Последний акт кровавой драмы разыгрался в иудейском квартале города Родоса. На рассвете 27 июля, в день Святого Пантелеймона Целителя, турки начали общий штурм города. Авангард осаждающих, состоявший из 2500 янычар, сломив ожесточенное сопротивление итальянцев, овладел их бастионом и ворвался в пылающий город, подожженный турецкой артиллерией. Ожесточенный бой продолжался в узких улочках иудейского квартала. Турки накатывались все новыми волнами. Изо всех частей осажденного города на подмогу итальянцам спешили рыцари и сержанты других «языков». Их вел в бой сам Великий Магистр, истекавший кровью из 5 ран, полученных в схватке в проломе стены, не раз с копьем в руке бросавшийся в рукопашную. После трехчасового боя на улицах города турки, утомленные и понесшие тяжелые потери, начали отступать, а затем обратились в беспорядочное бегство, включая их Великого Визиря и Главнокомандующего. Преследуя их, рыцари Родоса выбили турок за пределы городских стен, сделали вылазку и дошли до турецкого лагеря. Разграбив часть лагеря, они, в числе прочих многочисленных трофеев, принесли в город Зеленое знамя Ислама. В тот достопамятный день турки потеряли от трех до четырех тысяч бойцов только убитыми, не считая раненых и пленных. Последних, рыцари Родоса (хотя позднейшая благочестивая легенда описывает их при осаде Родоса «врачующими раны врагов, как свои собственные»!) в действительности обезглавили, изрубили на куски, вздернули на виселицу или посадили на кол (о чем свидетельствуют многочисленные описания очевидцев и хронистов, снабженные красочными иллюстрациями). Это была месть туркам за зверское истребление ими пленных иоаннитов и прочих христианских пленников при Никополе и в других местах.
Эта кровопролитная битва, по сути дела, ознаменовала собой окончание первой осады Родоса турками в 1480 г. Родосские рыцари, активно используя брандеры, подожгли немало турецких галер. 17 августа Месих Паша Палеолог снял осаду, погрузился с остатками своего войска на корабли и взял курс на гавань Фискоса, откуда он в свое время отплыл завоевывать Родос.
Весной следующего, 1481 г. султан Мехмет II вознамерился лично возглавить новый поход турецкой армии на Родос. Собрав до 300 000 войска (если верить орденским хроникам), султан направил их в Вифинию, с намерением посадить их там на суда и двинуться на завоевание Родоса, но… по пути в Вифинию неожиданно умер «от колики»(?).
Его внезапная кончина дала Ордену рыцарей Родоса желанную передышку.
В том же 1481 г. остатки родосских укреплений, уцелевшие после турецкого обстрела и штурма, были окончательно разрушены сильнейшим землетрясением. Согласно воспоминаниям очевидцев, Родос выглядел ужасно. Фортификационные сооружения и большинство домов превратились в груды развалин. Села были разорены и сравнены с землей, оливковые и плодовые деревья срублены, поля вытоптаны, скот угнан. Сильно поредевшее население острова буквально голодало.
Рыцари-монахи отреагировали на это в духе верности своим идеалам. Они служили мессы, постились, издавали указы, направленные против падения нравов. Иоанниты освободили народ от налогов и податей и бесплатно раздавали населению зерно из орденских запасов. Были приняты меры по возрождению сельского хозяйства, восстановлению фортификационных сооружений, административных зданий и частных домов.
7. Восстановительтный период
Пока родосские рыцари пытались восстановить разрушенное во время осады и путем дипломатических переговоров (им удалось заключить союз с губернатором Икония, или Карамании), в Турции вспыхнула война между претендентами на султанский престол.
После смерти Мехмета II его два сына, старший — Баязид и младший — Джем выступили в качестве претендентов на верховную власть. После жестокой, кровопролитной борьбы верх одержал Баязид, а Джем (поддерживавший связи с рыцарями Родоса еще в свою бытность губернатором Малой Азии), бежал на Родос. Великий Магистр Пьер д’Обюссон принял турецкого принца со всеми подобающими тому почестями, надеясь использовать его как постоянную угрозу для Баязида и гарантию ненападения турок на орденское государство.
Старший брат принца Джема, Баязид, вошедший в историю как султан Баязид II, имел все основания опасаться, что Магистр родосских рыцарей и другие христианские государи помогут Джему завладеть троном. Посланника Баязида явились на Родос и потребовали от рыцарей выдать им беглого принца. Опасаясь за жизнь Джема, иоанниты в сентябре 1482 г. переправили его с Родоса в Овернь, где и поселили — в качестве знатного заложника и одновременно — постоянной угрозы Баязиду. В том же 1482 г. Ордену удалось заключить с Баязидом мирный договор, взыскав с него вдобавок 40 000 венецианских флоринов «на достойное содержание его царственного брата». Не желая ссориться с д’Обюссоном, султан Баязид II подарил Ордену родосских рыцарей величайшую святыню — десницу (правую руку) небесного покровителя Ордена — Предтечи и Крестителя Господня Святого Иоанна.