Так Император Фридрих безо всякого кровопролития вернул все, что стоило христианству и жителям Палестины стольких крови и страданий. Но даже теперь никто из латинян не предложил папе снять с Императора церковное отлучение. Напротив, Патриарх Иерусалимский пригрозил, что отлучит от Церкви всякого жителя Святого Града, оказавшего какую-либо услугу Императору в его стенах. Поэтому рыцарские Ордены (кроме Тевтонского) и теперь не пожелали иметь ничего общего с Императором. Впрочем, у них было для этого немало различных причин. Во-первых, Император Фридрих был отлучен от Церкви; во-вторых, он не распространил действие своего договора с султаном на северные области Сирии и расположенные там Триполи, иоаннитские крепости Крак де Шевалье и Маргат, тамплиерские крепости Шастель Блан, Тортозу и Антиохию, а также столь важные города Иерусалимского королевства, как Аскалон, Наблус, Тивериаду и не менее важные замки иоаннитов и тамплиеров, завоеванные Саладином. Кроме того, тамплиеры были настроены против Фридриха и заключенного им с султаном договора еще и потому, что им не удалось заполучить обратно старинную резиденцию Великих магистров их Ордена - Храмовый квартал в Иерусалиме с „Храмом Соломоновым“.
17 марта 1229 г. Фридрих совершил свой торжественный въезд в Святой Град, встреченный ликованием всех христиан, прибывших вместе с ним. Вне себя от радости были прежде всего немцы. Император поселился в Доме (Госпитале) иоаннитов, чтобы на следующий день короноваться королем Иерусалима в Храме Живоносного Гроба Господня. Он обосновывал свои права на иерусалимскую корону женитьбой на Иоланте де Бриенн, юной дочери Иерусалимского короля-неудачника. Фридриха II сопровождали архиепископы Палермо и Капуи, однако, согласно чину коронования, принятому в Святой Земле, церемонию коронации должен был провести лично Патриарх Иерусалимский или же его делегат. Но Патриарх отклонил императорское приглашение. Тогда Фридрих сам взял в руки лежавшую на алтаре корону и возложил ее на свою главу “в честь и во славу Предвечного Царя” (предвосхитив аналогичный поступок Наполеона). Глубоко оскорбленный обращением с ним иерусалимской знати и клира, Фридрих в скором времени опять отбыл в Аккон, а оттуда - через Кипр - в Италию, где разгромил войска папских сторонников-гвельфов. В борьбе с противниками своей власти Фридрих действовал не менее безжалостно, чем его древнеримские предшественники. Всякое непокорство он воспринимал, как нарушение своих священных прав, и немедленно вводил в действие свою беспощадную сарацинскую гвардию. До нас дошел один из приказов, отданный Императором Фридрихом II начальнику этой гвардии, направленной им против мятежного города Гаэты:
„Доверяя вашей искренней и стойкой верности, которую Мы при всех обстоятельствах считаем надежной, сочли Мы за благо поручить вам ведение войны против Гаэты и отмщение как городу, так и его жителям, изменившим Нам. Повелеваем вам, под страхом лишения вас Нашего благоволения, подступив к городу, прежде всего незамедлительно и со всей непреклонностью уничтожить все виноградники и плодовые сады. После чего надлежит вам, в целях приведения всей области к покорности, днем и ночью неукоснительно пребывать при метательных машинах, камнеметах и катапультах. По взятии города надлежит вам всех знатных горожан и лиц благородного звания, которых там найдете, ослепить, отрезать им носы и выгнать вон из города нагими. Женщинам же также отрезать носы для позора, после чего отпустить. Всех детей мужеского пола, которых там найдете, оскопить, после чего дозволить им остаться в городе. Вам также надлежит разрушить до основания городские стены, башни и дома, кроме церквей и домов священнослужителей, коим вы не должны причинять никакого вреда. Когда весть о каре распространится по миру, то да содрогнется каждый изменник в душе и да проникнется страхом“.