Однако для большинства англичан принятие церковью пресвитерианской системы управления казалось неважным. Учение о необходимости епископата признавалось немногими, и вообще реформа была встречена с одобрением, так как сближала английскую церковь с шотландской и с реформатскими церквями материка. Но, как бы ни было преобразовано ее управление, никто не ожидал, что она перестанет быть английской церковью или что она утратит право требовать от всего народа единообразия в богослужении. Тюдоровскую теорию об отношении церкви к государству, об обязанности всех англичан входить в ее состав и о ее праве определять верования и обряды богослужения не затронул никто из выдающихся людей.
Сами чувства, на которых главным образом основывалась подобная теория, — сила исторического предания, опасность диссидентства для государства, сильная любовь англичан к порядку и столь же сильное отвращение к «новшествам», а также отвращение к безразличию относительно вопросов религии только усилились под влиянием событий, ознаменовавших начало борьбы с королем. Поэтому среди бурь войны парламент настойчиво проводил новую систему церковного управления. В 1643 году в Вестминстере был созван Духовный собор, заседавший в течение пяти лет в Иерусалимской Палате; ему было поручено пересмотреть «статьи», составить исповедание веры и руководство общественным богослужением. Все эти работы вместе с планом церковного управления были одобрены палатами и изложены в ряде указов. От шотландского это церковное устройство отличалось тем, что надо всеми церковными судами и собраниями стоял высший апелляционный суд из мирян, назначаемый парламентом.
Если бы эта реформа была проведена, когда общины «с поднятыми руками» присягали в церкви святой Маргариты «ковенанту», она, вероятно, была бы принята всей страной; но появившись в конце войны, она встретила совсем иной прием. Хотя парламент несколько раз постановлял ввести ее, но чистое пресвитерианство пустило корни только в Лондоне и Ланкашире. В то время как богословы составляли в Иерусалимской Палате новый свод церковного учения и богослужения, диссидентство превратилось в религиозную силу. В страшных тревогах борьбы против Карла I личное убеждение взяло верх над религиозными преданиями. Под влиянием духа времени богословское умозрение приобрело необыкновенную смелость. В 1646 году пораженный ужасом памфлетист насчитал шестнадцать религиозных сект, существовавших вопреки закону; как сильно ни отличались они между собой, все они одинаково отвергали всякое право церкви или ее духовенства контролировать веру или богослужение. Сам Мильтон отверг пресвитерианскую точку зрения и заметил, что «новый пресвитер — просто другое название старого попа».