Когда вице-адмирал принц Генрих Прусский вступил в командование 1-й эскадрой, она имела следующий состав: линкоры «Кайзер Фридрих III» (флагманский корабль командующего эскадрой), «Кайзер Вильгельм II», устаревшие броненосцы «Баден» (флагманский корабль младшего флагмана), «Саксен», «Вюрттемберг», авизо «Яагд», и скорее формально принадлежащий к ней броненосный крейсер «Фрейя», находящийся ещё в стадии проведения испытаний.
Затем в составе 1-й эскадры произвели очередные организационные изменения, в результате чего устаревшие броненосцы «Саксен» и «Вюрттемберг» вывели из состава эскадры и передали в резервную дивизию Северного моря. Вместе с вновь вошедшим в строй 2 октября их модернизированным систершипом «Баден» они только временно были в составе 1-й эскадры.
Эти три бывших броненосных корвета, затем устаревшие броненосцы 3-го класса, а теперь по новой классификации модернизированные линкоры, фактически принадлежавшие резервной дивизии Северного моря, во время нахождения линкоров типа «Бранденбург» на Дальнем Востоке временно ввели в состав 1-й эскадры.
Штаб 1-й эскадры имел следующий состав: командующий 1-й эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба корветтен- капитан Рииве, флаг-лейтенант офицер морского генерального штаба обер-лейтенант Рихтер, младший флагман контр-адмирал Фишель, флаг- лейтенант обер-лейтенант фон Хиппель.
Однако флагманские корабли менялись довольно часто. Уже 14 октября младший флагман контр-адмирал Фишель спустил свой флаг на борту линкора «Кайзер Фридрих III» и перенёс его на устаревший броненосец «Баден», затем 11 ноября снова на «Кайзер Фридрих III».
Сначала линкоры 1- й эскадры проводили обучение по программе одиночного корабля. Затем с 4 по 15 декабря вся эскадра начала зимний учебный поход, во время которого с 10 по 12 декабря корабли посетили Ларвик (Норвегия). Флагманский линкор эскадры «Кайзер Вильгельм II» входил в состав 1-й эскадры только тактически и вместе с ней принимал участие в этом походе. В соответствии с «Высочайшим распоряжением» от 11 декабря 1900 г. крупные боевые корабли поменяли основные (зимние) места базирования, а именно линкоры типа «Кайзер» стали базироваться в Киле, а устаревшие броненосцы типа «Саксен» в Вильгельмсхафене.
В январе 1901 г. «Кайзер Вильгельм II» ввели в док для текущего ремонта. При этом не было принято во внимание запланированное направление линкора на траурную церимонию в Англию по случаю кончины королевы Виктории.
В первой четверти 1901 г. линкоры 1-й эскадры проходили текущий ремонт и обучение по программе одиночного корабля, поэтому часто происходили смены флагманских кораблей командующего эскадрой и младшего флагмана.
Поскольку принц Генрих Прусский с декабря 1900 г. по январь 1901 г. находился в отпуске, 1-й эскадрой временно командовал младший флагман контр-адмирал Фишель. Сначала он держал свой флаг на устаревшем броненосце «Баден». затем перешёл на «Саксен» и. наконец, на «Кайзер Фридрих III».
С 8 февраля по 9 марта продолжались частые кратковременные смены флагманских кораблей, пока вице-адмирал принц Генрих Прусский не вернулся на свой «Кайзер Фридрих III».
Обучение кораблей 1-й эскадры обычно начиналось в конце марта с учений в составе эскадры в Балтийском море. Ими руководил вице-адмирал принц Генрих Прусский с борта флагманского линкора «Кайзер Фридрих III».
В середине марта все корабли 1-й эскадры собралась в Киле. Ещё до проведения весенней смены мест базирования эскадра предприняла поход в среднюю часть Балтийского моря. В ходе его проведения командующий эскадрой и специально прибывший в Данциг будущий командующий учебным флотом адмирал фон Кёстер на паровом катере прошли вдоль побережья, чтобы изучить его и наметить подходящие места для задуманных кайзером осеиыо совместных манёвров армии и флота.
1 апреля 1-я эскадра под командованием принца Генриха Прусского, державшего свой флаг на линкоре «Кайзер Фридрих III», вышла из Данцига в Киль.
Во время этого перехода в ночь с 1 на 2 апреля флагманский линкор 1-й эскадры «Кайзер Фридрих III» повредил себе днище у отмели Адлер-грунд северо-восточнее мыса Аркона. Авария линкора «Кайзер Фридрих III» до сих пор считается одной из тяжелейших аварий в имперском военно-морском флоте. Корабль получил серьёзные повреждения корпуса, но, к счастью, обошлось без человеческих жертв.