Отвечая на приветствия, С. П. Боткин говорил: «…25 лет служения родине, обществу и горячо любимому юношеству… не составляли для меня труда, это давало мне ряд наслаждений, в которых я черпал силы для своих работ, и вы поймете теперь мое смущение при виде тех почестей, которыми вы все меня осыпали. Приношу вам мою глубокую благодарность за это горячее сочувствие. Я не смею принять его как лично мне принадлежащее. При виде такого многочисленного собрания я не смею и этого относить к своей личности.
Я думаю, что вы собрались здесь не столько чествовать личность, сколько чествовать идею труда на пользу отечества, на пользу нашей родины…»
Желающих приветствовать Боткина было так много, что зал городской думы не мог всех вместить. На Думской площади собралась двухтысячная толпа. Это была молодежь и люди, которых лечил и которым оказывал помощь Сергей Петрович Боткин.
На юбилей Боткина широко откликнулась пресса. В № 7 «Медицинского вестника» в статье, посвященной празднику в думе, говорилось: «Общественное сознание привыкло издавна видеть в Сергее Петровиче Боткине стойкого борца за правду, за справедливость, за свободу, за веру в лучшее будущее. Слухи о чутком, сердечном отношении знаменитого клинициста к страданиям родной земли, ее нуждам, ее несчастьям поддерживали всегда живую связь между Сергеем Петровичем и лучшими сынами отечества».
Великий поэт-демократ Н. А. Некрасов посвятил С. П. Боткину в своей поэме «Кому на Руси жить хорошо» главу «Пир на весь мир». С чуткостью поэта и прозорливостью борца за народное дело Некрасов увидел в деятельности Боткина главное — заступничество за народ. «Народным заступником» назвал его Некрасов, и это название, как и «чудесный доктор», характеризовали деятельность Сергея Петровича.
Несмотря на ухудшение здоровья и большую общественную деятельность, Сергей Петрович продолжал работать в клинике. Теперь вопросы административные уже не требовали его внимания, клиника жила полной, ритмичной жизнью, во всем чувствовался пульс хорошего наполнения, как говорят врачи. Ученик С. П. Боткина Н. Я. Чистович писал в своих воспоминаниях: «Клиника Боткина была как бы большой семьей». Однако в ней, по выражению Чистовича, существовали и иерархия и строгая дисциплина. С. П. Боткин был высшим авторитетом, одобрение которого повергало в сильную радость, неодобрение — убивало.
К приходу Сергея Петровича в клинику собирались все врачи (было их человек двадцать). Сергей Петрович, выслушав доклад ассистента, шел в аудиторию. Обычно все ординаторы присутствовали при лекции. Лекции его были все так же интересны, как и в первые годы, и каждый раз он вносил в них что-нибудь новое: последние новинки иностранных журналов, новые наблюдения, новые теоретические соображения. При разборе клинических случаев Сергей Петрович требовал подробного и всестороннего исследования и был беспощаден, если усматривал какую-нибудь небрежность. Куда девалось его обычное добродушие! «Обход клиники Боткиным был страшным для всех моментом, — вспоминает Чистович, — он всегда предъявлял большие требования, и ординатор должен был знать все о своем больном. Каждый ординатор получал 5–6 больных, но зато и был обязан обследовать их во всех подробностях. Все явления у инфекционных больных изображались графически на маленьких табличках н на больших — для лекций. За каждый недосмотр Боткин тут же при всех разносил. Помню, на обходе он раз спросил ординатора, нашел ли он бациллы в мокроте у больного диабетом с явлением поражения легких. Ординатор ответил отрицательно. „А сколько раз вы исследовали его мокроту?“ — „Два“. — „Господа, если нам нужно решить такой важный вопрос, болен ли наш пациент туберкулезом, то ограничиваться двумя исследованиями нельзя, надо поисследовать раз двадцать! Если вы будете так относиться к своему делу, я вынужден буду посылать своих больных для исследования в Обуховскую больницу“».
Сергей Петрович начал усиленную работу в новой области, привлекшей особое его внимание. Он писал Белоголовому из Финляндии:
«Теперь я засел за литературные студии микробного мира, который действует на меня угнетающим образом, микробы начинают одолевать старого человека в буквальном смысле слова: на старости лет приходится ставить свои мозги на новые рельсы. Без сомнения, мы переживаем в медицине тот период увлечения, какому подлежит всякое новое направление, имеющее большую степень значения. Нам пришлось начать изучение медицины с абсолютных истин Рокитанского, потом мы променяли их на клеточную теорию Вирхова, а теперь надо совершенно серьезно считаться и с микробами, из-за которых начинают забывать не только клинику, но и патологическую анатомию тканей, забывают значение реакции организма на микробов».
Микробиология в те годы только начинала складываться в науку.