Реконструировать источник взялся его издатель В. К. Клейн. Он обратил внимание на ржавые пятна, покрывавшие страницы документа. При различной величине пятна имели сходную конфигурацию. Клейн предположил, что дело подверглось воздействию влаги еще в то время, когда хранилось в архиве в виде свернутого в «столбец» свитка. Более всего пострадали наружные листы, ближе к центру размер пятен сокращался, а внутри они вовсе исчезали, так как вода туда не проникла. Следя за размерами пятен, В. К. Клейн уложил разрезанные листы в нужном порядке, и тогда перед ним предстал связный и полный текст, в котором отсутствовали лишь первые листы. Логично было предположить, что эти листы, служившие оберткой свитка, размокли и отвалились сами собой. Известно, что в старину рукопись скатывали, и потому последние листы оказывались наружными — к ним подклеивали новые. Однако в угличском свитке подмочен не конец, а начало рукописи. Почему? Дело в том, что после завершения работы свиток всегда перематывали: ведь раньше люди читали, как и в наши дни, от начала к концу. В архиве документы хранились подготовленными для чтения. Сказанное и объясняет, отчего у угличского «столбца» отмокли не конечные, а начальные листы. При Петре I архивы перешли на новую систему хранения документов. Неудобные и громоздкие «столбцы» петровские архивариусы перекомпоновали в тетради. Им пришлось разрезать угличский свиток на отдельные листы, которые в дальнейшем оказались перепутанными. Так угличское дело приобрело нынешний вид.
Существует мнение, что сохранившиеся угличские материалы являются беловиком, составленным в Москве канцелярией Годунова, тогда как черновики допросов в Угличе не дошли до наших дней. Палеографическое исследование рукописи опровергает такое мнение. В угличском следственном деле можно обнаружить примерно шесть основных почерков писцов. А кроме того, в тексте документа имеется но крайней мере 20 подписей свидетелей-угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Как могли свидетели, не покидавшие Углича, подписать беловик, составленный в Москве?
Существует мнение, что Годунов направил в Углич преданных людей, которые заботились не о выяснении истины, а о том, чтобы заглушить молву о насильственной смерти угличского князя. Такое мнение не учитывает ряда важных обстоятельств. Следствием в Угличе руководил князь Шуйский, едва ли не самый умный и изворотливый противник Бориса. Один его брат, как мы помним, был убит повелением Годунова, другой погиб в монастыре. Сам Василий Шуйский провел несколько лет в ссылке, из которой вернулся незадолго до событий в Угличе. Инициатива назначения Шуйского принадлежала скорее всего Боярской думе. Исследователей смущало то, что Шуйский несколько раз менял свои показания. Сначала он клялся, будто смерть Дмитрия была случайной, затем стал говорить о его убийстве. Подобные изменения в показаниях заслуживали бы внимания, если бы Шуйский выступал свидетелем обвинения. Между тем Шуйский был следователем, притом он вел следствие не единолично. Церковное руководство направило для надзора за его деятельностью митрополита Гелвасия. В состав комиссии Шуйского входили также окольничий Клешнин и думный дьяк Вылузгин. Клешнин поддерживал дружбу с Годуновым, но, кроме того, он был зятем «героя» угличской истории Михаила Нагого. Вылузгин руководил Поместным приказом и среди приказных чиновников занимал одно из первых мест. В Угличе он имел в своем распоряжении штат подьячих. На них и лежала вся практическая организация следствия. Члены комиссии придерживались различной политической ориентации. Каждый из них зорко следил за действиями «товарища» и готов был использовать любую его оплошность.
Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит лучшей проверкой любой политической акции. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивало угличский «обыск».
Есть основания утверждать, что угличский источник стал жертвой ретроспективной оценки событий.
К моменту смерти царевича не исчезла полностью возможность рождения законного наследника в семье Федора. Никто не мог точно предсказать, кому достанется трон. Из ближних родственников царя наибольшими шансами обладал не Годунов, ими обладали Романовы.