Для защиты от продольных попаданий снарядов в середину корабля со стороны кормы установили 200-мм поперечную броневую переборку постоянной толщины. Переборка от 17 1/2-го шп. подходила к ДП на 11 шп., огибая барбет кормовой башни. Кормовую поперечную броневую переборку также установили на 250-мм прокладке из тикового дерева и крепили гужёнами к листовой обшивке.
Логическим дополнением системы бортового бронирования явилось наличие составной 65-мм выпуклой водонепроницаемой бронированной палубы, расположенной между промежуточной и батарейной палубами. Бронированная палуба состояла из надводной и подводной частей.
Надводная часть бронированной палубы проходила от форштевня до кормовой поперечной броневой переборки на всю длину броневого пояса. Палубу собрали из трёх листов судостроительной стали общей толщиной 65 мм, двух 20-мм нижних и 25-мм верхнего.
В верхней части по ДП бронированная палуба находилась на 1,145 м выше конструктивной ватерлинии, а у бортов только на 0,845 м. Таким образом, на мидель- шпангоуте стрела прогиба (выпуклость) палубы достигала 0,3 м.
К бортам примыкал и доходил до броневого пояса только нижний 20-мм лист бронированной палубы, оба верхних ложились на верхнюю кромку пояса и крепились к нему болтами. С нижней кромкой барбета кормовой башни был соединён только нижний 25-мм слой бронированной палубы, оба верхних прилегали к нижнему краю стенки барбета.
Люки для прохода и горловины угольных ям в бронированной палубе закрывали бронированными крышками той же толщины (65 мм). Конструкция бронированных крышек была устроена так, чтобы её легко можно открыть в любых условиях одному человеку как с бронированной, так и промежуточной палуб. Для защиты вентиляционных шахт машинных отделений и нижних помещений, кожухов дымовых труб КО в местах прохода их через бронированную палубу установили противоосколочные бронированные колосники с размерами отверстий 40x100 мм.
Продолжением надводной части бронированной палубы от кормовой броневой поперечной переборки до ахтерштевня являлась 8-мм плоская палуба из обычной судостроительной стали. Подводная часть бронированной палубы проходила от нижнего края задней поперечной броневой переборки до ахтерштевня ниже 8-мм плоской палубы. Эта выпуклая палуба была несколько толще и также состояла из трёх листов судостроительной стали общей толщиной 75 мм: двух 30-мм верхних и 15-мм нижнего. Её верхнюю часть расположили на 0,1 м, борта на 1,6 м и конец на -3 шп. на 0,9 м ниже ватерлинии. Подводная часть не имела вырезов и отверстий под люки и горловины.
Между бронированной палубой и расположенной ниже палубной платформой за броневым поясом на протяжении IV-XII-ro основных отсеков с каждого борта расположили два достаточно широких коффердама (бортовых прохода) – внешний и внутренний. Они служили камерой расширения при взрыве пробивших броневой пояс снарядов и торпед, хотя их 6-мм стенки вряд ли могли служить в качестве противоосколочных переборок. Эти переборки должны были дополнять назначение бортовой брони по защите внутренних частей корабля от давления газов и действия осколков брони и снарядов. Между внутренними коффердамами и КО расположили продольные угольные ямы, дополнительно защищавшие от проникновения осколков.
В корме небронированные части борта защитили только проходящей выше и ниже ватерлинии бронированной палубой, коффердамами, угольными ямами, а также делением корпуса многочисленными поперечными переборками на мелкие отсеки и помещения.
Бронирование башен артиллерии главного калибра включало в себя барбеты с внутренним диаметром 6,9 м, имевшие кругом 250-мм толщину бронированнной стенки из закалённой никелевой стали, и вращающиеся части двухорудийных башен.
На броненосцах «Кайзер Фридрих' III» и «Кайзер Вильгельм II» барбет носовой башни имел высоту 2,4 м и возвышался на 5,8 м выше конструктивной ватерлинии. Под башней от настила бронированной палубы до дна барбета установили шахту прямоугольной формы из 250- мм плит никелевой стали, внутри которой смонтировали механизм подачи боеприпасов.
На остальных трёх броненосцах барбет носовой башни имел высоту 1,35 м и возвышался на 6,72 м выше конструктивной ватерлинии. Между нижним краем барбета и бронированной палубой для защиты механизмов подачи боеприпасов установили коническую шахту из шести вогнутых бронированных 230-мм плит, диаметр которой вверху составлял 4,4 м и внизу 3,0 м. Нижний край барбета через настил пола, состоящий из двух слоёв 20-мм никелевой стали, опирался на установленную на бронированной палубе коническую шахту.
Люки и горловины для подачи боезапаса закрывались водонепроницаемыми броневыми крышками.
На броненосцах «Кайзер Фридрих III» и «Кайзер Вильгельм II» барбет кормовой башни в виде неправильного овала высотой 2,1 м установили непосредственно на бронированной палубе.