После отстранения от власти Ост-Индской компании ее вооруженные силы (европейские и сипайские) были обращены в войска королевской службы. Старая сипайская армия фактически прекратила свое существование. В бенгальских войсках из 128 тысяч сипаев 120 тысяч примкнули к восстанию 1857—1859 гг. При реорганизации армии было прежде всего значительно увеличено число англичан. Если до восстания один английский солдат приходился на пять сипаев, то после него это соотношение было повышено до одного к трем. Артиллерийские и технические части комплектовались теперь только из англичан. В сипайских частях было также увеличено число английских офицеров и унтер-офицеров. Наконец, был изменен национальный и кастовый состав сипайских войск. Браманов перестали брать. Вербовка жителей Бенгала и Ауда была прекращена. Сикхи и мусульманские племена Пенджаба, а также воинственные обитатели Непала (гурки) составляли большинство вновь навербованных солдат англо-индийской армии. В большинстве случаев треть полка теперь состояла из мусульман, треть — из индусов, треть — из сикхов, причем и те, и другие, и третьи, принадлежа к различным индийским народностям, исповедовали разные религии и говорили на разных языках. Широко используя национальные и религиозные деления и набирая сипаев из наиболее отсталых племен и народностей Индии (исключение составляли сикхи), англичане надеялись предотвратить повторение событий 1857—1859 гг.
Спор о «крыше мира»
Демаркация западного участка северной границы Афганистана была закончена русско-английским соглашением, подписанным 10 (22) июля 1887 г. в Петербурге. Но восточный участок северной границы Афганистана был по-прежнему не определен. Тут Афганистан граничил с Памиром, который окружавшие его племена именовали «крышей Мира». Разумеется, граница была условной, и никто никогда не занимался ее демаркацией.
Высокогорный район Памира с его суровым климатом сам по себе никогда не интересовал завоевателей. В долинах Памира проживало около 2,5 тысячи таджиков и около 18 тысяч каракиргизов. И те и другие были мусульманами, но таджики относились к шиитам, а киргизы — к суннитам.
К концу XIX века Памир приобретает важное стратегическое значение, поскольку через его перевалы можно было попасть в Кашгарию, Афганистан и Индию.
Впервые русские генералы поднимают вопрос о присоединении Памира в 1876 г. в связи с окончательным покорением Кокандского ханства, в число владений которого формально входил и Памир. Однако в связи с началом Русско-турецкой войны решение этой проблемы было отложено.
С начала 80-х годов XIX века англичане под видом научных экспедиций стали посылать на Памир своих эмиссаров и разведчиков. В свою очередь, Военное ведомство в 1888 г. отправило туда свою экспедицию под командованием капитана Громбчевского. Примеру англичан последовали и китайцы, выставив свои посты в долинах озер Рангкуль и Яшилькуль. Но вскоре туда прибыли войска афганского эмира, оттеснившие китайцев к Рангкулю. В 1890 г. в Кашгар из Индии прибыла английская миссия, официально для учреждения в этом городе консульства, а неофициально для переговоров с китайскими властями о разделе Памира.
Русское правительство не могло допустить, чтобы этот стратегический район был поделен между Англией и Китаем, и приняло решение немедленно занять Памир. Для этого в Маргилане был сформирован специальный отряд, состоявший из охотников (добровольцев) из 2, 7, 15, 16 и 18-го Туркменских линейных батальонов и 24-х казаков из 6-го Оренбургского полка. Всего в отряде было 8 офицеров и 114 рядовых под командованием полковника Ионова.
Ионову было приказано прекратить «хозяйничанье» китайцев и афганцев на Памире, указать на его принадлежность России, по возможности избегать столкновений и производить геодезические съемки. Преодолев с огромными трудностями перевал Тенгиз-Бай (в Алайском хребте), отряд двинулся правым берегом реки Кызыл-Суу и перешел ее вброд напротив урочища Бордаба. Отсюда 10 июля 1890 г. отряд выступил через перевал Кызыл-Арт и 12 июля был на реке Музкол. Здесь отряд разделился: казаки с полковником Ионовым пошли на перевал Уз-Бель и озеро Рангкуль, а пехота с вьюками пошла на перевал Акбайтал. Затем пехота по реке Акбайтал вышла в долину реки Оксу, а оттуда в долину реки Аличур, где и остановилась, охотясь и производя рекогносцировки, пока Ионов с казаками объезжал районы, принадлежавшие к Гиндукушу.
От озера Рангкуль Ионов отправился по реке Оксу к Ак-Ташу, затем 21 июля через перевал Беик вышел в долину реки Карачукура, поднялся по реке на перевал Вахджир и к 25 июля достиг Базаи-Гумбеза. У перевала Беик русские арестовали английского лейтенанта Девинсона и отправили его под конвоем в Маргелан. А у Базаи-Гумбеза был арестован английский капитан Юнгхесбенд, с него Ионов взял письменное обязательство покинуть Памир и более здесь не появляться.