Один дьяк Ив. Тимофеев осмелился прямо поставить пред своим читателем вопрос о виновности Бориса в смерти царевича, но и то лишь потому, что в конце концов убедился в вине Бориса и готов был доказывать его преступность. Он решался спорить с теми, кто не желал верить вине Бориса. „Где суть иже некогда глаголющий, яко неповинна суща Бориса закланию царского детища?“ — спрашивает он, принимаясь собирать улики на Годунова. Но Тимофеев — исключение среди пишущей братии его времени: он всех откровеннее, он простодушно смел, искренен и словоохотлив. Все прочие умеют сдержать свою речь настолько, что ее смысл становится едва уловимым; они предпочитают молчать, чем сказать неосторожное слово. Тем знаменательнее и важнее для историка две особенности в изложении дел Бориса независимыми и самостоятельными русскими писателями XVII века. Если исключим из их числа таких односторонних авторов, как панегирист Бориса патриарх Иов и панегирист Шуйских автор „Повести 1606 года“, то сделаем над прочими такое наблюдение: во-первых, они все неохотно и очень осторожно говорят об участии Бориса в умерщвлении царевича Димитрия, а во-вторых, они все славят Бориса как человека и правителя. Характеристика Бориса у них строится обыкновенно на красивой антитезе добродетелей Бориса, созидающих счастье и покой Русской земли, и его роковой страсти властолюбия, обращающей погибель на главу его и его ближних. Вот несколько тому примеров.
В хронографе 1616–1617 гг., автор которого, к сожалению безвестный, оставил нам хорошие образчики исторической наблюдательности и литературного искусства, мы читаем о смерти царевича одну только фразу, что он убиен „от Митьки Качалова да от Данилки Битяговского; мнози же глаголаху, якоже убиен благоверный царевич Дмитрий Иванович Углицкой повелением московского боярина Бориса Годунова“. Далее следует риторическое обращение ко „злому сластолюбию власти“, которое ведет людей в пагубу; а в следующей главе дается самая благосклонная оценка Борису как человеку и деятелю. Упокоив и устроив свое царство, этот государь, „естеством светлодушен и нравом милостив“, цвел „аки финик листвием добродетели“. Он мог бы уподобиться древним царям, сиявшим во благочестии, „аще бы не терние завистные злобы цвет добродетели того помрачи“. Указывая на эту пагубную слабость Бориса, автор сейчас же замечает: „но убо да никтоже похвалится чист быти от сети неприязньственного злокозньствия врага“, то есть диавола. Итак, об участии Бориса в угличском убийстве автор упоминает с оговоркою, что это лишь распространенный слух, а не твердый факт. Не решаясь его отвергнуть, он, однако, относится к Борису как к жертве „врага“, который одолел его „злым сластолюбием власти“. Гораздо больше, чем вине Годунова в смерти царевича, верит автор тем „хитростройным пронырствам“, с помощью которых Борис отстранил Романовых от престола в 1598 году. Эти пронырства он скорее всего и разумеет, говоря о „завистной злобе“ Годунова. В остальном же Борис для него — герой добродетели. С жалостливым сочувствием к Борису говорит он особенно о том, как внезапно была низложена врагами „доброцветущая красота его царства“.
Знаменитый Авраамий Палицын не менее осторожен в отзывах о роли Бориса в „углицком деле“. По его словам, маленький царевич говорил и действовал „нелепо“ в отношении московских бояр и особенно Бориса. Находились люди, „великим бедам замышленницы“, которые переносили все это, десятерицею прилыгая, вельможам и Борису. Эти-то враги и ласкатели „от многие смуты ко греху сего низводят, его же, краснейшего юношу, отсылают и не хотяща в вечный покой“. Итак, не в Борисе видит Палицын начало греха, а в тех, кто Бориса смутил. Ничего больше келарь не решается сказать об „углицком деле“, хотя и не принадлежит к безусловным поклонникам Годунова. Следуя основной своей задаче — обличить те грехи московского общества, за которые Бог по карал его Смутою, Палицын обличает и Бориса, но „углицкое дело“ вовсе не играет роли в этих обличениях.