Наиболее характерной особенностью организационной структуры Ордена Святого Иоанна в период его пребывания на о. Родос было строго иерархическое разделение членов Ордена на классы, подвергавшееся постоянному и неусыпному контролю. Члены Ордена подразделялись на 3 класса (сословия): рыцарей, клириков и сержантов. Эта троичная структура соответствовала средневековой сословной структуре западноевропейского общества, подразделявшегося на дворянство, духовенство и простонародье. Скорее всего, корни этой классовой структуры восходят к XII в., когда Великий Магистр иоаннитов Раймунд дю Пюи начал преобразовывать прежний, чисто монашеский Орден странноприимцев в духовно-рыцарский военный Орден.
Рыцари (milites, буквально «воины») должны были иметь благородное (дворянское) происхождение. Именно они являлись основными носителями власти в Ордене в описываемый период. Члены Ордена, относившиеся к другим классам, могли достигать высоких должностей лишь в исключительных случаях. Как правило, все важнейшие административные и военные должности — например, должности Великого Магистра, глав орденских «языков» («лангов» или «наций») или приоров, могли заниматься лишь рыцарями.
Клирики (capellani) могли не иметь благородного происхождения, но их родители должны были обладать личной свободой (то есть не быть «рабами», или «крепостными»). Обязанности клириков ограничивались совершением церковных треб. Класс орденских клириков, в свою очередь, подразделялся на 3 ранга, или степени: простых клириков, капелланов (капелянов) и приоров (этих приоров не следует путать с приорами — главами орденских территориально-административных единиц — приорств, приорий или приоратов). Простые клирики прислуживали во время богослужения. В каждом командорстве (комменде) Ордена имелся свой капеллан. Немало капелланов постоянно пребывало в резиденции Орденского руководства в г. Родос. Другие капелланы сопровождали орденский флот или сухопутные войска Ордена в период военных действий. Достичь высшей духовной должности приора клирик мог только в возрасте 26 лет, прослужив не менее года. Каждое духовное приорство (приорат, приория) имело своего собственного приора, которому подчинялись все капелланы соответствующего региона. Самой почетной должностью для членов Ордена этого класса являлась должность приора Церкви Святого Иоанна в Колахии. Приору этого храма подчинялись все капелланы острова Родос. Его ранг считался весьма высоким не только среди орденского духовенства, но и в рамках всей орденской иерархии.
Сержанты, сервиенты, сервандармы или оруженосцы (servientes armorum, servienti d’armi), подобно клирикам, должны были не обязательно иметь благородное происхождение, но происходить от лично свободных родителей. Они оказывали рыцарям помощь на войне, но также и в делах управления, при уходе за больными, бедными и нуждающимися. Однако они могли занимать лишь подчиненные административные и военные должности. Наряду с сержантами-оруженосцами имелись и сержанты, не участвовавшие в боях наравне с орденскими рыцарями, а использовавшиеся по гражданской части (servienti di staggio).
Братство рыцарей Родоса было интернациональным по составу Орденом, члены которого происходили из разных стран Европы. В рамках этого многонационального, но подчинявшегося единому централизованному руководству Ордена между отдельными национальными группами существовали четкие различия. Употреблявшийся для обозначения этих групп термин «язык», или «ланг» (от латинского «lingua»), вполне соответствует современному понятию «нации» или «национальности». Когда Орден св. Иоанна обосновался на Родосе, он состоял из 7 «языков». Последовательность, в которой эти «языки» всегда перечислялись, соответствовала их «орденскому стажу». На первом месте всегда стоял древнейший «язык» Ордена — Прованс (откуда, по наиболее распространенной версии, происходил сам основатель Ордена — Жерар), затем шли Овернь, Франция, Италия, Арагон (этот «язык» включал в свой состав всех «рыцарей Родоса» с Иберийского полуострова), Англия и Германия (Аллемания). На заседании орденского Генерального Капитула, созванного в 1461 г. на Родосе Великим Магистром Педро-Рамоном Закостой, было принято решение о разделении Арагонского «языка» на 2 части. Одна его часть сохранила прежнее название и прежнее место в иерархии, то есть, последовательности перечисления орденских «языков», в то время, как вторая часть стала именоваться «языком Кастилии» и упоминаться на 8-м месте, после «языка Германии».
«Язык» Прованса включал в свой состав 2 Великих Приорства — Сен-Жилльское (54 комменды) и Тулузское (35 комменд) и отдельный Маносский бальяж.
«Язык» Оверни включал в себя Великое Приорство Овернское (40 кавалерских, или рыцарских, комменд, и 8 сержантских комменд), и отдельный Лионский бальяж.