Все кругом говорили, что Папа отравил кардинала кантареллой, настолько были похожи симптомы. В доказательство своей невиновности Александр VI велел, чтобы во время церемонии отпевания кардинала Орсини он лежал в гробу с открытым лицом. Тем самым Папа хотел показать, что никаких пятен, то есть следов отравления на нем нет. Но это произвело противоположный эффект – начали говорить о том, что яд Борджиа не оставляет следов. В ответ на обвинения матери кардинала в мошенничестве понтифик ответил, что он сдержал слово и вернул ей сына. Правда, не упомянул о том, что вернул его уже мертвым. В одном из писем сыну Александр VI пишет о напитке, который уже готов, чтобы быть отправленным кардиналу Орсини «во славу Блаженных». Когда Джан Баттиста хоронили – на его лице все-таки проступили черные пятна.
Паоло Орсини и Франческо Орсини, герцог Гравина были заключены в крепость Кастель делла Пьеве и убиты 18 января 1503 года руками того же Микелотто. Одного из них он задушил, а другого утопил в реке. Помиловали только Орсино Орсини, мужа Джулии Фарнезе, любовницы папы. Такая кровавая бойня была вполне в духе герцога Валентинуа. После этого Никколо Макиавелли покинул войско Чезаре Борджиа и вернулся во Флоренцию.
Стоит заметить, что многие современники восхищались и хвалили Чезаре за его «великолепный обман». В условиях военного времени эта казнь вызывала больше согласие и одобрение, чем ненависть и отвращение. Сам Чезаре утверждал, что заговорщики хотели убить не только его самого, но и через него добраться до понтифика с целью свергнуть его с трона Святого Петра, а, может быть, и убить. Герцог Валентинуа, по мнению многих, проявил политический реализм, целью которого во все века является захват и удержание власти.
Людовик XII, например, заявил, что Валентинуа совершил акт возмездия, достойный самого Римского императора. А жители города Фермо были только счастливы, что он избавил их от тирана Оливеротто, которого они люто ненавидели. Они с восторгом приняли решение понтифика назначить новым сеньором города малолетнего Родриго Арагонского, сына Лукреции Борджиа и герцога Бишелье. Хотя малышу тогда еще не исполнилось и трех лет, он казался местному населению лучшим правителем, чем прежний тиран и преступник Оливеротто.
Изабелла д’Эсте настолько восторгалась расправой Валентинуа с мятежниками, что лично выслала ему несколько дорогих масок, чтобы прикрывать изуродованное сифилисом лицо. Чезаре подавлял любого своего противника, который стоял на пути к его цели – окончательному завоеванию Романьи. Макиавелли посвятил резне в Сенигаллии небольшой трактат: «Описание способа, которым герцог Валентино убил Вителоццо Вителли, Оливеротто да Фермо, сеньора Паоло Орсини и герцога Гравину Орсини». Этот эпизод он упоминает вновь в главе VII своего произведения «Государь».
Зимой 1503 года Чезаре стал бесспорным властителем Романьи и собирался двигаться дальше, продолжая создавать свое монархическое государство. Первым делом он присоединил к своим владениям Читта дель Кастелло. Его жители даже не пытались сопротивляться и сами распахнули перед герцогом ворота – они уже знали о казни своего правителя Вителоццо Вителли. Затем Чезаре вторгся в Умбрию и занял городок Монтелеоне д’Орвието. Вскоре после этого Александр VI пригрозил отлучением от церкви жителям Перуджи, если они не изгонят своего правителя Джан Паоло Бальони, который был участником заговора Маджоне и спасся только благодаря тому, что не поверил обещаниям Валентинуа о заключении мира.
Джан Паоло сначала собрал в городе союзников с их отрядами. Приехали Гвидобальдо да Монтефельтро, сын Паоло Орсини, племянник Вителоццо Вителли и Джанмария Варано. Они вместе собирались дать отпор войскам Борджиа. Но как только гонец принес весть о том, что армия Валентинуа уже близко и через пару дней будет под стенами города, Бальони струсил и сбежал в Сиену. Его гости тоже быстро разъехались, и Перуджа была вынуждена подчиниться власти Борджиа. Правда, местные жители не особенно огорчились: семья Бальони славилась своей жестокостью на всю Италию, и они были только рады избавиться от их тирании.
После Перуджи Чезаре нацелился на Сиену, где правил тиран Пандольфо Петруччи, бывший когда-то главой заговора Маджоне. Валентинуа так и сказал послам Сиены в Риме: «Отрубив руки заговора, я хочу, наконец, добраться до головы». Герцог не стал даже поднимать оружие, он просто пригрозил жителям Сиены, что если они сами не изгонят Петруччи, то им не поздоровится. Повторять ему не пришлось – население Сиены с готовностью приняло его условие, и Пандольфо добровольно покинул город. Сиена была первым городом, захваченным им в Тоскане. И последним.