Вскоре после этого между обоими духовно-рыцарскими Орденами произошел конфликт, уладить который тщетно пыталась папская курия. Особую остроту конфликт между тевтонами и иоаннитами достиг в восточногерманской области Новая Марка. Рыцари-тевтоны силой отняли у иоаннитов госпиталь (странноприимный дом) Цантох. В ответ иоанниты отняли у тевтонов их владение Кварчен и были даже вынуждены образовать против тевтонских рыцарей единый фронт совместно с поляками и даже (трудно поверить, но факт!) — с еретиками-гуситами, заклятыми врагами римских пап и католической веры! Этой «файде» (типично феодальной усобице) между обоими Орденами был положен конец только заключением Мариенбургского договора 1435 года, при посредничестве венгерского короля и римско-германского императора Сигизмунда, маркграфа Иоганна Бранденбургского и герцога Фридриха Мейссенского.
Сам факт, что «Орден иоаннитов в Бранденбурге» (то есть Бранденбургский бальяж, являвшийся всего лишь местным подразделением Великого Приорства Германского, являвшегося, в свою очередь, лишь ограниченным пределами средневековой Германии локальным подразделением
Ордена Святого Иоанна!) при заключении данного мирного договора выступал в качестве равноправного партнера с Верховным Магистром всего Тевтонского Ордена и тремя светскими государями (императором, маркграфом и герцогом) доказывает, как далеко данный иоаннитский анклав в Северной Германии продвинулся по пути автономии и фактической независимости от центрального Орденского правительства на Родосе.
С этого момента между бывшими конкурентами — северогерманскими иоаннитами и Тевтонским Орденом — сложились тесные партнерские отношения, все более укреплявшиеся по мере ослабления могущества духовных корпораций в последующие десятилетия. В 1423 году Тевтонский Орден обменял свои испанские владения на иоаннитские владения в Германии. Примерно через 30 лет произошел аналогичный обмен итальянских и греческих владений Тевтонского Ордена на германскую недвижимость иоаннитов. В результате этих земельных разменов Тевтонский Орден постепенно сконцентрировал свои владения в Германии, а иоанниты — в Средиземноморье, составлявшем искони основу могущества Ордена Святого Иоанна Иерусалимского.
В то время как Орден иоаннитов в целом оставался связанным с решением своих первоначальных задач, своей исконной территорией и исконным «театром военных действий», его Бранденбургскому бальяжу в Северной Германии удалось сохранить костяк своих владений в неприкосновенности и отстоять свою самостоятельность перед лицом общеорденского руководства.
Подлинным «отцом-основателем» независимого Бранденбургского бальяжа суждено было стать мелкому брауншвейгскому рыцарю Гебгарду фон Бортфельде, рожденному близ древнего имперского (то есть подчинявшегося непосредственно римско-германскому императору) города Гослара. В 1318 года брат Гебгард, в возрасте 30 лет, стал иоаннитским коммендатором Брауншвейга и Гослара, а спустя всего два года — вицемагистром с правом управления всеми орденскими владениями иоаннитов в Померании, Тюрингии, Бранденбурге и «Земле вендов».
В хрониках 1327 года фра Гебгард фон Бортфельде он значится уже в качестве Генерального Прецептора и Герренмейстера Ордена иоаннитов в северо-восточной Германии. Два года спустя он принял от римско-германского императора Людвига Баварского (между прочим, отлученного римским папой от Церкви!) герб и титул «имперского аббата» («рейхсабта»). Таким образом, с санкции верховной светской власти, было официально основано самостоятельное владение иоаннитских Герренмейстеров в Бранденбурге! С этим положением, пусть не сразу, но со временем были вынуждены смириться как Великое Приорство Германское, так и верховное руководство Ордена Святого Иоанна на Родосе. В 1341 года брата Гебгарда фон Бортфельде сменил на посту Герренмейстера Бранденбургского бальяжа иоаннитов брат Герман фон Вереберге, объединивший комменды Немеров и Вербен. Бортфельде же был отправлен на покой в комменду Темпельбург, ранее принадлежавшую тамплиерам (о чем свидетельствует само ее название, означающее «Замок Храма»).
Ордену Святого Иоанна в целом становилось все труднее удерживать под своей властью орденские владения, разбросанные на больших расстояниях друг от друга по всему христианскому миру, и заставлять своих местных должностных лиц, занятых прежде всего решением локальных задач, строго следовать указаниям и инструкциям центрального Орденского правительства и регулярно высылать деньги на остров Родос. Обе стороны приводили немало аргументов в пользу доказательства собственной правоты, но никак не могли прийти к согласию. С конца XIV века характерным для внутриполитической ситуации всей Германии стало следующее явление. Владетельные князья, формально считавшиеся вассалами римско-германского императора, начали переходить к насильственному подчинению городов и вассалов своей непосредственной власти.