Не успели коммандос отдохнуть после операций в Радфане и патрулирования Адена, как их перебросили на Танганьику подавлять мятеж, вспыхнувший в армии этой страны. Затем 45-й отряд вернулся в Южную Аравию, где ситуация продолжала ухудшаться. Все больше времени они проводили в горах, получая припасы с вертолетов. Всего за семь недель 45-й отряд коммандос провел 305 ночных патрулей, а в начале 1966 года участвовал в восьми крупных операциях. В одном из последних походов в глубь страны они по подтвержденным данным уничтожили 24 террориста и вскоре первыми из британских военных формирований покинули регион, оставив его в руках парашютистов и 39-й бригады.
Однако уход из Радфана не означал, что отряд № 45 получил передышку, вовсе нет. По соглашению, сформулированному лейбористским правительством Гарольда Вильсона, Аден получал независимость. Контрольный срок полного вывода британских войск был назначен на 1967 год, и 45-й отправился в Аден для обеспечения безопасности в районе Маала, ставшем на время центром гражданских беспорядков. Населению не терпелось поскорее выдворить британцев. В одном из самых крупных столкновений в Адене 45-й отряд уничтожил тринадцать террористов, потеряв одного человека убитым и двоих ранеными. В конце концов коммандос уходили из Адена последними; прикрывали войска, самолетами переправлявшиеся из аэропорта Хормаксар в последние дни британской оккупации Адена. За службу в Аравии 45-й был награжден многими орденами и медалями, включая три «Ордена Британской империи» 3-й степени, два «Военных креста», четыре медали «За заслуги», 6 благодарностей в приказе, три благодарности Королевы и 15 благодарностей Главнокомандующего. За семь лет боевых действий в отряде было убито только 6 человек и 62 ранено, что отметили, как «относительно небольшое количество, учитывая такой срок и тяжесть проведенных операций».
Пока 45-й томился в Южной Аравии, остальные коммандос 3-й бригады сражались во влажных непроходимых джунглях Борнео, в условиях, не менее тяжелых, чем выжженные солнцем горы и пустыни Радфана. Война, стыдливо названная «конфронтацией», вспыхнула, когда пронзительный взгляд «сумасшедшего» доктора Сукарно, президента Индонезии, остановился на британском протекторате на острове Борнео.
В то время на Британии лежала ответственность за Султанат Бруней, Северный Борнео (позже Саба) и Саравак. Считалось, что эти государства войдут в Малайскую Федерацию и образуют сильный и стабильный союз. У Сукарно на этот счет было другое мнение, и он поддержал коммунистических партизан в конфликте, вспыхнувшем в Брунее и быстро распространившемся по всему острову. Все три британских протектората имели границы с Калимантаном, индонезийской частью Борнео, занимавшей три четверти острова. Сукарно решил захватить контроль над оставшейся четвертью и добавить 7,5 миллионов подданных к тем 100 миллионам, которыми он уже правил. Явно вдохновленный примером японцев во Второй мировой войне, честолюбивый Сукарно мечтал покорить все Малайские государства и Сингапур. В 1961 году британское правительство дало добро на стремительный, хотя и ограниченный военный ответ, послав в регион штурмовой отряд, набранный из коммандос морской пехоты, турков, Собственного Королевы Хайлендского полка и, чуть позже, Парашютного полка.
В скором времени там было развернуто 28 000 человек, включая австралийцев, новозеландцев и весьма активный контингент сил специального назначения. Последний состоял из СБС и 22-го полка САС, одной из рот которого командовал майор Питер де ла Бильер (впоследствии командующий британскими войсками в Войне в Заливе). В патрульной службе САС участвовали и подразделения Парашютного полка. Общее командование осуществлял генерал сэр Уолтер Уокер, бывший генерал-майор бригады турков, назначенный руководителем военных операций на Борнео. В британской армии Уокер считался главным экспертом по боевым действиям в джунглях.
Средства массовой информации называли его «загадочной» и «эксцентричной» личностью. Сам Уокер считал, что обязан такой репутацией утечке информации из Министерства обороны, которому всегда был не прочь насолить и не делал секрета из того, что игнорирует некоторые министерские приказы. Как он говорил, «старые придурки еле терпели его», и в свое время отомстили, на несколько лет задержав присвоение ему рыцарского звания.