Главой ВСНХ стал Устинов. Он немедленно стал делить с Косыгиным полномочия в свою пользу. Да еще Хрущев, уезжая из Москвы, поручал Устинову председательствовать на заседаниях правительства. Это раздражало и обижало Косыгина. Когда Устинов (при Брежневе) стал секретарем ЦК по военным делам, он полностью замкнул на себя оборонную промышленность и не подпускал к этим делам Косыгина. На оборону работали и гражданские министерства, тут интересы Косыгина и Устинова постоянно сталкивались, и главе правительства приходилось уступать.
Академик Гурий Иванович Марчук поинтересовался у Косыгина, почему не создается специальное министерство вычислительной техники. Алексей Николаевич ответил, что вопрос не раз ставился на политбюро, но Дмитрий Федорович — против. Устинов говорил, что невозможно выделить производство вычислительной техники из всего оборонного комплекса, да и не нужно этого делать.
Даже Горбачев, только-только избранный секретарем ЦК по сельскому хозяйству, сразу же вступил в конфликт с Косыгиным, зная, что Брежневу это понравится. Правда, и Косыгин плохо относился к Горбачеву. Он несколько раз отдыхал в Кисловодске, но с Горбачевым не сблизился.
Перед началом торжественной церемонии вручения наград космонавтам в сентябре 1979 года члены высшего партийного руководства собрались у входа в Екатерининский зал. Косыгин недовольно сказал:
— Вот нам, членам политбюро, разослали записку сельхозотдела ЦК, Горбачев ее подписал. Он и его отдел пошли на поводу у местнических настроений, а у нас нет больше валюты закупать зерно. Надо не либеральничать, а предъявить более жесткий спрос и выполнить план заготовок.
В ответ на это Горбачев, который всего год был секретарем ЦК, позволил себе прилюдно атаковать члена политбюро. Самым жестким образом ответил, что если председатель Совета министров считает, что отдел ЦК проявил слабость, пусть поручит вытрясти зерно своему аппарату и доводит это продразверстку до конца. Воцарилась мертвая тишина, вспоминал Горбачев. Такой выговор старшему по чину был невиданным делом. Но Михаил Сергеевич прекрасно знал расклад в политбюро. Брежнев сам постоянно давал понять, что он не очень доволен правительством, правительство не справляется, приходится Центральному комитету подменять Совет министров. Это было скрытой формой критики Косыгина.
И после церемонии Брежнев позвонил Горбачеву:
— Переживаешь? — спросил сочувственно.
— Да, — ответил Горбачев. — Но дело не в этом. Не могу согласиться с тем, что занял негосударственную позицию.
— Ты правильно поступил, не переживай, — сказал Брежнев. — Надо действительно добиваться, чтобы правительство больше занималось сельским хозяйством.
Через два месяца Горбачева повысили в партийном звании. Ему позвонил Суслов:
— Тут у нас разговор был. Предстоит пленум. Есть намерение укрепить ваши позиции. Будем рекомендовать вас кандидатом в члены политбюро.
27 ноября 1979 года, на пленуме, Горбачев поднялся еще на одну ступеньку в партийной иерархии.
Отказ от совнархозов, восстановление министерств и традиционной партийной структуры имели один важный негативный результат: партийные комитеты в полной мере восстановили контроль над промышленностью и сельским хозяйством, несколько утерянный при Хрущеве. При Брежневе аппарат ЦК практически полностью дублировал структуру правительства. Каждой отраслью занимался отдельный сектор. Руководитель отдела ЦК был хозяином в своей отрасли. Он вызывал к себе на Старую площадь не только министров, но и заместителей председателя Совета министров.
«Реформу начали откровенно и резко скручивать в конце шестидесятых, — вспоминал Николай Иванович Рыжков, будущий глава советского правительства, работавший тогда на „Уралмаше“. — Внизу, на производстве, это чувствовалось особенно отчетливо и больно: только вздохнули, как кислород опять перекрывают… Те, кто сразу усмотрел в экономических преобразованиях угрозу политической стабильности, только повода дожидались, чтобы эту реформу придушить. И повод нашелся. Весна 68-го, пражская весна, не на шутку перепугала столпов и охранителей догматической идеологии».
Догматики критиковали косыгинские реформы, считая, что ориентироваться на прибыль, на товарно-денежные отношения вредно и опасно. Это бьет по плановому характеру экономики и ведет к падению дисциплины, росту цен и инфляции.
К таким догматикам принадлежал и председатель КГБ Андропов. Его верный соратник и наследник Владимир Александрович Крючков писал:
«Косыгин, отстаивая свои идеи, проявлял редкостное упорство, не выносил возражений, болезненно реагировал на любые замечания по существу предлагаемых им схем и решений. Экономику он вообще считал своей вотчиной и старался не подпускать к ней никого другого. Этим Косыгин настроил против себя многих членов высшего руководства».