Повреждения оказались значительными. Обследование показало, что у линкора «Кайзер Фридрих III» на подводной обшивке правого борта на 2/3 длины корпуса проходили вмятины общей длиной до 25 м и шириной 60-70 см. с трещинами и разрывами. Часть шпангоутов была повреждена, но настил внутреннего дна, в основном, уцелел. Удивительным было то, что небольшие участки корпуса между трещинами не были повреждены, как будто бы кораблю во время касания отмели, длившегося всего около одной минуты, пришлось совершать прыжки. Котлы имели повреждения в тех кочегарках, где возник пожар.
Вторым местом тяжёлых повреждений являлась кормовоя оконечность корабля, где была сломана пятка руля и в двух местах перебит ахтерштевень. Однако каких-либо конструктивных ошибок не нашли. Из этого сделали оптимистические выводы, что применяемые в германском судостроении британские нормы допустимых нагрузок (например, прочности соединений элементов корабельных конструкций) тем самым были подтверждены и уточнены, так что их с уверенностью можно было использовать уже при проектировании линкоров типа «Дёйчланд».
Непосредственной причиной аварии явилось то, что эскадра для выигрыша времени проложила курс южнее острова Борнхольм, а этот фарватер вообще не рекомендовался для прохода кораблей с большой осадкой.
На место аварии была послана следственная комиссия. Первые же произведённые гидрографические обследования банки Адлер-грунд показали, что линкор оказался на неизвестной отмели с глубиной 9,5 м, на которой местами лежали крупные выступающие камни, так что фактическая глубина моря там едва составляла 8,2 м, а плавучий маяк Адлер-грунд оказался не на месте на 700 м.
Тем самым с командования были сняты все обвинения. Последующее расследование подтвердило правильность действий командира корабля и проводимых офицерами и командой мероприятий. На основании этого командующий эскадрой (принц Генрих также был обвинён в происшедшем) просил управляющего морским кабинетом оставить в должности своего флаг-капитана, капитана 1-го ранга Тиле, которого посчитали главным виновником аварии.
«Кайзер Вильгельм II» также несколько раз слегка коснулся грунта. Но повреждения линкора оказались такими незначительными, что командующий эскадрой через короткий промежуток времени, когда держал свой флаг на борту броненосного крейсера «Виктория Луиза», 23 апреля снова вернулся на борт «Кайзера Вильгельма II», временно ставшего флагманским кораблём.
К этому времени 1-я эскадра имела следующий состав: линкоры «Кайзер Вильгельм II» (флагманский корабль командующего эскадрой). «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» (с 5 мая проводил ходовые испытания), устаревшие броненосцы «Баден» (флагманский корабль младшего флагмана), «Вюртемберг», «Саксен», броненосные крейсера «Виктория Луиза», «Фрейя» (проведение ходовых испытаний) и авизо «Яагдт».
В состав штаба эскадры входили: командующий эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский, начальник штаба корветтен-капитаи Рииве (до прибытия капитана 1-го ранга Боркенхагена), офицер морского генерального штаба корветтен-капитан Рииве, флаг-лейтенант обер- лейтенант Рихтер, младший флагман контр-адмирал Фишель. флаг-лейтенант обер-лейтенант фон Хиппель.
18 апреля произошло важное для императорской семьи событие. В этот день на борту линкора «Кайзер Вильгельм II» в присутствии кайзера состоялось приведение к присяге его младшего сына принца Адальберта, при этом на корабле впервые подняли флаг гросс-адмирала.
Начиная с 27 апреля, существенными составляющими элементами весенних учений явилось выполнение под командованием младшего флагмана учебных артиллерийских стрельб и манёвров с высадкой десанта у Апепраде. Эти манёвры с высадкой десанта провели в первый раз со времён нахождения генерала фон Каприви во главе германского адмиралтейства.
В последующих учениях по перестроению кораблей на ходу в Северном море «Кайзер Вильгельм II» не принимал участие.
Поскольку 2 апреля флагманский линкор «Кайзер Фридрих III» временно вышел из строя, сев на мель, на период с 17 июня по 24 октября 1901 г. на «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» возложили обязанности флагманского корабля 1-й эскадры. 17 июня командующий 1-й эскадрой вице-адмирал принц Генрих Прусский поднял свой флаг на борту линкора «Кайзер Вильгельм дер Гроссе», так что «Кайзер Вильгельм II» временно перестал быть флагманским кораблём эскадры. С 29 сентября принца замещал контр-адмирал Фишель.
В это время в рамках проходящей Кильской недели «Кайзер Вильгельм дер Гроссе» принял участие в торжественном открытии памятника Великому Курфюрсту перед зданием Морской академии в Мюрвике на берегу Фленсбургского залива.
Тем временем произошли некоторые изменения в составе эскадры. Сначала из её состава вывели броненосный крейсер «Фрейя». На его место 19 июля 1901 г. в состав 1-й эскадры срочно ввели новый линкор «Кайзер Барбаросса», чтобы он принял участие в переходе эскадры в Кадис для встречи возвращающейся в это время с Дальнего Востока дивизии линкоров типа «Бранденбург».