Эти военные действия назывались «Операции Кларет». Теоретически никаких пересечений границы в карательных целях не существовало, и Министерство по вопросам развития заморских территорий требовало, чтобы ни один британский солдат не оказался в плену и ни один погибший или раненый не остался на территории, где его могли бы сфотографировать и предъявить миру, как доказательство британских военных действий.
42-й отряд коммандос первым вступил в конфликт 10 декабря 1962 года, начав путь длиной в три с половиной года. Роту «L» перебросили по воздуху в Бруней, где в Лимбанге, в 12 милях к югу от города Бруней, держали в заложниках британского министра-резидента с женой и еще семь британцев. По приблизительным оценкам дом окружали 200 мятежников. 12 декабря в ходе яростного столкновения заложников удалось освободить невредимыми, хотя пятеро коммандос были убиты и пятеро ранены. Мятежники потеряли 35 человек убитыми и как минимум столько же ранеными.
После столь удачного старта за последующий месяц 42-й захватил в плен 421 мятежника, больше любой другой воинской части. Однако отряду серьезно мешали сильные январские дожди, вызвавшие наводнения в районе их действий. Например, дом, в котором отдыхал лейтенант А.Д.М. Моррис со своим взводом, смыло поднявшейся водой. Несмотря на это неприятное происшествие, 42-му поручили найти и взять в плен одного из главных мятежников, Яссина Эффенди. Лейтенант Колин Джордж и сержант Смит сформировали специальную команду, чтобы выследить его, и в марте Эффенди был арестован.
Затем 42-й, вместе с остальными британскими частями, приступил к патрулированию джунглей с десантами, засадами, перестрелками и еще одним новшеством: они первыми стали использовать в речных патрулях суда на воздушной подушке. Отряд коммандос № 40 прибыл на Борнео 14 декабря 1962 года и оставался там три года и девять месяцев. Его первым подразделением, прибывшим туда, стала рота «А», прозванная «Пагфорс», так как командовал ею знаменитый экс-командир СБС, ветеран Второй мировой войны, майор П.Дж. «Паг» Дэвис. Коммандос сразу же приступили к патрулированию и рейдам, а в апреле 1965 года обеспечивали комендантский час в поясе шириной пять миль вдоль индонезийской границы, знаменитом ночными засадами. Воинская часть была растянута на фронте в 140 миль, поддерживая связь между постами с помощью 32 радиостанций. По всему фронту находились опорные пункты, и за десять минут в любой из них вертолетом можно было перебросить подкрепление. Впоследствии, когда 40-й отряд коммандос контролировал территорию в 140 миль длиной и в 140 миль в самом широком месте, он, единственный, обзавелся собственным воздушно-десантным взводом.
Для новичков того периода это, во многих отношениях, был потрясающий опыт. Генерал-майор А.М. Килинг вспоминает свою борнейскую историю:
«В 1963 году я, 19-летний наивный второй лейтенант, оказался в джунглях Саравака. Я командовал взводом в 42-м отряде коммандос, а вокруг меня были ветераны Брунейской кампании. Мы и представить себе не могли, что ввязались в затяжную войну; мы просто, не жалея сил, искали террористов, вооруженных и вдохновленных индонезийцами, а они, видимо, искали нас. Та часть Саравака была еще почти первобытной, и в джунглях вдоль индонезийской границы почти не чувствовалось двадцатое столетие.