«Не будет гражданин достойный
К отчизне холоден душой».
1 марта 1881 года Боткина срочно вызвали в Зимний. Надолго запомнились Сергею Петровичу спущенный штандарт, безмолвие дворцовых переходов, «перевернутые» от ужаса лица придворных, В покоях императора лейб-медик увидел наследника, цесаревича, которому «волей божией» предстояло теперь неожиданно стать императором «всея России» Александром III. «Волю божию» в данном случае выполнила «Народная воля». Рука народовольцев ощущалась с некоторых пор где-то рядом с царским троном. В 1880 году произошел взрыв в Зимнем. Лейб-медик тоже был тогда вызван во дворец. Царь остался жив, но у придворных были такие же испуганные лица.
Впрочем, это было уже не первое предупреждение. В 1866 году выстрел Каракозова в Александра II прогремел как грозное напоминание о том, что, кроме божьей и царской, существует воля народа.
Во дворце готовились к похоронам Александра II и к венчанию на царство Александра III.
Через 11 дней после смерти царя состоялось заседание Общества русских врачей. Сергей Петрович, как председатель этого общества, делал сообщение о смерти Александра II. Он обмолвился; «Мне пришлось иметь счастье быть при последних минутах покойного государя, — но, спохватившись, угрюмо поправился: — Здесь неуместно слово „счастье“, лучше сказать „несчастье“».
Так до конца своей речи он и не сумел найти ни слов, выражающих скорбь по утрате «любимого» монарха, ни слов гнева по отношению к тем, кто совершил это убийство, ни верноподданнических чувств к Александру III. Речь его была сжатой, сухой.
Совершенно иначе говорил он на этом же заседании об умершем враче К. Ф. Кеслере. Вспоминая большого общественного деятеля в области медицины, Сергей Петрович нашел и сердечные слова искренней симпатии и слова сожаления.
Работая в терапевтической клинике академии, создав при ней амбулаторию, создав Георгиевскую общину с амбулаторией и больницей, Боткин все же не был удовлетворен медицинским обслуживанием жителей столицы. Как и прежде, медицинской помощью могли пользоваться только люди состоятельные, а не имущие погибали даже от таких болезней, лечение которых вполне доступно медицине. Городу нужна была больница для бедных. Создание новой бесплатной больницы, в которой бы и лечение и содержание больных стояли на уровне требований медицины, стало главным практическим делом Общества русских врачей после избрания Боткина его председателем. Он предложил содержать больницу на средства самих врачей, членов общества. Бесплатные больницы, правда, в городе были. Они содержались на средства благотворителей. Но в них процветали равнодушие и казенщина. Во главе этих ведомственных учреждений обычно стояли врачи, устраивавшиеся по протекции и смотревшие на свою должность исключительно как на источник дополнительного дохода. Они передоверяли лечение больных невежественным фельдшерам, а те, В свою очередь, уход и надзор за больными возлагали на грубых санитаров.
Ознакомившись с положением таких больниц, Боткин писал: «…До сих пор на питание в городской больнице шло около 13 копеек в сутки на еду больного человека, и несомненно, что громадный процент смертности тифозных больных зависит от недостатка питания».
Новой больнице пришлось присвоить имя императора Александра III, но название Александровской не привилось, и петербуржцы называли ее просто Барачной вплоть до переименования ее в больницу имени С. П. Боткина.
Это была больница для инфекционных больных, и Барачной ее называли потому, что по плану Сергея Петровича, она была построена по типу отдельных павильонов. Каждое отделение больницы было изолировано от другого Это была первая в России больница, в которой осуществлялся принцип строгой изоляции инфекционных больных.
Палаты в павильонах были светлые, чистые и уютные и никак не напоминали палаты старых больниц с низкими каменными сводами, с грязными, зашарканными полами.
Городской голова В. И. Лихачев, хорошо знакомый с постановкой дела в других больницах города, вспоминал: «Для Барачной больницы Сергей Петрович не жалел ни своего дорогого времени, ни своего драгоценною труда, и даже… деньги, полагавшиеся ему от города, как попечителю, затрачивал целиком на улучшение тех сторон научной обстановки больницы, которые… могли казаться излишней роскошью, таковы например: лаборатория и кабинеты, не раз впоследствии доказавшие свою несомненную пользу при исследовании различных заразных начал, при исследовании воды и прочее. Клинические методы исследования и лечения больного сделались возможными и удобоприменимыми на практике даже в городской больнице, — результаты лечения стали получаться совсем иные».