Тем временем в Риме Папа Александр VI с сыном Жофре воевали с династией Орсини. Они арестовали членов этой семьи и конфисковали их имущество. Жофре со своими отрядами сражался с мужчинами из этого рода прямо на улицах Вечного города. Наконец, Орсини собрали все свои силы и засели за городом в крепости Чери с целью отправиться походом на Рим против папы. Александр VI срочно призвал на помощь Чезаре, который явился в Ватикан 26 февраля 1503 года. Он осадил крепость Чери, став во главе папских войск, и выбил оттуда Орсини с помощью военных машин, которые спроектировал Леонардо да Винчи. 38 дней понадобилось Борджиа на то, чтобы захватить крепость. Александр VI был настолько счастлив, что сам лично пожелал посетить Чери.
Однако это повлекло за собой потерю Сиены, которая по приказу короля Людовика XII вернулась под власть Пандольфо Петруччи. Тогда Чезаре поставил перед собой цель: снова завоевать Сиену, а потом Пизу и Лукку.
Но соседние могущественные державы не хотели смириться с установлением власти нового государя, который все время жаждал расширить свои владения. Поэтому Флоренция пыталась создать союз четырех городов: с Сиеной, Пизой и Луккой для отпора армии Валентинуа. К тому же весной 1503 года положение французов в Италии пошатнулось, и папа Александр VI с Чезаре Борджиа оказались в очень трудной ситуации. Они больше не могли рассчитывать на помощь Людовика XII в предоставлении своих солдат для их армии.
Тогда святой отец и герцог Валентинуа начали вести переговоры с врагами французов испанцами. Об этом узнал секретарь Александра VI Франческо Троке и решил открыть глаза французскому королю на предательство понтифика. Троке тайно покинул Рим и отправился на корабле на Корсику. Его настигли и привезли обратно в Рим. После допроса, который ему устроил сам Чезаре, Франческо Троке был убит. Версии его смерти самые разные: по одной – его вывезли на корабле в море и утопили, возможно, сбросили в море с того самого корабля, на котором он отправился на Корсику. По другой – задушили в замке Святого Ангела. Никаких доказательств и документов по делу Троке не найдено, так же как и о сговоре Борджиа с испанцами.
Но несмотря на свою жестокость, Чезаре старался быть щедрым со своим народом и навести порядок и справедливость в завоеванных им землях. Он назначил губернатором Романьи испанца Рамиро де Лорка, но однажды того нашли обезглавленным на площади города Чезена. Его голова при этом была насажена на копье, а тело в одеждах губернатора лежало рядом. Все долго размышляли над тем, кто и почему так жестоко расправился с губернатором и, конечно, ни у кого не вызывало сомнений, что это дело рук Валентинуа. Но за что? Поговаривали, что Рамиро пытался изнасиловать сестру герцога Лукрецию Борджиа, когда гостил у нее в Ферраре по дороге в Романью. Это и вызвало гнев Валентинуа. Но это было неправдой.
В конце концов, сам Чезаре объяснил причину своей расправы над губернатором. Оказалось, что тот пользовался своим положением, притеснял народ, увеличивал налоги, воровал и брал взятки. Но самым отвратительным было то, что Рамиро тайно продавал Венеции зерно, которое Чезаре Борджиа лично собирал, чтобы раздавать народу бесплатно во время голода. За это он понес заслуженное наказание. К тому же Рамиро де Лорка вел за спиной у герцога тайные переговоры с Орсини, Вителли и Бентивольо. Тех, кто пытался обокрасть его самого, или его людей, жителей завоеванных им земель, герцог Валентинуа судил сам и наказывал жестоко, но, как он сам считал, справедливо. Смерть де Лорка не вызвала никакого сожаления у жителей Чезены, Форли, Фаэнцы и Имолы, это подтверждают летописи городов.
Герцог Валентинуа старался наладить административную и хозяйственную жизнь своего государства. Он вновь закупил зерно на Сицилии на случай голода, большие корабли с отборной пшеницей уже разгружались в портах Романьи. Чезаре не собирался менять традиции завоеванных городов и сажать на административные должности своих людей. Работников муниципалитетов по-прежнему выбирал народ. Валентинуа назначал только верховного правителя и председателя трибунала, при этом он старался привлечь к себе на службу лучших юристов Романьи и щедро платил им жалованье. Он старался реорганизовать свою армию и уже мечтал о королевской короне.
Герцог Валентинуа хотел завоевать новые земли, что означало новые походы и сражения. И для этого ему были нужны надежные и верные солдаты. Не чужеземные наемники, которые воюют только за деньги и в любой момент могут перейти во вражескую армию, а местные жители, уважение и доверие которых Чезаре старался завоевать. И ему это неплохо удавалось – народ Романьи уже оценил преимущество его правления по сравнению с прежними мелкими князьями.