После смерти францисканца Иоанна в 1498 г. встал вопрос о замене его достойным преемником. Но папа решил использовать право на посвящение в рыцари Гроба Господня в качестве источника дополнительных доходов для поддержания палестинских святынь в надлежащем состоянии. В 1485 г. папа, ввиду того, что должность “латинского” (католического) Патриарха Иерусалимского была в тот момент вакантной, специальным эдиктом принял титул и взял на себя функции Великого Магистра Ордена Святого Гроба Господня, закрепив их навечно за всеми своими преемниками на Святейшем престоле. Право посвящения достойных того пилигримов в рыцари Гроба Господня от имени папы было передано римским понтификом уполномоченному Апостольского (папского) Престола в Святой Земле, которому папа присвоил титул “Хранителя горы Сион”.
По некоторым данным, полномочия “Хранителей Гроба Господня” были впервые сформулированы папой Александром VI Борджиа в 1496-98 гг,, по другим – папой Львом Х в 1516 г. Полномочия монахов францисканского Ордена, в качестве Хранителей Гроба Господня, были подтверждены папской буллой “Divina disponenta clementia“ от 23 июля 1561 г. и уточнены папой Бенедиктом XIV в булле „In supremo militantis Ecclesiae“ от 7 февраля 1746 г.
Еще в XIV в. в нидерландских провинциях Фландрии, Брабанте и Голландии образовались местные объединения рыцарей Святого Гроба в форме братств. Задача этих братств заключалась в оказании помощи рыцарям Гроба Господня в деле выполнения теми принесенных ими в Иерусалиме религиозных обетов и в сборе средств на поддержание Иерусалимского Храма Гроба Господня. Однако вплоть до XVI в. рыцарям-иоаннитам (своего рода “конкурентам” рыцарей Гроба Господня - ведь иоанниты сами, как известно, претендовали на то, чтобы быть его “хранителями”!) удавалось не допустить консолидации рыцарей Святого Гроба в единый, полноценный Орден с четкой организационной структурой. Тем более что папа Иннокентий VIII в 1489 г. своей буллой „Cum solerti meditatione pensamus“ объединил Орден каноников (рыцарей) Гроба Господня с Орденом рыцарей-госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, что, по идее, ставило крест на дальнейшем самостоятельном существовании Ордена рыцарей Гроба Господня! Однако строптивый Mечовский монастырь Гроба Господня в Польше, вопреки папской булле, наотрез отказался объединиться с Орденом Святого Иоанна Иерусалимского. А новый папа Лев X своим апостольским посланием от 13 марта 1510 г. по просьбе расположенных в Испании монастырей каноников Гроба Господня также восстановил их независимость от Ордена госпитальеров Святого Иоанна Иерусалимского, подтвердив свое решение в 1513 г.
В Нидерландах самое престижное, Aнтверпенское объединение рыцарей Гроба Господня – так называемое „Иерусалимское братство“ -, в состав которого, наряду с брабантскими аристократами, входило немало испанских грандов, приняло твердое решение объединиться в Орден по образцу древнего рыцарского Ордена Святого Гроба эпохи Kрестовых походов. Восстановленный Орден Гроба Господня должен был иметь двойное подчинение – папе римскому, как высшему духовному авторитету, и королю Испании, как светскому главе.
26 марта 1558 г. испанский король Филипп II Габсбург был торжественно избран Великим Магистром Ордена Святого Гроба – в пику папе, самому претендовавшему на этот титул! Церемония избрания короля гросмейстером “сепулькриеров” состоялась в церкви Святой Екатерины Александрийской в Хук Страатене. Однако Орден под руководством короля испанского так и не стал международной рыцарской организацией. Этому противились и обозленная римская курия, и французский король, и рыцари-иоанниты (в силу вышеизложенных причин). Во Франции король Генрих III Валуа в ноябре 1574 г. дал свое согласие на объединение тамошних каноников Святого Гроба с Орденом иоаннитов, в соответствии с решением Ватикана. Однако многие французские рыцари Гроба Господня отказались выполнить волю папы и своего короля. При этом „сепулькриеры“ ссылались на то, что их Орден был основан не папой, а предводителем I крестового похода Готфридом Бульонским (церемониальный меч, использовавшийся при посвящениях в рыцари Гроба Господня, считался ими „мечом самого Готфрида“). Первое французское братство рыцарей Гроба Господня было основано еще в начале XVI века в Париже. К вступлению в него допускались не только лица дворянского происхождения, но и заплатившие достаточно крупный денежный взнос горожане (причем в Орден можно было вступить и по доверенности!). Так, гражданин Марселя Жан Буазон был посвящен в рыцари Гроба Господня по доверенности за своего друга Франсуа Серси, никогда не совершавшего паломничества в Иерусалим! В 1615 г. группа французских рыцарей Гроба Господня избрала Великим Магистром Ордена Шарля де Гонзага, герцога Неверского (ставшего в 1627 г. Суверенным герцогом Мантуанским).