Для обеспечения постоянного существования Ордена Святого Иоанна в России император Павел I, в соответствии со статьей XXIII российско-мальтийской Конвенции 1797 г., учредил своим Указом для членов Ордена иоаннитов из числа представителей самых аристократических семейств России родовые командорства.
Павел Петрович также пожаловал Ордену Святого Иоанна Иерусалимского один из самых прекрасных дворцов в Санкт-Петербурге, принадлежавший князю Воронцову и получивший название «Мальтийского Дворца», внутри которого были построены римско-католическая базилика для католического Великого Приорства Российского (в которое, впрочем, входили не только католики!) и православная домовая церковь для Великого Приорства Греко-Российского, в которое входили православные мальтийские рыцари. Он также щедро одарил оба Российских Приорства.
Говоря о внешнеполитическом аспекте «мальтийского проекта», еще раз подчеркнем, что для императора Павла в 1798–1799 гг. речь шла о создании международной легитимистской Лиги, христианской, но внекон-фессиональной, которая должна была противостоять революционному движению во Франции. Иными словами, император Павел I хотел создать международную общехристианскую анти-масонскую организацию.
Естественно, что масонским деятелям Европы это пришлось не по нутру. Павлу I был вынесен смертный приговор, который и был вскоре исполнен лицами, состоящими в одной из санкт-петербургских франкмасонских лож английского обряда.
В заговоре, вероятно, был замешан и его сын, будущий император Александр I. Не это ли раскаяние в двойном смертном грехе — цареубийства и отцеубийства — стало причиной его таинственной «смерти» — добровольного оставления Александром I престола (замаскированного его якобы «внезапной смертью» в Таганроге в 1825 г.). Загадка так называемой «Таганрогской мистификации» и появления таинственного старца Федора Кузьмича до сих пор остается одной из неразгаданных тайн российской и мировой истории.
Тем временем события вокруг нового Гроссмейстера мальтийцев развивались следующим образом. 16 марта 1798 г., папский нунций во Флоренции по указанию римского понтифика направил папскому нунцию в России Лоренцо Литте в Петербург послание, гласившее:
«В довершение к тому, что Великий Магистр Гомпеш незаконно был низвергнут из сана, новым Великим Магистром Ордена был провозглашен российский император… Апостолические постановления оставляют за Святым Престолом исключительное право судить о личности Великого Магистра, равно как и определять статус Ордена, в котором устанавливаются точные и неизменные правила, касающиеся избрания предстоятелей Ордена, изменить которые может только Папа».
Манифестом от 29 ноября 1798 г. «О установлении в пользу Российского дворянства Ордена Святого Иоанна Иерусалимского», Павел I учредил 98 родовых (фамильных или семейных) командорств («Jus patronatus») на территории Российской империи. Его же Манифест от 28 декабря 1798 г. устанавливал правила приема и старшинства принятых в Мальтийский Орден российских дворян. В этом манифесте, в частности, констатировалось:
«Орден Святого Иоанна Иерусалимского в империи Нашей составлен быть имеет из Великого Приорства Российско-Католического, основанного учреждением 1 января 1797 года, и из Великого Приорства Российского, основанного учреждением 12 ноября 1797 года».
Для вступления в Великое Приорство Российское, православному необходимо было представить доказательства, что его семья принадлежит к наследственной аристократии «по крайней мере сто пятьдесят лет». Законные же наследники основателя родового командорства Ордена Святого Иоанна не обязаны были представлять в это Приорство доказательства своей принадлежности к аристократии с тем, чтобы их включили в число наследников.
Сложная ситуация, в которой оказался папа римский Пий VI, наложила свой отпечаток на его действия в отношении событий, происходивших в Ордене Святого Иоанна.
20 января 1799 г. папа Пий VI направил своему нунцию в России Лоренцо Литте особую памятную записку (Меморандум), секретную по своему содержанию. Касаясь решения мальтийских рыцарей о низложении Фердинанда фон Гомпеша, папа римский отмечал: