Прежде всего, йогину следует «опустошить» алая-виджняну от семян — носителей информации подобно тому, как из мешка высыпают зерно. Попутно преодолеваются васаны — сформировавшиеся с безначальных времен тенденции к проецированию содержимого алая-виджняны вовне. Тогда алая-виджняна оказывается направленной на самое себя. Теперь это чистое сознание, свободное от какой-либо дуальности и дихотомичности, вне субъектно-объектной оппозиции. Утратив свои различающие функции, алая-виджняна, собственно, перестает быть виджняной, сознанием. Теперь это чистая зеркальная мудрость, совершенный безобъектный гнозис (джняна). На этом путь к нирване завершен. Однако следует отметить, что йогачарины как махаянисты не ограничивались хинаянским идеалом нирваны, сделав очень многое для разработки учения о бодхисаттвах и пути бодхисаттв. Именно йогачаринам принадлежит заслуга окончательного для традиции и максимально полного описания пути бодхисаттвы. Они же придали завершенность и махаянской доктрине Трех Тел Будды (см.).
Йогачарины признавали множественность алая-виджнян; каждое живое существо с переживаемым им миром объектов сводится к «своей» алая-виджняне. Из этого следует, что каждое живое существо переживает свой собственный мир, отличный от миров других живых существ, и лишь Будда в силу своего всеведения знает содержания сознания и миры всех существ. Отсюда следует вопрос, почему же миры, переживаемые всеми существами, столь сходны, что могут рассматриваться как один и тот же мир. Ответ йогачары: в силу общности кармы, определяющей уровень развертывания сознания каждого типа существ (людей, животных и т. д.) и характер их тел как объективации их кармических плодов, к которым и «подстраивается» тип переживаемого ими «объективного» мира. Другими словами, поскольку все мы — люди, то и переживаемые нами миры есть «миры людей», все же различия между ними определены особенностями индивидуальной кармы. Как говорится в «Виджняптиматра сиддхи шастре», подобно тому как свет многих ламп в одном помещении образует единое освещение, так и миры множества существ образуют единую согласованную реальность (в относительном смысле этого слова). Согласованность между мирами объясняется определенной корреляцией между кармами существ.
С доктриной сознания йогачаринов самым непосредственным образом связана их теория «трех уровней реальности», или, дословно, — «трех уровней своебытия» (трисвабхава — см.), хотя, как мы увидим, на самом деле, согласно йогачаре, ни один из этих уровней не обладает подлинным своебытием.
Своеобразной формой йогачары стало ее логико-эпистемологическое направление (так называемая поздняя йогачара).
Ее основателем является выдающийся мыслитель, реформатор индийской логики Дигнага. Он был брахманом из южной Индии, однако принял буддизм, постригся в монахи и стал учеником Васубандху. Вскоре он разошелся с учителем по вопросам логики и основал собственную школу, тогда как преемниками Васубандху стали Стхирамати и Дхармапала. Логическую реформу Дигнаги закрепил Дхармакирти (вторая половина VII в.), который придал новой школе ее окончательный вид. Значительный вклад в развитие логики и эпистемологии поздней йогачары внесли философы, сочетавшие йогачару с умеренной мадхьямакой — Шантаракшита и Камалашила.
Поздние йогачарины фактически отказались от концепции алая-виджняны, сочтя ее неким надэмпирическим метафизическим допущением, принятие которого противоречило их установке на радикальный эмпиризм. Однако они расширили объем понятия «васана», активно используя его в своей философии. Например, такой васаной, конвенциональной «стародавней привычкой», с точки зрения поздних йогачаринов, является язык.