Первого мая началось генеральное сражение, поляки атаковали, но успеха не добились, русские войска стояли крепко, чему немало способствовала артиллерия. Шуйский, презренный трус, не дожидаясь исхода сражения, приказал увозить пушки. А они представляли главную огневую силу. Началось общее отступление. Конница поляков и казаки преследовали армию Шуйского двадцать вёрст, до засеки. Потери при отступлении были тяжёлые. Дмитрий Шуйский вернулся в Москву с жалкими остатками войска. Это вызвало тревогу и панику в Москве. Царь решил, что самозванец движется к Первопрестольной по коломенской дороге, двинул туда спешно собранную рать. Но Дмитрий и поляки пошли западнее, через Козельск, Можайск, Звенигород. Появились всего в пятнадцати верстах от столицы, остановились в Тушино, потом переместились в село Тайнинское. Царь спешно послал гонца, и рать московская успела вернуться в столицу. Поляки отделились от самозванца, в Тушине стали укреплять лагерь – копали рвы, вбивали колья. Ружинский ожидал подхода помощи – отряда пана Лисовского в тридцать тысяч войска. Однако пан Лисовский с отрядом двигался южнее, через Михайлов, Зарайск и Коломну, а навстречу ему вышла рать князя Куракина. Битва случилась на берегу Москвы-реки, у Медвежьего Брода. Ожесточённое сражение шло весь день. Войско Лисовского частично было разбито, частично рассеяно. Остатки отряда Лисовского бежали в Тушино, бросив все пушки, обозы с огненными припасами. В 1608 году саму Москву защищал государев полк, служилые люди из Великого Новгорода, Пскова, казанские и мещёрские мурзы, числом всего тридцать тысяч человек, да ещё горожане.
В июне, четырнадцатого дня, государев полк вышел на Ходынку, встал на берегу реки Пресни. Начались стычки сторожевых дозоров. Гетман Ружинский 25 июня решил атаковать. Тушинцы вышли из лагеря до рассвета, в тумане и полной тишине обрушились на русских ратников, ночевавших в шатрах, смяли их и гнали до Ваганькова. Государев полк, соединившись с отступающими, перешёл в контратаку. Сеча была ожесточённая, никто не хотел уступать, и большие потери понесли обе стороны. Наступило временное затишье. Поляки ждали подкрепление. В сентябре 1608 года царь послал 15-тысячное войско под командованием Ивана Шуйского к Троице-Сергиевой лавре, против отряда Сапеги. Рати встретились под деревней Рохманцево, русские были разбиты полностью. Авторитет царя пал низко и окончательно во многом благодаря своим бездарным родственникам. Из Москвы стали отъезжать служилые люди и бояре. По образным словам современника, «царь оказался подобным орлу без перьев, клюва и когтей», и власть его ограничивалась стенами Москвы. Верными Москве остались Коломна, Переславль-Рязанский, Смоленск, Нижний Новгород, Казань и Устюг. В октябре 1608 года к Коломне подошли отряды панов Хмелевского, Мюцкого и Бобовского. Но в Коломне стоял сильный гарнизон. Рать под командованием князя Семёна Прозоровского и думного боярина Василия Сукина вышла из города и в открытом бою разбила поляков. Поляки повторили атаку в ноябре, но рать снова разбила польско-литовский отряд.
Крупные силы поляков приковал к себе Троице-Сергиев монастырь. Осада его началась в сентябре 1608 года. Русский воевода Долгоруков-Роща и три тысячи ратников, а также дворянин служилый Голохвастов вместе с монастырской братией держали оборону. Сапега и Ружинский вынуждены были держать вокруг монастыря 20 тысяч воинов.
Твёрдо стоял Смоленск, гарнизон которого возглавлял смелый и удачливый воевода Михаил Борисович Шеин. В Смоленске насчитывалось две тысячи стрельцов, да конных 300 человек, да 100 детей боярских. Не только отсиделись за крепкими стенами, но и вылазки делали, беспокоя и уничтожая поляков. Нижний Новгород оборонял воевода Алябьев. Город большой, стрельцов всего 750 человек, да ещё пушкари. Войска Царика при поддержке пана Лисовского город штурмом взять не смогли. А когда подоспела помощь из Казани, сами в наступление перешли.
В феврале 1609 года боярин Василий Голицын, братья Ляпуновы и дворянин Симбулов предприняли попытку свергнуть царя, созвали народ на лобное место Троицкой площади, как в то время называлась ныне Красная, стали хулить царя. Силой привели патриарха Гермогена. Но тот низложению царя воспротивился, де – помазанник Божий, из рода Рюриковичей. Народ за Голицыным и Ляпуновыми не пошёл, Ляпуновым припомнили службу у Болотникова.