Какое-то время штаб-квартира Ордена Святого Иоанна оставалась в Санкт-Петербурге. На двух собраниях мальтийских рыцарей председательствовал православный христианин граф Салтыков, назначенный Александром I Лейтенантом Великого Магистра. Император Александр I, оставаясь Протектором Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, становился как бы над Орденом, не вмешиваясь в деятельность Лейтенанта и Священного Совета, ибо желал, чтобы преемник Павла I на посту Великого Магистра Мальтийского Ордена был избран, согласно орденскому Уставу, Главным Капитулом. Однако собрать Капитул для этих целей было невозможно в связи с напряженной военной обстановкой в тогдашней Европе. Был созван Священный Совет, заседание которого открылось 1 августа 1801 г. в Санкт-Петербурге. Совет издал декрет, в котором содержались предложения касательно избрания нового Великого Магистра Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.
Между тем мировая политика вновь властно вмешалась в дела Мальтийского Ордена. Вторая антифранцузская коалиция закончила свое существование подписанием мира между Францией и Англией в Амьене 25 марта 1802 г. В дополнительных условиях договора было специально оговорено, что остров Мальта должен быть возвращен Ордену Святого Иоанна, и что он не должен принадлежать Англии или Французскому «лангу» («языку»). Было оговорено, что новый Великий Магистр должен быть избран Генеральным Капитулом, на Мальте. Позднее, под дипломатическим давлением России, был утвержден план, согласно которому Суверенному Понтифику (папе римскому) предоставлялось право выбора одного из кандидатов в Гроссмейстеры госпитальеров, избранных орденскими приориями.
Чтобы как-то смягчить незаконные, согласно Конституции Ордена Святого Иоанна, действия императора Павла, принятое решение было признано единственно правильным и законным. Это осознавали все, что давало возможность и папе римскому поставить свою подпись, не рискуя при этом навлечь на себя обвинение в непризнании законной силы решений орденского Совета в Петербурге.
Итак, папа римский Пий VII согласился на то, чтобы Великие Приоры иоаннитов сообщили бы ему лично свои мнения, после чего был готов принять окончательное решение о выборе Великого Магистра.
16 сентября 1802 г. папа Пий VII поставил оттиск своего перстня на красном воске, скреплявшем папское бреве, которым он назначал на пост Великого Магистра Державного Ордена бальи Бартоломео Русполи.
Однако бальи Руспольи прислал папе свой нотариально заверенный отказ от должности Великого Магистра Державного Ордена. И дело вновь зашло в тупик.
В то же время оба Великие Российские Приорства Державного Ордена Святого Иоанна Иерусалимского представили четырех кандидатов, среди которых был и бальи Джованни (Джан) Баттиста ди Томмази — рыцарь «Итальянского ланга» и, кстати, один из немногих мальтийских кавалеров, с оружием в руках защищавших Мальту от французских захватчиков в 1798 г. Наконец, папа сделал свой выбор, провозгласив ди Томмази Великим Магистром иоаннитов.
Священный Совет Державного Ордена признал это избрание законным и постановил отправить ди Томмази регалии Великого Магистра и общеорденские архивы, на что было получено соответствующее разрешение императора Александра I. 21 августа 1803 г. орденские архивы, присланные фон Гомпешем в Петербург, часть архивов Великого Приорства Российского, корона Великого Магистра, «кинжал веры» и большая орденская печать были доставлены в Мессину на Сицилии, где в то время пребывал ди Томмази.
10. Золотой закат
После смерти ди Томмази в 1805 г. рыцари Ордена Святого Иоанна избрали своим Великим Магистром князя ди Караччиоло, но папа римский не признал его полномочий и назначил по собственному выбору Лейтенанта (или поручика) Великого Магистра. В течение ряда лет у Мальтийского Ордена не было Великих Магистров, и он управлялся Лейтенантами Великого Магистра, или, точнее, Лейтенантами Великого Магистрата (Ведомства Великого Магистра), назначаемыми по выбору и воле римских пап. Именно с этого времени Мальтийский Орден стал «державным» (или «суверенным») только по названию, на деле попадая во все большую зависимость от папского престола. Несмотря на все попытки бальи князя де Рогана, Великого Приора Аквитании, и представителей других орденских «языков», решить эту проблему никак не удавалось.