Наступала пора начинать работу в академии. Первый раз Боткин со страхом думал о лекциях, он боялся приступов удушья во время занятий. Ему стало трудно громко говорить, появилась одышка, но Боткин продолжал ходить в аудиторию, в клинику и понемногу втянулся в работу.
В день 1 марта, годовщину смерти Александра II, ежегодно служили панихиду по «в бозе почившему помазаннику божьему». Император Александр III и его семья выезжали в Исаакиевский собор, где высшим духовенством совершалось траурное богослужение. Придворные, крупные государственные чиновники и военные по обязанности присутствовали на панихиде. Досадуя на потерю временя, в этот день у Исаакия бывал и лейб-медик С. П. Боткин.
1 марта 1887 года Сергей Петрович выехал в собор, в притворе и на паперти толпилась петербургская знать. Все были в недоумении: почему государь не прибыл? Разнесся слух: на Невском арестовали двух студентов с бомбами…
4 марта в «Правительственном вестнике» было напечатано о неудавшейся попытке покушения на императора.
Вскоре стали известны имена заговорщиков. Следствие велось быстро. В этот раз не было обычной судебной волокиты. 19 апреля подсудимые были приговорены к смертной казни через повешение. 8 мая во дворе Шлиссельбургской тюрьмы состоялась казнь пяти участников заговора. Среди них был Александр Ульянов.
В день казни лейб-медику С. П. Боткину пришлось присутствовать в Зимнем дворце на благодарственном молебне по случаю чудесного спасения императора…
Сергей Петрович снова заболел. Его состояние ухудшилось, открылось кровохаркание. Он чувствовал непреодолимое желание хоть на время уехать. Друзья, видя его тяжелое состояние, помогли ему выехать во Францию.
Белоголовый уже несколько лет как покинул Россию. Он писал Сергею Петровичу: «Никогда темные силы русского царства не развивались так, как теперь… мертвее и мертвее делается русская земля; кругом царит ничтожество и пошлость… хочется убежать куда-нибудь и подальше, видя, в какие дебри забирается русское царство… лучше чахнуть здесь, в условиях чужой вольной жизни, чем в подлейшей петербургской обстановке…»
В Париже Сергей Петрович немного оправился. Снова, как на службу, ежедневно отправлялся он в одну из больниц, посещал лекции, заседания различных медицинских обществ. Он перезнакомился со всеми специалистами по внутренним болезням и знаменитостями в области медицины. Особенно заинтересовала Боткина клиника Шарко. Он писал Белоголовому: «Лекции его оригинальны, в высшей степени поучительны, подбор случаев в клинике богатейший для изучения истерии и гипнотизма; это последнее дало мне возможность познакомиться с совершенно новым для меня миром явлений нервной системы». Боткин снова искал новые пути, новые методы. Встретился он с Пастером и много времени отдал ознакомлению с его институтом. В клиниках, лабораториях, на лекциях Боткин, как всегда, был пытливым, неутомимым учеником.
Он ни с кем не советовался о своей болезни, и никто не подозревал, что русский доктор нуждается во врачебной помощи. Нельзя было предположить тяжело больного в разговорчивом, любезном собеседнике. В суете между изучением клиник и утомительными обедами с вовсе не полезными изысканными блюдами и тонкими винами прошли три недели.
В Петербурге доктор Соколов, выслушивая сердце Сергея Петровича, нашел, что болезнь его сделала шаг вперед, и посоветовал своему учителю и пациенту сократить объем работы и отдохнуть. Но Боткин отклонил этот совет. Он хотел поскорее поделиться впечатлениями, которые вынес, познакомившись с клиниками и кафедрами Парижа. Начались его доклады в различных медицинских обществах. Сравнивая постановку преподавания во Франции и России, Боткин говорил: «…лаборатории в клиниках там далеко не так обширны, как можете встретить у нас, н поэтому почти недоступны студентам».
Боткин все же воспользовался плохим состоянием своего здоровья. Ссылаясь на него, он прекратил врачебную деятельность во дворце.
Летом 1888 года серьезно заболела одна из дочерей Боткиных. Страх за жизнь еще одного ребенка, лечение и уход за дочерью еще раз заставили Сергея Петровича пренебречь своим здоровьем и тяжело отозвались на его сердце.
Когда девочка окончательно поправилась, Сергей Петрович решил ехать лечиться за границу. Врач, знающий о влиянии климатических условий как лечебного фактора, стал искать место, где он смог бы избавиться от угнетающего его удушья. Он поехал в Константинополь, чтобы на Принцевых островах еще раз попробовать действие морских купаний. И в этот раз морские купания дали результаты. Приступы удушья стали реже и переносились легче. В бодром состоянии Сергей Петрович задержался в Константинополе. Его интересовали военно-медицинская школа, военные госпитали и больницы Константинополя.