Таким образом, Орден Святого Иоанна фактически превратился в независимую, суверенную державу, располагавшую 10 000 рыцарей по всей Европе. Иоанниты по праву славились как опытные мореходы. Не случайно португальца на испанской службе Фернана Магеллана, совершившего первое в мире кругосветное путешествие (хотя и не дожившего до возвращения) сопровождал в кругосветном плавании рыцарь-госпитальер итальянского «языка» фра Антонио Пигафетта (оставивший описание экспедиции Магеллана и его трагической гибели). Как уже говорилось, военно-морская академия (мореходное училище) на Мальте по праву считалась лучшей в мире. По просьбе нашей императрицы Екатерины II российский военный флот был реорганизован именно мальтийскими рыцарями. Немаловажную роль сыграли в этом деле рыцари-госпитальеры Иосиф де Рибас (Дерибас, чье имя тесно связано с основанием и обустройством нового русского черноморского порта Одессы) и бальи граф Джулио Ренато Помпео Литта, контр-адмирал российского флота и Георгиевский кавалер, о котором еще пойдет речь далее.
Орден госпитальеров учреждал публичные школы и построил знаменитый Мальтийский коллегиум, который затем получил статус университета. Госпитальеры построили также публичную библиотеку, которая была одной из крупнейших в Европе той поры.
Мальтийский Орден поощрял занятия искусством, музыкой, наукой. Как и на Родосе, Орден основал на Мальте наиболее современные для того времени госпитали, выступив первопроходцем в деле лечения душевнобольных, изучения анатомии и в изоляции заразных больных. По традиции пациенты госпитальеров получали намного лучшую пищу, чем обслуживающие их хозяева. Пища и питье им подавались в серебряной посуде. Только если рыцарь или другой член член Ордена госпитальеров сам заболевал или ослабевал телесно, Магистр разрешал ему получать ту же пищу, что и пациенты в госпиталях.
Юридическое положение Ордена Святого Иоанна, как уважаемого члена международно-правового сообщества, было признано всеми без исключения государствами Западной Европы. Именно в этом качестве субъекта международного права Орден Святого Иоанна был представлен на Вестфальском мирном Конгрессе в 1643–1648 гг., завершившим опустошительную Тридцатилетнюю войну, на Нюрнбергских переговорах суверенов — участников мирного договора — об условиях его выполнения и на переговорах между сословиями «Священной Римской империи». Орден Святого Иоанна принимал деятельное участие в заключении Ниймегенского (1678 г. г.) и Утрехтского (1713 г.) мирных договоров и в заключении международно-правовых соглашений Речи Посполитой (Польско-Литовского феодального государства) с Российской империей в 1774–1776 гг. и 1797 г.
Мальтийский Орден был представлен постоянными посольствами при крупнейших европейских дворах, например в 1747 г. в Риме, Париже, Мадриде и Вене, и поверенными в делах при дворах меньшей значимости.
Многие французские армейские и морские офицеры, сражавшиеся за независимость североамериканских колоний от британской короны, были мальтийскими рыцарями, как например, бальи Пьер-Андре де Сюффрен де Сен-Тропе(с), рыцарь Большого Креста Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, командор флота Ордена Святого Иоанна, вице-адмирал французского королевского флота, посол Мальтийского Ордена при дворе французского короля и член наследственного Ордена рыцарей Цинцинната, основанного первым Президентом Северо-Американских Соединенных Штатов (САСШ, ныне — США) Джорджем Вашингтоном и его офицерами.
В Старом Свете более двух столетий корабли рыцарей Ордена Святого Иоанна крейсировали в Средиземноморье в качестве морских конвоев для защиты от турецких и варварийских пиратов. Мальтийский Орден построил множество госпиталей для больных и неустанно занимался благотворительностью, помогая слабым и бедным. Мальтийские рыцари доблестно сражались в войсках «Священной Римской империи» (а фактически — Австрии) против турок в 1775, 1782 и 1783 гг.
Взаимоотношения между Российской империей и Суверенным (или, как тогда говорили, Державным; кстати, эпитет «Державный» применительно к Ордену Святого Иоанна был впервые введен в употребление в ходе переговоров Ордена иоаннитов с всероссийским императором Павлом I, желавшим таким образом «поднять статус» Ордена, «приравняв» его к статусу Российской империи как «равному по чести» партнеру по переговорам) Мальтийским Орденом в XVII–XIX вв. носили весьма многогранный характер. В течение многих десятилетий, если не сказать — столетий, создавался феномен, который историк и рыцарь Ордена Святого
Иоанна фра Кирилл Туманов (он же князь, или принц, Кирилл Львович Туманов — русский белоэмигрант армяно-грузинского происхождения, перешедший в эмиграции в католицизм) назвал «Русской легендой». Эта легенда создавалась из различных элементов, главным из которых были всяческие спекуляции вокруг средиземноморских интересов России.