Правда, иногда между ними пробегала черная кошка. Однажды до Альфонсо дошли слухи о предположительном происхождении «дитя Рима» Джованни, которого он считал сыном Чезаре. Он подслушал разговор о том, что этот ребенок, возможно, является сыном Лукреции то ли от папы, то ли от брата, то ли от какого-то неизвестного мужчины. Как истинный неаполитанец, герцог Бишелье вспылил и вызвал жену на откровенный разговор, усомнившись в ее верности и в своем отцовстве ребенка, которого она носила. Лукреция в долгу не осталась и пригрозила, что если он будет продолжать в таком духе, то ее брат Чезаре со своими преданными убийцами быстро его успокоит и докажет его отцовство. Напуганный Альфонсо не выдержал и тайно сбежал из Рима в августе 1499 года, оставив беременную жену. Герцог Бишелье добрался сначала до земель семьи Колонна, затем в Неаполь, а оттуда в городок Дженаццано, где он почувствовал себя в безопасности.
Из Дженаццано Альфонсо написал письмо Лукреции, предлагая присоединиться к нему, но его перехватили агенты Александра VI. Папа был в такой ярости, что изгнал из Рима Санчу Арагонскую и приставил охрану ко дворцу Санта-Мария ин Портико, чтобы у Жофре и Лукреции не возникло соблазна сбежать и присоединиться к своим супругам. Сначала Александр VI отправил послов к Фридриху II Арагонскому с требованием вернуть Альфонсо. Он обещал ему всяческие блага и неприкосновенность, но тот не поверил и отказался вернуться.
Тогда Папа отправил Лукрецию и Жофре в Сполето, причем назначал свою дочь губернатором этого города. На младшего сына он не рассчитывал как на надежного правителя – Жофре был слишком инфантилен и предпочитал работе охоту и светские развлечения. Лукреция и Жофре отправились в дорогу жарким летним днем, во время путешествия они остановились в городке Терни и посетили средневековый замок Мадзанколи. Потом, перед въездом в Сполето, они сделали остановку в замке Поркария, где переоделись в парадные одежды. Они торжественно въехали в Сполето верхом в сопровождении свиты. От палящего солнца Лукрецию защищал золотой балдахин. Население города приняло детей Папы дружелюбно и приветствовало их криками и аплодисментами.
Город Сполето – это северный аванпост Рима. Таким образом Папа продемонстрировал свою преданность французской армии, которая захватила Миланское герцогство. Несмотря на то что Лукреция и Жофре были связаны брачными узами с Арагонской династией, им пришлось блокировать неаполитанские войска, посланные на помощь Милану. Пока Жофре Борджиа предавался праздной жизни, его сестра активно работала в роли губернатора Сполето. Лукреция рассматривала прошения и жалобы, ей удалось создать корпус маршалов для обеспечения порядка в городе и примирить жителей Сполето с соседним городом Терни (спор вышел из-за местечка Чези). Эта 19-летняя девушка обладала удивительным даром уметь заставить людей слушать ее и подчиняться ей.
Губернаторство Лукреции в Сполето длилось около двух месяцев. Потом Александру VI удалось, наконец, успокоить ее мужа и убедить его вернуться к жене. За это он пообещал отдать ему во владение город Непи. Поэтому в середине сентября любящий и раскаявшийся Альфонсо Арагонский появился в Сполето и поспешил в замок своей жены, где состоялось их примирение. В Сполето супруги как будто переживали второй медовый месяц. В свободное время они гуляли по зеленым холмам Умбрии, покрытым зеленью, виноградниками и оливковыми рощами. Эти места хранили память о древней цивилизации этрусков, следы Ганнибала, который проходил здесь со своим войском и боевыми слонами. Они совершали конные прогулки, или охотились вместе с Жофре. А их ночи были такими же страстными, как в Риме, несмотря на беременность Лукреции.
23 сентября супруги Бишелье отправились в крепость Непи, где их ожидал сам понтифик. Он принял дочь и зятя с распростертыми объятиями. Папа и на самом деле был очень рад видеть Лукрецию после долгой разлуки, но теперь ему приходилось постоянно обманывать дочь, давая пустые обещания насчет безопасности ее мужа. Чтобы уверить дочь и зятя в своих добрых намерениях, Александр VI специальной буллой передал им во владение город Непи и подчиненные ему территории. Казалось, что теперь они могут быть спокойны и вернуться в Ватикан, где никто даже пальцем не тронет Альфонсо Арагонского.
На самом деле Александр VI вел двойную игру, которая впоследствии так восхищала Макиавелли: он был союзником севера и французского короля Людовика XII, который кроме Милана претендовал и на Неаполь. И в то же время понтифик уверял в своей дружбе и поддержке неаполитанского короля Фридриха II Арагонского и давал ему несбыточные обещания, которые даже не собирался выполнять.