Осенью 1906 года смертельно заболел Афанасий Иванович – у него обнаружился нефросклероз, т. е. поражение почек в конечной стадии гипертонической болезни с разрастанием соединительной ткани и с исходом в уремию, т. е. тяжелое самоотравление организма. Нефросклероз может быть также следствием злокачественной опухоли. Сегодняшняя медицина с ее средствами диагностики и лечения, выявив на ранней стадии болезнь, приведшую к нефросклерозу, могла бы спасти отца писателя, как и его самого, умершего от той же болезни еще совсем не в старом возрасте. В крайнем случае продлить жизнь отца и сына Булгаковых могла пересадка почки. Но тогдашняя медицина оказалась бессильна.
11 декабря 1906 года Афанасий Иванович был спешно удостоен степени доктора богословия. Одновременно совет академии возбудил ходатайство перед Священным синодом о присвоении ему звания ординарного профессора, которое было удовлетворено 8 февраля 1907 года. На следующий день А. И. Булгаков подал прошение об увольнении со службы по болезни, а 14 марта скончался.
Семье была назначена пенсия в 3000 рублей в год. Будучи доцентом, Афанасий Иванович получал 1200 рублей и столько же в должности цензора. После смерти отца положение Булгаковых в материальном отношении даже улучшилось, что, конечно, не могло и в малой степени облегчить боль утраты.
18 августа 1900 года Михаил был зачислен в приготовительный класс второй гимназии, который окончил «с наградою второй степени». А 22 августа 1901 года его приняли в первый класс знаменитой первой Александровской гимназии. Булгаков так запечатлел ее в «Белой гвардии»: «Стовосьмидесятиоконным, четырехэтажным громадным покоем окаймляла плац родная Турбину гимназия. Восемь лет провел Турбин в ней, в течение восьми лет в весенние перемены он бегал по этому плацу, а зимами, когда классы были полны душной пыли и лежал на плацу холодный влажный снег зимнего учебного года, видел плац из окна… По бесконечному коридору и во второй этаж в упор на гигантский, залитый светом через стеклянный купол вестибюля шла гусеница… На кровном аргамаке, крытом царским вальтрапом с вензелями, поднимая аргамака на дыбы, сияя улыбкой, в треуголке, заломленной с поля, с белым султаном, лысоватый и сверкающий Александр вылетал перед артиллеристами. Посылая им улыбку за улыбкой, исполненные коварного шарма, Александр взмахивал палашом и острием его указывал юнкерам на Бородинские полки. Клубочками ядер одевались Бородинские поля, и черной тучей штыков покрывалась даль на двухсаженном пространстве».
Писатель Константин Паустовский, учившийся вместе с Булгаковым, вспоминал: «Булгаков был старше меня, но я хорошо помню стремительную его живость, беспощадный язык, которого боялись все, и ощущение определенности и силы – оно чувствовалось в каждом его, даже незначительном слове. Булгаков был переполнен шутками, выдумками, мистификациями. Все это шло свободно, легко, возникало по любому поводу… Почти всегда в первых рядах победителей был гимназист с задорным вздернутым носом – будущий писатель Михаил Булгаков. Он врезался в бой в самые опасные места. Победа носилась следом за ним и венчала его золотым венком из его собственных растрепанных волос. Оболтусы из первого отделения боялись Булгакова и пытались опорочить его. После боя они распускали слухи, что Булгаков дрался незаконным приемом – металлической пряжкой от пояса. Но никто не верил этой злой клевете, даже инспектор Бодянский…» Однако серьезных неприятностей все эти шалости Михаилу не принесли.
8 июня 1909 года Михаил Булгаков получил аттестат зрелости. Высших оценок он удостоился по двум предметам – Закону Божьему и географии. Знание Библии пригодилось автору «Мастера и Маргариты». В «Белой гвардии» и «Днях Турбиных» Булгаков перенес действие в здание Александровской гимназии. Именно там располагается артиллерийский дивизион, куда вступают добровольцами его герои. Ни в каком артиллерийском дивизионе Булгаков никогда не служил, и в те декабрьские дни 1918 года часть, куда он пошел добровольцем, не располагалась в Александровской гимназии. Но Михаилу Афанасьевичу очень нужно было перенести кульминацию действия своего любимого романа именно в этом здании, с которым было связано столько светлых и забавных воспоминаний.