Правитель Донголы не оказал египетским войскам никакого сопротивления и был низложен. Но шангия упорно сопротивлялись. В ноябре 1820 г. их войска были разбиты возле города Корти. 5 марта 1821 г. египтяне заняли Бербер, 12 марта – Шенди. Когда же египетские войска вошли в Вад-Медани, туда в сопровождении пышной свиты из главных сановников явился султан Сеннара Баади VI и сдался Исмаилу. 14 июня 1821 г. египетские войска вошли в Сеннар. Сеннарский султанат был объявлен частью Османской империи.
В конце апреля 1821 г. Мухаммед Али направил в Судан вторую армию под командованием своего зятя Дефтердарбея с целью захватить не только Кардофан, но и Дарфур.
К 1825 г. сопротивление сеннарцев окончательно было подавлено.
Во главе новых приобретенных областей был поставлен наместник египетского паши – хукумдар (генерал-губернатор). В 1833 г страна была разделена на четыре провинции (мудирии): Хартум, Бербер, Кордофан и Донгола. Затем число провинцией еще неоднократно менялось. Так, в 1841 г. прибавились провинции Фазоглу, Сеннар и Така.
Провинциями, которые делились на районы (кием), управляли мудиры; районами – назначенные мудирами назиры. Каждый из районов состоял из более мелких административных единиц – кут, находящихся в ведении хакимов. Вожди кочевых племен и их подразделений подчинялись непосредственно мудирам, а территория племени входила в состав провинции и не делилась на кисмы и куты.
В стране действовал турецкий кодекс гражданского и уголовного права. Однако бракоразводные дела и вопросы наследования решались на основании шариата.
Первые годы турецко-египетского господства проходили в беспрерывных войнах. Восстания вспыхивали в различных районах Судана. Кроме того, Мухаммед Али требовал новых партий рабов и расширения захваченных территорий, что приводило к завоевательным войнам. В 20-х годах XIX века численность египетских войск в Судане доходила до 19 тыс. человек.
Генерал-губернатор Судана Хуршид-бей (1826—1837), опытный полководец, жестокий и умный администратор, продолжал настойчиво расширять владения паши. В 1827 г. он сам возглавил крупную военную экспедицию, которая, преодолевая отчаянное сопротивление динка, дошла со стороны Россейреса до реки Co6at. В 1830 г., поднявшись на лодках по Белому Нишу, египетские войска достигли устья этой реки.
В 1831—1832 гг. Хуршид-бей предпринял поход в сторону Красноморского побережья, в страну, населенную племенами хадендоа. Шеститысячное войско, вооруженное пушками, переправилось на восточный берег Атбары и достигло района расположения современного города Кассала. Хадендоа оказали завоевателям сильное сопротивление. Хуршид-бей, потеряв 1500 человек убитыми и умершими от истощения и болезней, поспешно ретировался.
Мухаммед Али и турецко-египетские правители рассматривали Судан как постоянный и верный источник доходов. Из страны вывозилось все, что только можно было увезти: скот, зерно, кожи, шерсть, слоновая кость, гуммиарабик. Кроме того, Мухаммед Али настойчиво требовал от наместника все новых и новых партий рабов для пополнения армии. Население подвергалось открытому ограблению со стороны стражи наместника. На непокорные племена, города и деревни в качестве одной из мер наказания накладывались различного рода контрибуции.
Население Судана было обложено многочисленными налогами. Все земледельцы Нильской долины выплачивали поземельный налог. Особый налог накладывался на водоподъемные колеса (сакия). Налоги выплачивали владельцы рабов, крупного и мелкого рогатого скота. В 1835 г. Мухаммед Али разрешил Хуршиду наряду со скотом принимать от налогоплательщиков рабов. Если же налоги не выплачивались в установленные сроки, то у провинившихся имущество отторгалось силой. Суданские крестьяне и кочевники, спасаясь от притеснений и поборов, бежали в Дарфур, Вадаи, Эфиопию.
В начале второй половины XIX века Англия стала проявлять к Судану повышенный интерес. В колониальном разделе Африки Англия опередила другие европейские страны. Она подчинила своему влиянию Маскатский и Занзибарский султанаты, пыталась активно вмешиваться во внутренние дела Эфиопии, укрепила свои позиции в Египте. Все это позволило ей проникнуть и в Восточный Судан.
В 1869 г. по инициативе Англии в южные районы Судана была послана военная экспедиция. Она проводилась под египетским флагом и на средства египетской казны, но командовал ею англичанин Самюэл Байкер. Основная цель экспедиции – подчинение южных, сопредельных с Восточным Суданом стран – отвечала английским стремлениям проникнуть в центральные районы Африки с помощью Египта.
Сразу же вслед за этой экспедицией, в 1872 г., английская дипломатия получила от египетского хедива согласие на назначение того же Бейкера губернатором вновь присоединенных к Судану областей. В 1874 г. Бейкера сменил полковник Гордон.