Так тюрки-мусульмане завершили то, что оказалось не под силу тюркам-язычникам, – завоевание царства Саманидов. Практически нет свидетельств тому, что шииты и иные сектанты приветствовали Караханидов, в то время как сунниты поддержали новую власть. По всей видимости, Саманиды потеряли поддержку всего народа, вне зависимости от его религиозных предпочтений. В своем наступлении на Бухару хан провозгласил себя другом Саманидов, и саманидские полководцы, такие как Бектузун, добровольно сдались захватчикам. Однако саманидский эмир, вместе со многими членами своей семьи, был взят под стражу и отправлен отбывать заключение в Туркестан.
Падение династии Саманидов имело несколько авантюрное продолжение. Младший брат Мансура ибн Нуха и Абд аль-Малика, последний саманидский эмир по имени Абу Ибрагим Исмаил, бежал из заключения в Туркестане и вернулся в Бухару, где скрывался некоторое время. Затем он отправился в Хорезм, где принял имя Мунтасир (
Поражение Насра случилось в феврале 1001 г., но решающего значения оно не имело. На помощь брату пришел Махмуд с подкреплениями, вынудив Мунтасира покинуть владения Байидов. Вскоре Мунтасир вернулся и, после недолгой оккупации Нишапура, был окончательно разгромлен и в 1003 г. бежал в Трансоксиану. Здесь он заключил союз с тюрками-огузами, которые вторглись в земли севернее Амударьи. С их помощью Мунтасир смог снова нанести поражение Караханидам, включая войска самого великого хана. Но огузские племена были ненадежны, и Мунтасир не хотел зависеть от их поддержки, поэтому он оставил их и направился на юг. Затем он попытался помириться с Махмудом Газни, написав ему о прежнем союзе Газневидов и дома Самани, стараясь расположить Махмуда к себе. Однако эта попытка не увенчалась успехом, и Мунтасир попытался вновь испытать судьбу, перейдя через Амударью, дабы заручиться поддержкой в Трансоксиане. Здесь он собрал войска, включая отряды гази из Самарканда, а также несколько племен огузов. В мае 1004 г. ему снова удалось нанести поражение армии Караханидов. Однако хан вернулся со свежими войсками и полностью разгромил силы Саманидов, взяв в плен многих военачальников. Мунтасир снова бежал в Хорасан, однако новая надежда на поддержку еще раз привела его в Бухарский оазис.
Последняя попытка захватить власть потерпела фиаско, потому что незначительные силы, имевшиеся в распоряжении Мунтасира, оставили его, и в конце концов лагерь Мунтасира был окружен, а его брат и главные приверженцы попали в плен. Самому Мунтасиру каким-то образом удалось спастись. Несостоявшийся эмир нашел убежище у одного из арабских племен в окрестностях Мерва, однако в 1005 г. эти арабы убили его – согласно некоторым источникам, по приказу газневидского правителя этих земель. Так умерла последняя надежда Саманидов, и, хотя члены рода продолжали проживать в Бухарском оазисе, они больше никогда не занимали высокого положения. Так завершилась эпоха Саманидов.
Саманиды были побеждены превосходящими силами, однако обстоятельства, приведшие к падению последней иранской династии Средней Азии, заслуживают отдельного изучения, после чего можно будет дать оценку их последствиям. Если обратиться сначала к военной стороне вопроса, то тщательное изучение источников дает представление о слабости, свойственной всем армиям, или военным институтам, того периода. Если в начале X в. народная армия, состоящая из всевозможных слоев населения, не являлась чем-то необычным, то к концу того же столетия уже повсюду преобладала армия профессиональная. Народные войны против неверных тюрков в Средней Азии подошли к концу. Священная война с внутренними еретиками могла вызвать лишь вялую поддержку, поскольку ересь более не являлась угрозой для исламского общества, ставшего единым и не подверженным угрозе со стороны внешних врагов-язычников. К 1000 г. подавляющая часть населения Ирана и Трансоксианы являлась мусульманской, по крайней мере на деле, даже несмотря на то, что многие были склонны придерживаться взглядов, противоречивших догматам ортодоксального суннизма.