В эти годы Боткин начал издание «Еженедельной клинической газеты» — журнала, выпускавшегося с 1881 до 1889 года. Продолжал выходить и «Архив клиники внутренних болезней». Эти журналы сыграли большую роль в развитии отечественной клинической медицины.
Боткин коренным образом перестроил и аптечное дело. По его инициативе были проверены в аптеках цены на лекарства. Доклад по этому поводу сделал ученик Боткина А. Г. Полотебнов на заседании Общества русских врачей. В протоколе общества сохранилось сформулированное Боткиным решение: «Общество русских врачей в Петербурге, несмотря на отсутствие в своем уставе прямого указания, не может себя считать некомпетентным в возбуждении и разработке вопросов, касающихся судьбы больных вообще и особенно неимущего класса. Последний в силу своих экономических условий обречен на непосильную борьбу с болезнями, которая делается еще более тяжкой ввиду невообразимой дороговизны аптечных изделий. Общество считает, что можно это изменить только путем правительственных мероприятий».
Под нажимом общественности и авторитета С. П. Боткина ряд мероприятий был проведен. Цены на лекарства были снижены настолько, что стоимость их стала ниже, чем в странах Западной Европы.
В 1832 году в городе вспыхнула эпидемия дифтерита и скарлатины. При первых случаях этих эпидемических заболеваний Боткин взял на себя обязанность председателя субсидийной комиссии по школьно-санитарному надзору. Конечно, прежде всего заболевание распространялось по кварталам бедноты. Сергей Петрович выработал план оказания помощи самым широким слоям населения. Для этого он организовал временно действующие специальные амбулатории по районам города. В этих амбулаториях дежурные врачи бесплатно оказывали помощь заболевшим. Амбулатории служили и пунктами вызова врача на дом.
Организуя эти мероприятия, С. П. Боткин прежде всего думал о мало обеспеченных и неимущих и потому потребовал, чтобы врачи согласились за визит получать 30 копеек в дневное время, а в ночное — 50. Этим он установил повизитную таксу. Такса была утверждена городским управлением, хотя вызвала протест со стороны ряда практикующих врачей. «Размер такой малой повизитной платы противоречит корпоративному духу и традициям врачей-практиков», — говорили недоброжелатели Боткина и обвиняли его в том, что он лишает врачей средств к существованию. Но большинство врачей откликнулось на призыв Боткина.
С эпидемией справились благодаря расстановке врачебных сил И средств, которые Боткин сумел получить от городских властей. Борьба с дифтеритом и скарлатиной, по признанию Лихачева, потребовала со стороны города небольших денежных затрат. Эпидемия окончилась, но с ней не окончилось посещение врачами больных на дому. Продолжала действовать и повизитная плата-такса. Думские же врачи, или, как их тогда называли, «боткинские», лечили на дому бесплатно. Эти посещения больных на дому положили начало квартирной помощи населению Петербурга.
По окончании эпидемии пять женщин-врачей остались работать, осуществляя постоянный санитарный надзор над городскими училищами. История привлечения женщин-врачей к этой деятельности такова.
Отпускаемые городской думой средства были ничтожны. На медикаменты для каждой городской школы приходилось всего несколько рублей, на жалованье врачу ассигновалось сто рублей в год. В самый разгар эпидемии члены школьно-санитарного комитета отказались вести надзор в этих условиях. Врачи-практики, привыкшие выписывать лекарства для одного больного на несколько рублей, только горько улыбались, обсуждая каталог медикаментов для школ. Сергей Петрович в качестве председателя комиссии рассмотрел каталог медикаментов, выбрал самые необходимые и потребовал обеспечить ими школы. Для надзора за школьниками и лечения их он привлек женщин-врачей, которые согласились работать в школах за низкую плату. В трудных случаях они обращались за помощью к Сергею Петровичу. Он охотно отзывался на их просьбы и часто посещал школы.
«Во все время своего почти 9-летнего пребывания в составе городского общественного управления Боткин не переставал принимать самое горячее участие во всех вопросах, касающихся оздоровления столицы путем санитарных мероприятий и улучшения больничного дела, вникал в подробности вырабатывавшихся проектов новых больниц, следил за более целесообразным распределением больных, в особенности хроников, по лечебным заведениям», — писал в своем докладе о деятельности Боткина городской голова Лихачев.