В 995 г. Фаик и Абу Али прослышали, что Нух вернулся в Бухару и что Себук-тегин, оставив в Нишапуре Махмуда, возвратился в Герат. Неожиданным нападением они вынудили Махмуда оставить столицу Хорасана. Затем оба искали возможности помириться с Нухом, вероятно надеясь таким способом разделить их с Себук-тегином. Этого не удалось, и в июле 995 г. возле Туса произошло еще одно сражение, которое завершилось полным разгромом Фаика и Абу Али. На этот раз они бежали в Хорезм и снова попытались вымолить прощение Нуха. Эмир пожелал простить Абу Али, но только не Фаика. Однако события в Хорезме изменили сложившуюся картину.
Хорезм был поделен на две части; южной правила династия Хорезмшахов, а северная управлялась в то время эмиром Ургенча (Гурганджа после арабского завоевания. –
Фаик бежал к Наср-хану, караханидскому преемнику Бугра-хана, где принялся строить интриги с целью настроить его против Нуха. Однако Наср-хан заключил мир с Нухом и Себук-тегином, в результате чего Фаик был не только прощен, но и назначен Нухом правителем Самарканда. Себук-тегин оставался правителем всех провинций южнее Амударьи, тогда как Караханиды контролировали большую часть территорий севернее реки. В 997 г. умерли не только Нух и Себук-тегин, но также Фахр аль-Даула и Мамун, незадолго до этого ставший единоличным правителем Хорезма.
Нуху наследовал его сын, Абул-Харис Мансур, тогда еще ребенок. Склоки между его советниками привели к приглашению несколькими министрами Мансура Наср-хана с просьбой вмешаться в дела Бухары. Караханиды подошли к Самарканду и отправили своего союзника, Фаика, на Бухару. Мансур оставил город, но Фаик заявил о дружеских намерениях, и эмир вернулся в Бухару; однако довольно скоро стало очевидным, что настоящим хозяином положения являлся Фаик.
По смерти отца Махмуд оказался вовлечен в борьбу за трон Газны со своим братом Исмаилом. Поэтому он оставил Хорасан, и эмир Мансур назначил наместником в Нишапур своего военачальника Бектузуна. Когда Фаик вернулся в Бухару, он подговорил Абул-Касима Симджури, брата Абу Али, вернуться из Рея, где он находился у Байидов. Борьба между Бектузуном и Абул-Касимом закончилась победой первого, но был заключен мир, и за Бектузуном остался Нишапур, а Абул-Касим получил в управление Герат и Кохистан. Махмуд, после восстановления на троне Газны, возвратился в Хорасан, дабы возвратить себе оставленный им же пост наместника. Он захватил Нишапур, и Бектузун укрылся в Бухаре.
Фаик и Бектузун объединили силы, решив отстранить Мансура. Они свергли и ослепили эмира в феврале 999 г. и возвели на трон его младшего брата, Абд аль-Малика. Вслед за этим Махмуд Газни отверг всяческую вассальную зависимость от дома Саманидов и в пятничных молитвах заменил имя саманидского эмира на аббасидского халифа, Кадыра. В конце апреля 999 г. в Мерве Махмуд разгромил армии Фаика и Бектузуна. Добившись повиновения от местных правителей Чаганиана и Гархистана, он назначил своего брата Насра на пост наместника Хорасана. Центр власти сместился из Бухары в Газну.
Во время подготовки новой экспедиции против Махмуда умер Фаик. Караханидский хан решил положить конец правлению Саманидов и осенью 999 г. двинулся на Бухару. Попытки саманидского правительства поднять жителей Бухары против Караханидов рассказаны очевидцами и записаны в исторической книге некоего Хилаля аль-Саби, и это заслуживает того, чтобы быть приведенным здесь.
«Произошло это в Бухаре, в то время, когда подошли армии хана. Саманидские проповедники взо шли на минбары (кафедры) мечетей и призвали народ записываться в войско, говоря от имени Саманидов: «Вам известно, как хорошо мы относились к вам и какими сердечными были отношения между нами. Сейчас нам угрожает враг, и ваша святая обязанность – прийти на помощь и сражаться на нашей стороне. Так молите же милости Божией, дабы он помог нам». Тогда большинство горожан Бухары, как и всей Трансоксианы, носило оружие. Услышав такой призыв, простолюдины обратились к судьям на предмет участия в сражении. Судьи разубедили их, говоря: «Если бы сторонники хана отличались от вас вероисповеданием, то вашим долгом было бы выступить против них. Но поскольку предмет спора является мирским, ни один мусульманин не имеет права рисковать своей жизнью и участвовать в кровопролитии. Эти добропорядочные люди (то есть враги) являются правоверными, поэтому будет лучше держаться в стороне от битвы». И это стало одной из главных причин победы Ханидов, поражения Саманидов и исчезновения их империи. Ханиды вошли в Бухару, где вели себя достойно и обращались с населением доброжелательно».