неудачно – все местные жители встали на защиту своего города.
Узнав об этом, Чезаре Борджиа забеспокоился и начал собирать войско, чтобы отправиться на защиту своих земель. К ноябрю он уже собрал необходимое количество воинов и рассчитывал на поддержку Юлия II, но доброе отношение понтифика к герцогу Валентинуа оказалось лишь иллюзией. На самом деле Папа собирался отобрать у него все вплоть до самой маленькой крепости. Юлий II был по характеру больше военачальник, чем святой отец. При нем церковь стала действительно воинствующей. Но она воевала не с еретиками: целью Папы было завоевание новых земель для присоединения их к Папской области.
Еще одна проблема Борджиа была в том, что нужно было проезжать через Тоскану, а флорентийское правительство медлило с выдачей разрешения на проезд через свои земли, несмотря на постоянные хлопоты Никколо Макиавелли. Тогда герцог Валентинуа, горя нетерпением, решил изменить маршрут: добраться из Остии морским путем до Генуи, а оттуда с северо-запада прибыть в Романью, миновав Феррару. Но в Остии герцог был арестован по приказу понтифика, доставлен в Рим и помещен под стражу в Апостольском дворце.