Курфюрст Бранденбургский Георг Вильгельм, чьи земли были страшно опустошены в ходе Тридцатилетней войны, в отличие от своих предшественников, решил не назначать Герренмейстером «своих собственных» иоаннитов принца из дома Гогенцоллернов. Он сделал главой иоаннитского Бальяжа Бранденбургского своего государственного министра графа Адама фон Шварценберга. Хотя последний и был католиком, он, тем не менее, проявил редкую для того времени терпимость к иноверию и, храня верность своим предвыборным обещаниям, сохранил конституцию подчиненной ему части Ордена Святого Иоанна в полной неприкосновенности.
Герренмейстер бранденбургских иоаннитов граф фон Шварценберг, стремясь к улучшению отношений между своим бальяжем и Верховным Приорством Германским, сообщил в Гейтерсгейм (резиденцию германского Великого Приора) о своем избрании (чего не делали его предшественники, хотя это и полагалось по Уставу). С одной стороны, Великий Приор Германский в высшей степени одобрительно отнесся к подобному выражению лояльности со стороны Бранденбургского бальяжа; с другой стороны, он не замедлил потребовать причитавшихся Великому Приорству денег, которые, однако, получил не сразу и не в полном объеме. В 1640 году Герренмейстер Шварценберг, с одобрения Великого Приора, назначил своего сына коадъютором. Однако «Великий Курфюрст» Бранденбургский Фридрих Вильгельм, взявший в свои руки бразды правления в год смерти Шварценберга, отказался утвердить его сына в должности Герренмейстера.
Вестфальский мир, которым в 1648 году завершилась кровопролитная Тридцатилетняя война, до предела истощившая Германию и всю тогдашнюю Европу, ознаменовался для Бранденбургского бальяжа значительными территориальными потерями. Бранденбургские иоанниты лишились мекленбургских комменд Миров и Немеров. Им пришлось уступить померанскую комменду Вильденбрух победоносным шведам. Многочисленные владения и «орденские дома» оказались разоренными в ходе военных действий. Резко сократилась и численность членов Ордена. Тем не менее, в параграфе 3 статьи 12 Оснабрюкского мирного договора, было особо оговорено право покровительства (jus patronatus) курфюрстов Бранденбургских «над Орденом иоаннитов» (причем именно в такой общей формулировке, без каких-либо региональных ограничений, хотя в подписании мира участвовали католический римско-германский император из династии Габсбургов, папский Святейший престол и сам «головной» католический Державный Орден Святого Иоанна Иерусалимского, Родоса и Мальты!). Курфюрст отклонил предложенный ему титул Герренмейстера, пост которого на протяжении одиннадцати лет оставался вакантным.
Наконец, в 1652 году курфюрст назначил Герренмейстером князя Иоганна Морица фон Нассау-Зигена, опытного военачальника, оказавшегося не менее опытным хозяйственником, превратившим Орденские командорства Бранденбурга в образцовые хозяйства.
В последние годы правления курфюрста должность Герренмейстера оставалась вакантной в течение еще десяти лет, пока ее не занял Фридрих князь Вальдекский. После его смерти Герренмейстерами избирались поочередно сыновья «Великого Курфюрста» от первого брака, Карл и Альбрехт Бранденбургские. С тех пор Герренмейстерами Бранденбургского бальяжа по сей день становятся исключительно принцы дома Гогенцоллернов. Фридрих III, большой любитель роскоши, специально разработал пышный церемониал введения Герренмейстеров в должность.
Сделавшись в 1701 году первым прусским королем, Фридрих сразу после коронации учредил в Кенигсберге Орден Черного Орла. Первым кавалером нового прусского королевского ордена стал Герренмейстер бранденбургских иоаннитов. Герренмейстер маркграф Карл в 1689 году стал шефом сформированного в 1676 году лейб-гвардейского полка курфюрстины Бранденбургской, получившего новые знамена пурпурного цвета с восьмиконечным белым иоаннитским (мальтийским) крестом, золотыми монограммами «МС» («Markgraf Carl») между лучами креста, княжеской шапкой над крестом и двумя пальмовыми ветвями по бокам креста. Основанному в 1702 году пехотному полку маркграфа Альбрехта (прусский № 19) были пожалованы аналогичные красные знамена с белым иоаннитским крестом. При жизни шефа полка воротники офицерских мундиров, барабаны и обшлага музыкантов были также украшены иоаннитскими крестами. Все это лишний раз подчеркивало безоговорочное подчинение бранденбургских иоаннитов светской власти династии Гогенцоллернов и их окончательное превращение из рудиментарной структуры духовнорыцарского братства в династический Орден прусской короны.
В правление «короля-солдата» Фридриха Вильгельма I в Берлине было начато строительство нового орденского замка. В первые годы правления «короля-философа» Фридриха Великого иоаннитам королевским указом 1745 году было высочайше дозволено увенчать свой Орденский крест прусской королевской короной «в знак признания их испытанной верности Прусскому Королевскому Дому».