Все законы, изданные в прошлом иностранными властями, отменялись. Были опубликованы приказы и постановления махди, послужившие основой для нового законодательства. Махди провозгласил, что отныне богатый и бедный, слуга и хозяин, араб и нубиец равны между собой. Всех объединяет общая вера и общие цели в священной войне. Он ограничил размер выкупа за невесту, что отвечало интересам беднейшей части населения. Оклады государственным чиновникам были снижены. Махди установил строгие наказания грабителям, казнокрадам, фальшивомонетчикам и другим преступникам.
К территориям, находившимся под контролем махдистов, прибавились районы Красноморского побережья, Дарфур. Восстало население Южного Судана. Против правительственных войск выступили племена нилотов: динка, шиллук, нуэр. На второй год восстания, в середине 1882 г., нилоты и небольшие отряды махдистов вплотную подошли к Дейм-Солиману, главному административному центру провинции Бахр-эль-Газаль. Махди поручил одному из своих эмиров управление провинцией, почти полностью очищенной нилотайи от египетских войск. В апреле 1884 г. губернатор провинции Лептон капитулировал.
Восстание перекинулось и в восточные районы, в провинцию Экваториальную. В конце 1885 г. племена динка и бари господствовали в северных ее районах. Эмин-паша был вынужден бежать с остатками войск сначала в Дуффиле, затем в Уаделай и, наконец, в 1888 г. очутился в Тунгуре на озере Альберт. Племена нилотов вернули себе независимость. Махдистские войска закрепили успехи, достигнутые местным населением.
Оборону Хартума в это время возглавил вновь назначенный на пост генерал-губернатора Судана Гордон. В Хартум он прибыл 18 февраля 1884 г.
В Лондоне Гордон получил инструкции, целью которых было отторжение Судана от Египта. Подавив восстание, Гордон рассчитывал создать в Судане формально самостоятельное государство, которое фактически будет находиться под властью Англии. Стремясь завоевать расположение населения, Гордон пытался договориться с махди и некоторыми из его соратников, предлагая им стать во главе «независимого» султаната в Северном Судане. Южный Судан – провинции Бахр-эль-Газаль и Экваториальная – должны были отойти к английским восточноафриканским владениям. Однако махди отверг предложения Гордона и начал наступление на Хартум.
8 августа 1884 г. 40-тысячная армия двинулась к столице Судана. 23 октября передовые части махдистов подошли к стенам Омдурмана. 5 января 1884 г., после двух месяцев осады, его гарнизон сдался.
С падением Омдурмана Хартум оказался в безвыходном положении. Начался голод. Участились случаи дезертирства. Мирное население охотно переходило на сторону повстанцев. 23 января 1885 г. Хартум был взять войсками махди, а Гордон, руководивший обороной города, убит.
В июне 1885 г. Мухаммед Ахмед умер. Его сменил ближайший ученик махди, халиф Абдаллах. При нем народы Судана продолжали упорную борьбу за независимость.
Независимое суданское государство имело феодально-теократический характер. Во главе его стоял махди – религиозный глава, говоривший и действовавший как бы от имени самого Аллаха. Старая родовая организация Судана, подорванная развитием классовых отношений, на значительной части территории страны оказалась существенно ослабленной. Процесс становления независимого государства был связан с перемещением племен, возникновением новых городов, с постоянным передвижением больших войсковых групп.
В новом государстве административное деление было проведено по территориальному признаку. Ближайшим помощникам и советникам АСщаллаха, четырем халифам, подчинялись главные эмиры – правители отдельных провинций, которых насчитывалось до 20. Главному эмиру подчинялись эмиры отдельных частей провинций. Эмир в своей провинции пользовался неограниченной властью, будучи главой военной и гражданской администрации. По всей стране действовало единое законодательство, основанное на шариате и дополняемое постановлениями махди и халифа. Всей хозяйственно-экономической жизнью страны руководило казначейство бейт аль-маль. В его ведении находились финансы, промышленность, сельское хозяйство, внутренняя и внешняя торговля.
Основными источниками государственных доходов служили многочисленные налоги с населения, военная добыча, конфискованное имущество осужденных, прибыль от государственных монополий (продажа рабов, экспорт слоновой кости и др.). Бейт аль-маль ведал и монетным двором. Для удовлетворения потребностей развивавшейся торговля Абдаллах приступил к чеканке собственных металлических денег.