С наступлением темноты начался настоящий штурм монастыря. Защищавший Савонаролу Франческо Валори выбрался из окна монастыря, чтобы добиться от Синьории мер для защиты доминиканцев. Но он был пойман на улице и без долгих разговоров изрублен на куски. Толпа зверела на глазах. Штурм монастыря продолжался до утра, причем в толчее погибло около сотни человек. Наконец осаждающие смогли перебраться через высокие стены и ворваться в кельи монахов, которые отбивались распятиями и горящими факелами. Люди, чья одежда и волосы были объяты огнем, вопя, носились по коридорам монастыря. Несколько человек было убито прямо под фресками фра Анджелико. Только немногим монахам удалось спуститься по веревкам из окон и бежать, некоторые ушли через потайной ход. Наконец нападавшие разрушили двери монастырской церкви и бросились на Савонаролу, который молился у алтаря. Но внезапно им было оказано сопротивление: послушник-немец по имени Генрих укрепил свою аркебузу на кафедре и повел прицельный огонь, распевая при этом псалмы. В конце концов последний защитник фра Джироламо был убит: метко брошенный кем-то камень размозжил ему голову.
Наконец Савонаролу схватили и потащили на площадь, осыпая ударами. Разъяренная толпа сорвала с него сутану, в него плевали, разбили ему в кровь лицо. Он упал на колени. Его наверняка бы тут же и убили, но неожиданно появился конный отряд городской стражи. Капитан, расшвыряв толпу, пробился к уже лежащему на земле монаху, за шиворот поднял его на ноги и, подгоняя шпагой, потащил к палаццо Веккьо. Так начались те мучения, которых Савонарола так страстно жаждал. Было все это в Вербное воскресенье 1498 года.
Савонаролу заключили в башню. После короткого сна на полу своей камеры он был грубо разбужен пинком и предстал перед своими судьями. Когда он отказался признать, что все его видения внушены дьяволом, ему связали руки за спиной и с помощью особого приспособления вздернули к потолку камеры. Началась пытка «страппада», когда пытаемого сначала поднимают вверх, а потом резко опускают на пол. После третьего подъема ему вывихнули руки и он потерял сознание. Его перетащили в камеру, где он отбывал заключение. На следующий день его снова пытали – на этот раз он был подвешен над жаровней, угли которой жгли ему ноги. Но и теперь он ни в чем не признался.
Допросы Савонаролы вызвали в городе большой интерес. На площади перед Синьорией все время толпился народ, ожидая появления писца или одного из подручных палача, которые под большим секретом рассказывали своим знакомым, что теперь делают с монахом и что он сказал. Сандро также часто приходил на площадь. Ему обязательно нужно было получить ответ на мучивший его вопрос: еретик Савонарола или нет? Ведь от этого зависела вся его дальнейшая жизнь! Не только он один находился в таком положении – ведь могло случиться так, что флорентийцы поклонялись не тому Богу. Но пока точных сведений никто дать не мог. На площади говорили о том, что папа прислал специальное письмо, в котором сообщал, что готов простить флорентийцам такой тяжкий грех, как нападение на монастырь, при условии, что Флоренция выдаст Риму Савонаролу. Городские власти отказались это сделать: они разберутся сами!
То, что фра Джироламо не признавался в ереси – а это тотчас же стало известно в городе, – вызвало в народе колебания. Монах действительно вел себя как мученик, выдерживая самые невероятные пытки. Почти сойдя с ума от боли, Савонарола наконец сделал признания, но они оказались столь туманны, что не доказали со всей очевидностью его вину. Кроме того, вскоре он собрался с силами и опроверг свои признания. Нотариус Кекконе, записывавший процесс, это опровержение не записал. Протокол допроса с признанием Савонаролы был обнародован, но в него теперь мало кто поверил. Тем более что Кекконе быстро повинился, что записал сказанное не полностью, и это очень быстро стало известно на площади.
Савонарола по-прежнему находился в камере, закованный в цепи, причинявшие ему страшные муки. Но еще большую боль ему, видимо, доставило то, что монахи из монастыря Сан-Марко отреклись от своего приора и объявили его еретиком. Кроме того, он и сам начал сомневаться, действительно ли его поступками руководил Бог. На пятый день второго допроса, когда его снова привязали за руки, чтобы поднять к потолку, он упал на колени перед своими палачами и попросил их прекратить пытку – он признается во всем. Кекконе сунул ему перо в руку, чтобы он подписал заготовленное признание. На площади шептались, что Савонарола предрек ему смерть через полгода – так и случилось, хотя не исключено, что это всего лишь легенда. После этого он подписал признание в ереси.