Однако на Кипре иоанниты оказались в стесненных обстоятельствах, ибо были вынуждены признать себя подданными «франкского» короля «Кипра, Иерусалима и Армении» и лишились свободы действий. В 1306 г. «рыцарям Кипра» (как иоанниты стали называться после объединения с рыцарями другого военно-монашеского братства — Ордена Святого Самсона), однако, представилась возможность основать новую резиденцию своего Ордена в месте, которое в большей мере соответствовало их представлениям о независимом существовании, чем Кипрское королевство. Великий Магистр рыцарей Кипра, Фульк де Вилларе, вступил в переговоры с генуэзским феодалом Виньоло де Виньоли, формально являвшимся ленником византийского автократора на Додеканесе (а в действительности больше промышлявшим морским разбоем), с целью овладения Родосом — главным островом архипелага. Иоанниты планировали использовать Родос, расположенный недалеко от палестинского побережья, как базу для последующего возвращения Ордена в Иерусалим. Договор, заключенный между генуэзским корсаром и «рыцарями Кипра», предусматривал, что де Виньоли, после захвата Родоса госпитальерами, сохранит за собой одну треть территории острова, а к Ордену Св. Иоанна отойдут остальные две трети территории Родоса, остров Лерое и одна треть территории острова Кос.
2. Основание резиденции Ордена на острове Родос
Заручившись поддержкой французского «короля-фальшивомонетчика» Филиппа Красивого (разгромившего ровно через год после описываемых событий во Франции Орден Храма, столетиями бывший главным конкурентом и соперником Ордена Св. Иоанна), короля Английского (поступившего со своими тамплиерами немногим лучше, чем его тесть — король Франции), папы римского (давшего духовную санкцию на разгром братства храмовников), короля неаполитанского Карла II и Генуэзской республики, Великий Магистр иоаннитов Фульк де Вилларе 27 мая 1306 г. высадился с войском, состоявшим из 35 орденских «братьев-рыцарей» и 500 пеших воинов, на острове Родос, имевшим две первоклассные гавани — Мандракий (Порто ди Мандраччо) — в северной части острова — и Порто Мерконтильо — в южной — и захватил 2 важнейшие в стратегическом отношении крепости острова — Фараклос и Филеримос. Иоаннитам пришлось преодолевать местами достаточно ожесточенное сопротивление греческого правителя Родоса, навербовавшего в свои отряды греков, турок и сарацин. Завоевание острова завершилось в 1309 г. взятием г. Родос, греческий гарнизон которого капитулировал после упорной обороны. Мало помалу в руки иоаннитов попали и другие острова Додеканесского архипелага. С тех пор рыцари стали именоваться не только «госпитальерами» и «иоаннитами», но и «родосцами» («рыцарями Родоса», как до этого — «рыцарями Кипра»), а Великий Магистр их Ордена — Сувереном Родоса. Лишь три острова Додеканесского архипелага не вошли в число орденских владений. Это были острова Карпафос и Кассос, которыми владело семейство венецианских патрициев Корнаро, и остров Астипалея, находившееся во владении фамилии Квирини из Наксосского герцогства.
В течение первого десятилетия после завоевания Родоса иоаннитами жизнь на острове была неспокойной. Не говоря уже о том, что приспособление к нравам и обычаям местного греческого населения оказалось для латинских рыцарей нелегким делом, положение дополнительно осложнялось постоянными морскими нападениями турок, сразу же осознавших, какими опасностями им грозит существование военного рыцарского Ордена, можно сказать, у них под самым боком. Однако, несмотря на прилагаемые турками огромные усилия, им так и не удалось захватить остров и выбить с него воинственных рыцарей-монахов. Но гораздо большим потрясением для Ордена, чем волнения среди родосских греков или турецкие нападения, стал мятеж рыцарей, взбунтовавшихся против своего же Великого Магистра Фулька де Вилларе, настроившего против себя членов Ордена своим образом жизни, подобавшим скорее не монаху, а светскому государю, и своим деспотизмом (он пытался править самодержавно, не советуясь с Генеральным Капитулом Ордена). Мятежники объявили о смещении Фулька де Вилларе, провозгласив вместо него Великим Магистром своего предводителя — Мориса де Паньяка. Фульку де Вилларе удалось избежать ареста. Он бежал из дворца и укрылся в крепости Линдос. Для прекращения внутриорденской распри потребовалось вмешательство папы. Оба Великих Магистра — как «законный», так и «незаконный» — были освобождены от занимаемой должности. Новым главой Ордена рыцарей Родоса был в 1319 г. назначен Гелион (Элион) де Вильнев.
3. Организационно-административная структура Ордена рыцарей Родоса