Внешняя 6-мм коффердамная переборка по высоте от броневого шельфа до бронированной палубы проходила от 17 1/2 до 86 шп. как продолжение обшивки второго борта высотой 2,45 м (как и главный броневой пояс), образуя внешний коффердам. Поперёк внешнего коффердама проходило большое количество поперечных переборок, образуя небольшие водонепроницаемые отсеки. Поперечные переборки расположили на 20, 24. 28, 32, 36, 40, 45, 48, 53, 57, 61, 64, 68, 73, 78, 83 и 86 шп. В районах, где находятся выгородки под основания бортовых 150-мм орудийных башен и горловины шахт подачи боеприпасов к ним из погребов, а также в VII-м основном отсеке (помещение задних бортовых ТА), внешнюю коффердамную переборку не установили.
Внутренняя 6-мм коффердамная переборка по высоте также от внутреннего дна до бронированной палубы на броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» проходила с 20 по 78 шп., на трёх остальных с 19 по 78 шп., образуя внутренний коффердам. По длине всех котельных отделений участки внутреннего коффердама от промежуточной до бронированной палуб использовали как резервные угольные ямы.
В IV и V-м основных отсеках по бортам машинных отделений на расстоянии 6,3 м от ДП от внутреннего дна до промежуточной палубы проходила ещё вторая внутренняя коффердамная 6- мм переборка, образуя третий (второй внутренний) коффердам. Все остальные коффердамные перебороки имели толщину 6 мм.
Под бронированной палубой поверх переборки по ДП на броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» с 25 по 67 шп., на трёх остальных с 26 1/ 2 по 64 шп. расположили сплошной прямой центральный коридор (проход), соединявший обе боевые рубки через их коммуникационные трубы, в котором свободно и легко доступно проходили система рулевого управления и его указатели, механический телеграф, электрические и телефонные кабели,трубопроводы системы воздуха высокого давления (ВВД), противопожарные системы и т.д. Коридор без перерыва проходил через все поперечные переборки, в которых для него проделали проходы.
По высоте коридор проходил от промежуточной до бронированной палубы, его ширина на уровне промежуточной палубы составляла 1,4 м, на уровне бронированной палубы уменьшалась до 0,85 м., толщина железной обшивки до 6 мм. В местах прохода шахт дымовых труб на его обшивку снаружи нанесли слой изоляции для предотвращения нагрева газами дымовых труб.
Центральный коридор проходил над всеми МО и КО и заканчивался у переборки между IX и X- м основными отсеками, где имелся выход вверх в коммуникационную трубу передней боевой рубки. Через герметичные двойные двери коридор соединялся с МО и КО. Вентиляция и удаление нагретого воздуха осуществлялась через центральные трубы нижней части обеих мачт.
Из семи имеющихся на корабле палуб только батарейная и бронированная были сплошными и проходили через весь корпус, но последняя своей надводной частью от кормовой башни до ахтерштевня продолжалась небронированной, остальные прикрывали только отдельные части корпуса.
Выше внутреннего дна на расстоянии около 3,7 м ниже ватерлинии с перерывами через весь корабль проходила 8-мм водонепроницаемая палубная платформа.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» палубная платформа проходила от ахтерштевня до 14 шп., затем располагалась несколько глубже с 14- го по 20 шп., прерывалась в районе КО и МО. продолжаясь с 45 по 48 шп. и с 68 до форштевня, на трёх остальных со 2 по 19 шп., с 48 по 51 шп. и с 64 до форштевня.
На 2,3 м выше палубной платформы и на 1,4 м ниже ватерлинии от 14 шп. до форштевня проходила 8-мм стальная водонепроницаемая промежуточная палуба. Над КО и МО она образовывала возвышенную плоскую 20-мм противоосколочную палубу с 12-мм скосами. В вентиляционных колодцах на этой палубе установили броневые колосники толщиной 12 мм и высотой 45 мм с размером отверстий 24x100 мм.
Между промежуточной и батарейной палубами в носовой и средней части корабля выше, а в кормовой части ниже ватерлинии проходила 65-мм бронированная палуба. На ней находились лазарет и кубрики для кондукторов, унтер-офицеров и матросов. С конца I-го и до Ш-го основного отсека располагались каюты кайзера, его свиты и офицеров штаба флота. Продолжением бронированной палубы от задней поперечной бронированной переборки до ахтерштевня служила 8-мм стальная плоская палуба.