Почти одновременно с римско-германским императором его вассал, тогдашний чешский (богемский) король основал в своей столице Праге госпиталь (странноприимный дом) иоаннитов с инфирмерией (богадельней), послужившей основой орденских владений в Богемии. В XII столетии в «Священной Римской (Германской) империи» возник целый ряд орденских филиалов, вскоре объединенных в рамках единой административной структуры.
Так, известно, что в 1187 году некий Арлебольд был назначен иоаннитским приором Германии. К середине XIII столетия хроники уже упоминают о существовании в составе Ордена Святого Иоанна Иерусалимского Великого Приорства Германского. Его первым Великим Приором, согласно современным летописям, в 1249–1253 гг. являлся некий брат Климент (frater Clemens), о котором, впрочем, не известно ничего, кроме имени.
Отдельное самостоятельное орденское владение иоаннитов возникло в Моравии, также входившей в «Священную Римскую империю». В Силезии с 1238 года имелся собственный Магистерий, то есть орденский филиал с местным иоаннитским Магистром во главе. В 1251 году некто Гелольд был назначен приором Польши, а Магистр Теодор (Феодор), настоятель Познанского госпиталя, принимал участие в заседании конвента иоаннитов в Кельне.
В середине XIII века засвидетельствовано наличие приоров Верхней и Нижней Германии. Орден Святого Иоанна Иерусалимского стремился к замещению этих должностей и функций местного уровня, ибо дарения означали не только рост доходов, но и увеличение объема задач, поскольку Орден должен был заботиться о получении причитающихся ему доходов и потому стремиться всецело соответствовать высокому уровню требований, предъявляемых к нему дарителями в плане духовного окормления паствы, странноприимной деятельности и ухода за больными.
Названия, обозначавшие орденские должности иоаннитов, довольно часто менялись и были связаны с выполнением данным должностным лицом конкретных задач. Так, в 1251 году упоминается «вице-приор Ордена Блаженного (sic!) Иоанна в отдаленных частях Аллемании (Германии)», а в 1271 году — «вице-прецептор в Саксонии и земле вендов (то есть полабских славян-сорбов)» — титул, наверняка не встречавшийся в Нижней Германии той эпохи до 1312 года.
Рост владений Ордена иоаннитов в Германии происходил чрезвычайно медленно, хотя почти не было попыток конкурирующих духовных рыцарских Орденов чинить препятствия иоаннитам. Немецкий (Тевтонский) Орден был преобразован в рыцарский Орден лишь в 1198 году и в последующие десятилетия вынужден был в тяжелейшей борьбе отстаивать свои позиции в Святой Земле, Трансильвании и Пруссии. Во всяком случае, наличие в Северной Германии весьма немногочисленных, небольших и территориально разбросанных владений иоаннитов объяснялось, в первую очередь, совершенно иными причинами.
До взятия Аккона (Акры, Сен-Жан д’Акра или Птолемаиды) мусульманами в 1291 году основное поле деятельности Ордена Святого Иоанна находилось в Святой Земле, а позднее — на островах Кипре и Родосе, в непрерывных схватках с турками-османами. Именно с учетом важности этих первостепенных задач становится понятным первоначальный скромный объем деятельности Бранденбургского бальяжа иоаннитов.
В 1171 году к первому орденскому владению в Нижней Германии был присоединен иоаннитский госпиталь близ Брауншвейга. В 1200 году князья поморских славян передали в дар Ордену церковь Святого Иоанна в Старгарде, несколько позднее — само селение и имение Шенек. В начале XIII века Ордену были дарованы новые владения в Мекленбурге и Нижней Саксонии. Наряду с первой коммендой (Вербен) возникла и вторая (Миров).
Благодаря щедрости маркграфа Альбрехта Бранденбургского в 1298 году владения Ордена иоаннитов оказались обогащены третьей коммендой (Немеров) с церковью (построенной на деньги Ульриха Швабе), коммендой Шлаве и еще тремя коммендами, расположенными в Помереллии (Восточной Померании). Однако все эти новоприобретения и дарения характеризовались разбросанностью, раздробленностью, чересполосицей и крайне малыми размерами.
Решающий прорыв произошел лишь после 1312 года, когда папа римский Климент V завершил судебный процесс над богатейшим военно-монашеским Орденом «бедных рыцарей Христа и Храма Соломонова (там-плиеров-храмовников)», который был запрещен, а его бывшие члены по указанию папы подвергнуты преследованиям со стороны светских властей. На протяжении первой половины XIV века Ордену иоаннитов удалось завладеть бывшими владениями тамплиеров в Померании (Поморье), в том числе имениями Бан и Лагов, а в Брауншвейге — Супплинбургом. В то же время в Бранденбургской марке иоаннитам удалось вступить во владение бывшей недвижимостью тамплиеров лишь по прошествии долгого времени и преодолевая упорное сопротивление преемников династии Асканиев. Это произошло в 1318 году и было закреплено Кремменским договором между Орденом Святого Иоанна и предпоследним представителем династии Асканиев — маркграфом Вальдемаром Бранденбургским.