Согласно Е.М. Овсянникову, ссылающемуся на книгу англичанина Смита, которая была издана в Лондоне в 1708 г., в феврале 1625 г. в Стамбул с тайными поручениями от Конгрегации пропаганды веры прибыли агенты-иезуиты. Первый из них, упоминавшийся выше Берилль, как писал Смит, должен был «внушить турецкому правительству, что благодаря содействию и убеждениям Кирилла были возбуждены к войне с турками казаки, подчиненные патриарху Константинопольскому в духовных делах», а второй обвинял Кирилла в том, что тот, имея тайные сношения с Испанией, препятствовал заключению турецко-испанского союза. Под войной подразумевался в первую очередь набег на Босфор, совершенный казаками в 1624 г., однако они подлежали духовному ведению московского, а вовсе не константинопольского патриарха, хотя он и имел авторитет в среде украинского казачества.
Т. Роу относит начало подрывной операции на год раньше и говорит, что для ее осуществления Рим прислал трех агентов: помимо названного Берилля, который должен был, как говорилось, поднять казаков именем патриарха, еще некоего мирянина, имевшего задачу пропагандировать «мир для испанца», и «иезуита-грека, практичного прозелита, обученного в Риме, по имени Канаки Росси».
«Отважные русские казаки, — излагает события Е.М. Овсянников, — приплыли на судах к Босфору, опустошили берега его и выжгли несколько селений в окрестностях самой столицы. Страх объял турок при виде столь грозного и неожиданного неприятеля. Пользуясь всеобщим смятением, иезуиты поспешили оклеветать Кирилла Лукариса как виновника этого государственного бедствия». По словам цитируемого автора, они «внушили правительству, что полчища казаков, угрожавшие столице, исповедуют греческую веру, что патриарх, глава православного народа, не раз посещал их земли (очевидно, этим клеветники намекали на пребывание Кирилла Лукариса в Юго-Западной Руси, в Молдавии и Валахии) и имел тайные сношения с их предводителями, что если они осмелились теперь явиться в виду самого Константинополя, то сделали это именно с тою целью, чтобы возмутить греков и побудить их к восстанию, о чем будто бы помышлял и патриарх».
Согласно сведениям Т. Роу, Кирилла и его окружение обвиняли в том, что они хотели втянуть греков в мятеж, а «многие из них посланы к казакам, чтобы побудить их к соединению по случаю экспедиции великого синьора в Азию и таким образом изгнать его навсегда из Европы».
Великий везир уже был готов поверить этим обвинениям и обрушить свой гнев на патриарха. Но скоро обстоятельства переменились не в пользу клеветников: казаки отступили, в Стамбуле все было спокойно, а в защиту Кирилла выступили послы двух протестантских стран, Англии и Голландии, с которыми он поддерживал связи, видя в протестантах союзников по борьбе с католицизмом.
Патриарху удалось оправдаться, однако, как считает Е.М. Овсянников, воспоминание о клевете, «по-видимому, глубоко запало в душу султана Амурата (Мурада IV. —
По словам Е.М. Овсянникова, враги Кирилла подкупили «огромными подарками» везира Байрам-пашу, пользовавшегося особым благоволением падишаха. Когда последний отправился в Азию для завоевания Багдада, Байрам-паша «донес отсутствующему султану, что патриарх Кирилл Лукарис пользуется весьма большим авторитетом у греков, что по его наущению казаки недавно взяли приступом город Азов, что он человек злонамеренный, что в особенности должно опасаться, как бы он теперь, когда Константинополь не имеет войска, не возбудил греков к восстанию, что все эти опасения исчезнут, если Кирилл будет предан смерти. Султан, взбешенный гневом и подозрениями, уступил его советам и произнес роковой приговор о смерти, весьма скоро доставленный гонцом в Константинополь». Патриарх, схваченный янычарами, 27 июня 1638 г. был посажен в лодку, в ней удавлен и выброшен в море.
В 1657 г. обвинение в заговоре повторилось в отношении другого константинопольского патриарха, Паисия, но на этот раз оно сразу повлекло за собой убийство предстоятеля и, кроме того, резню стамбульских греков.