Великим Казначеем, или Великим Бальи (Tresoriere generale, tresararius или magnus baiulivus), был глава «языка» Германии. Он был управляющим всем орденским имуществом, включая казну, запасы продуктов питания, товарные и дровяные склады, птичники, свинарники, коровники и т. д. К концу пребывания Ордена на Родосе Великий Бальи отвечал также за сохранность всех оборонительных сооружений и крепостей Орденского государства, обеспечение их боеприпасами и продовольствием. Должностью Великого Канцлера (magnus cancellarius), начиная с 1461 г., был облечен глава самого молодого из 8 орденских «языков», или «лангов» — «языка» Кастилии. Он был начальником канцелярии Великого Магистра и хранителем печати, подписывал официальные документы канцелярии вместе с Великим Магистром и прикладывал к ним печать, а также руководил архивом Орденского государства.
Кроме вышеперечисленных важнейших, в период пребывания Ордена Святого Иоанна на Родосе существовал еще целый ряд низших должностей, занимавшихся сержантами, чей круг задач нам представляется пока еще не слишком ясным — например, должности «магистра (хранителя) асинария» (magister asinariae или custos asinariae), «магистра дел» (magister operis или custos operis) и т. д.
б) Орденское правительство
Генеральный Капитул (Capitulum Generale), в заседаниях которого имели право участвовать все члены Ордена, был носителем верховной власти. Он контролировал все действия всех административных и военных органов Орденского государства. Решения Генерального Капитула имели силу закона. Первоначально он созывался раз в 5 лет (порою даже раз в 3 года!), но позднее — лишь раз в 10, а то и раз в 15 лет. В случае кончины Великого Магистра созывалось внеочередное заседание Генерального Капитула.
Совет Ордена (Capitulum Conventum) был совещательным и консультативным органом при Великом Магистре. Члены Совета постоянно пребывали в главной орденской резиденции на Родосе. В течение первых 200 лет истории Ордена члены Совета избирались Генеральным Капитулом или самим Великим Магистром из числа орденских рыцарей, без учета необходимости равномерного представительства всех «лангов» («языков»). Однако в 1320 г. Генеральный Капитул постановил, что Совет Ордена впредь должен состоять из пильеров (глав орденских «языков»). На аверсе печати, прикладывавшейся к документам с постановлениями Совета Ордена, был изображен Святой Гроб Господень, а на реверсе — члены Совета, преклонившие колена перед Патриаршим крестом (символом первоначального подчинения госпитальеров духовной власти Патриарха Иерусалимского). По ободу печати шла латинская надпись: ВиГЬА MAGISTRI ЕТ CONVENTUS (ПЕЧАТЬ МАГИСТРА И СОВЕТА).
Законодательная власть осуществлялась орденскими судьями, подчинявшимися байлифу (бальи) Родоса (baiulivus Rhodi), который назначался непосредственно Великим Магистром. Все коммерческие споры решались специальными «торговыми судами», надзор за которыми осуществлял Торговый бальи (baiulivus commercii).
Совет Ордена родосских рыцарей чеканил свою собственную монету на базе динария.
В архивных документах и свидетельствах современников содержится немало указаний на то, что греческие граждане Родоса православного вероисповедания имели собственные органы самоуправления. Это, не в последнюю очередь, шло на пользу и Ордену. В сложных ситуациях и в моменты наибольшей опасности созывались совместные комитеты, состоявшие как из «франков», так и из греков, и принимавшие совместные решения. В административных документах Ордена нередко упоминаются «профиды» (Profides) — «добрые люди» или «добрые люди страны». При этом идет речь о почетном звании, жаловавшемся Орденом представителям местного греческого населения и происходившего от девиза Ордена рыцарей Родоса — «Pro Fide» («За Веру»). За что жаловалось данное звание и что входило в круг задач пожалованных им «профидов», ныне представляется не совсем ясным.
Земельные владения Ордена родосских рыцарей располагались не только на Додеканесском архипелаге. Орден имел обширные владения и управлявших ими легатов по всей Европе — от Португалии до Дании,
Венгрии и Богемии, от Англии до Кипра. Управление владениями на Додеканесе и в Европе было организовано строго централизованно.
В орденском государстве существовало две местные административные единицы: прецептория, или комменда (командорство), и приорат (приорство).