С тех пор в Орденской церкви Зонненбурга на протяжении столетий проводилась церемония инвеституры (посвящение в рыцари-иоанниты). Никто в Бранденбурге не мог стать иоаннитским «рыцарем (по) справедливости», не пройдя в этой орденской церкви посвящение «тремя ударами меча». После утраты Зонненбурга, в результате поражения Германии во Второй мировой войне отошедшего к Польше, эта орденская традиция была возобновлена в западногерманской церкви комменды иоаннитов Нидервейзель, где 29 июня 1963 года произошла первая послевоенная инвеститура (посвящение в рыцари Ордена).
С 1426 года в замке Зонненбург находилась резиденция Бранденбургского бальи иоаннитов. В настоящее время, наряду с бывшей Орденской церковью, там сохранилось административное здание Орденского правительства, перестроенное Герренмейстером Иоганном Морицем князем Нассауским (1652–1679 гг.), фасад которого украшен надписью «Правительство и Магистрат Мальтийского Ордена Св. Иоанна» (St. Johanniter Maltheser Ordens Regierung und Magistrat). Надпись свидетельствует о том, что, невзирая на имевшие в тому времени место конфессиональные различия и широчайшую автономию Бранденбургского бальяжа, бранденбургские иоанниты продолжали ощущать себя составной частью общеевропейского Ордена Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты.
Орденская управа (Ordensamt) Зонненбург владела 28 381 моргенами земли. В состав ее владений в 1802 году входили города Гейнерсдорф, Лауков, Лимериц, Маусков, Меков, Эниц, Кришт, Прибров и Требов. Наряду с Орденскими управами Рампиц, Грюнеберг, Коллин, Фридланд и Шен-кендорф, Зонненбург относился к числу Орденских владений, с которых получал свои доходы (респонсии) Герренмейстер. После восстановления бальяжа в Пруссии в Зонненбурге в 1858 года была основана одна из первых орденских больниц на 48 коек, рассчитанных, по решению Капитула, на 36 больных и 12 смертельно больных, с детским отделением на 12 дополнительных коек.
В 1415 году Герренмейстер приобрел Бранденбургскому бальяжу в собственность новую комменду Швибус и, имея поддержку в лице энергичного маркграфа, на верность которому он предусмотрительно присягнул, стал править из Орденской резиденции в Зонненбурге наподобие светского владетельного князя. Отчуждение Бранденбургского бальяжа от Германского «языка» Ордена Святого Иоанна к тому времени зашло уже так далеко, что Великий Приор Германский по всей форме потребовал упразднить Бранденбургский бальяж, как не выполняющий свои уставные задачи. Однако позиции последнего в Бранденбурге настолько укрепились, что требование Приора не возымело должного эффекта. В 1460 года курфюрст Бранденбургский Фридрих II Железный своей жалованной грамотой утвердил «Орден иоаннитов в Бранденбурге» (назвав его именно Орденом, то есть самостоятельной организацией а не «бальяжем»!) во владении 70 городами, селами и имениями, расположенными в его владениях.
В таком положении Бранденбургский бальяж Ордена иоаннитов находился до момента, когда в Германии разразилась антикатолическая Реформация. Военный поход Герренмейстера в 1527 года против поляков, захвативших орденский замок бранденбургских иоаннитов Мезериц, был прерван курфюрстом Бранденбургским Иоахимом по соображениям высшей политики. По требованию курфюрста, не желавшего ссориться с поляками, иоаннитскому войску пришлось отступить. В результате раздела Бранденбургского наследства в 1535 году маркграф Иоганн получил во владение Новую Марку и стал тем самым новым покровителем всех иоаннитов Северной Германии.
Этот расчетливый и экономный государь, типичный протестант (тогда еще только по духу; его формальный переход в лютеранскую веру состоялся тремя годами позже), стремился не к сиюминутным выгодам, а к обеспечению своих долгосрочных, стратегических интересов. Он не помышлял о конфискации владений иоаннитов и роспуске их Ордена хотя бы потому, что думал обратить себе на пользу неприкосновенность Орденских владений. Маркграф с полным основанием рассматривал Герренмейстера иоаннитов как богатейшего из своих вассалов, способного извлекать пользу для себя и для своего сюзерена из орденских владений, в том числе и расположенных за пределами Новой Марки.