«… следовало не только полностью доказать предъявленные Великому Магистру обвинения, но также, прежде чем приступать к лишению его сана, необходимо было предъявить значительное количество доказательств его вины, а также иметь зрелость суждений и, кроме всего прочего, надо было получить согласие представителей всех „лангов“. Та поспешность, с которой Российское Великое Приорство приступило к действию, которое может быть совершено только по решению Апостольского Престола, не могла не удивить Его Святейшество… Следует отметить, что благородная решимость постоять за честь и достоинство Ордена вселила слишком большое усердие в души рыцарей, составляющих Российское Великое Приорство, и они, не удовлетворившись смещением настоящего Великого Магистра и не дождавшись ответа Его Святейшества, провозгласили нового Великого Магистра. Подобное быстрое развитие событий не могло не опечалить душу Его Святейшества. Он убежден, что Его Величество Имеператор Всероссийский, оказывая Свое Высочайшее покровительство Иерусалимскому Ордену и удовлетворяя просьбу рыцарей, составляющих Росийское Великое Приорство, не имел в своих чистых помыслах ничего, кроме намерений защитить их права, подтвердить их полномочия и возродить былую мощь Ордена. С другой стороны, Его Святейшество не может забыть о правах, принадлежащих Апостольскому Престолу на монашеские Ордены, правах, возлагающих на него ответственность перед всем миром и в том числе перед членами Ордена, перед правителями государств, в которых находятся его члены — ответственность за любое действие, ущемляющее права Святого Престола, или противное Уставу самого Ордена. Итак, будучи не в состоянии одобрить или, по меньшей мере, обойти молчанием все действия, совершаемые Российским Великим Приорством, Его Святейшество вынужден напомнить членам, его составляющим, о необходимости их подчинения Святому Престолу, от которого они зависят, согласно Уставу, а также настоятельно им указать, насколько они уклонились от Устава Ордена, как в случае с провозглашением Великим Магистром Его императорского Величества… Они не должны также забывать о декрете Григория XIII от 1589 г., по которому было установлено, что впредь только Святому Престолу будет принадлежать право решать судьбу Великого Магистра Ордена, сколь бы тяжелы не были его проступки и что по этому поводу не может быть никакой обиды… Исходя из этих соображений, Его Святейшество должен был бы передать священную истину своему высокому окружению, если бы он санкционировал акции, предпринятые недавно Великим Приорством Российским».
Содержание этого письма стало известно канцлеру Российской империи графу Безбородко, который доложил о нем императору и Гроссмейстеру госпитальеров Павлу I. Разгневанный Павел лишил бальи графа Джулио Литта звания поручика (лейтенанта, т. е. заместителя) Великого Магистра Ордена Святого Иоанна Иерусалимского. Ему было предписано покинуть столицу.
Тем временем дела Мальтийского Ордена в Санкт-Петербурге шли своим чередом. 10 декабря 1799 г. Павел I издал Указ об учреждении второго Великого Приорства Российского, в котором говорилось: «… признали Мы за благо установить, и чрез сие императорскою Нашею властию установляем новое заведение Ордена Святого Иоанна Иерусалимского в пользу благородного дворянства империи Всероссийской». По сути, этим Указом учреждалось Великое Приорства Российское для православных.
Конечно, единоличное решение Павла I об учреждении Приорства для своих православных подданных, объявлявшее его как бы неотъемлемой частью Державного Ордена Святого Иоанна, не было утверждено папским престолом — как, впрочем, и все другие решения Павла I в качестве Великого Магистра Ордена Святого Иоанна. Ни одно из них, тем не менее, не было впоследствии отменено Великими Магистрами Ордена Святого Иоанна, наследовавшими Павлу. Кстати, именно Павел I отменил для рыцарей Ордена Святого Иоанна обет безбрачия (по их же собственной просьбе). С тех пор подавляющее большинство членов некогда военно-монашеского Ордена Святого Иоанна состоит из женатых мирян (за исключением небольшой группы рыцарей-монахов, составляющих правительство и Священный Совет папского католического Суверенного Военного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты). Известно, что сам император Павел I, а после его смерти — его сын император Александр I, по дипломатическим каналам оказывал давление на папу, чтобы Павел I был все-таки признан Римом в качестве Великого Магистра мальтийских рыцарей, и чтобы папой римским были утверждены все акты, подписанные всероссийским императором в этом качестве. Причем в качестве аргумента фигурировало восстановление в 1799–1802 гг. дипломатических отношений Российской империи со Святым Престолом. Однако, ни папа Пий VI, ни папа Пий VII на это не согласились.