В марте 1885 г. корпус набрали до батарейной палубы и установили почти все водонепроницаемые переборки, испытания которых поручили капитану I ранга С. О. Макарову. "При настоящем состоянии минного дела, – писал он в своем рапорте вице-адмиралу И. А. Шестакову, – броненосные корабли должны быть защищены от мин Уайтхеда. …Корабль "Екатерина II" в том виде, как он проектирован, есть непотопляемое судно как для тарана, так и для мин Уайтхе- да. Надо только, чтобы переборки, которые проектированы непроницаемыми для воды, были действительно непроницаемые. Если по отношению к двойному борту и дну есть правила, которые при испытании обеспечивают их герметичность, то проба главных переборок пока во всех флотах производится наливанием самого ничтожного количества воды и обливанием переборок из брандспойтов. Этого недостаточно, и корабли гибнут, как "Гроссер Курфюрст" или "Вэнгард". Полагаю, что на "Екатерине II" или на "Адмирале Нахимове" на пробу переборок потребуется неделя".
Тревога С. О. Макарова была не напрасной. Испытания переборок показали их недостаточную прочность. Некоторые из них даже прогибались под напором воды. В декабре 1885 г. на всех трех строившихся броненосцах переборки укрепили установкой дополнительных Z- образных стоек.
В начале 1886 года начались работы по подготовке "Екатерины II" к спуску. Отсутствие опыта спуска больших кораблей в стесненном бассейне реки Ингул заставило МТК детально изучить зарубежный опыт. Взяли за образец спусковые устройства спущенных на реках незадолго до этого броненосцев: "Бенбоу" в Англии, "Формидабля" во Франции. Необходимо было применительно к местным условиям разработать задерживающую систему, состоящую из пеньковых тросов, которые поочередно протягивались через систему блоков и приспособлений, затем разрывались и частично гасили инерцию корпуса спускаемого корабля.
Управляющій Морскимъ Министерствомъ приказалъ составить въ Кораблестроительномъ От- деленіи чертежи и соображенія къ измененію проекта Черноморскихъ броненосцевъ въ томъ смысле, чтобы бортовая броня по грузовой ватерлиніи была продолжена до оконечностей судна и чтобы расположеніе орудій и защита ихъ бронею оставались прежнія.
Вследствіе такого приказанія Его Превосходительства, въ Кораблестроительномъ Отделеніи был составленъ эскизный чертежъ Черноморскихъ броненосцевъ. Существенныя особенности, отли- чающія его оть первоначально утвержденнаго проекта, следующая:
Протяжение нижняго каземата уменьшено на столько, что бортовая броня подъ верхнимъ казематомъ защищаетъ только дымовыя трубы, подачу зарядовъ къ орудiямъ и все механическія устройства для вращенія орудiйныхъ столовъ.
Нижняя кромка верхняго каземата приподнята, съ целью уменьшенія высоты его до 8 /2 футъ, съ сохранешемъ при этом прежняго возвышешя орудія надъ верхнею палубою.
3) Толщина броневаго пояса по грузовой ватерлиніи уменьшена съ 18 дюйм, до 16 дм., толщина же брони выше этого пояса, бывшая на прежнемъ проекте 14 и 12 д. зделана следующая:
а) на передней и частію на боковых сторонахъ верхняго каземата 14 дюймовъ, а на остальномъ протяженіи 12 дюймовъ;
б) на переднемъ траверзе нижняго каземата 10 дюймовъ,
в) по борту нижняго каземата 12 дюймовъ, и
г) на заднемъ траверзе нижняго каземата 9 дюймовъ.