По докладу попечителя об этом инциденте министр ограничился распоряжением сделать студентам новое внушение, не приняв более жестких мер, вероятно, лишь потому, что в это время в «Современнике» появилась уничтожающая статья Н. А. Добролюбова о сочинении Берви «Физиологический и психологический взгляд на начало и конец жизни» и о его авторе.
Берви вынужден был уйти в отставку.
В начале 1859/60 учебного года студентам было объявлено «высочайшее» повеление, не позволяющее в аудитории никаких выражений одобрения или порицания профессорам. Как раз в это время возвратившийся из заграничной командировки профессор Булич приступил к чтению лекций по истории русской литературы, вызывавших восторг слушателей. Они «возобновили прежде существовавшее аплодирование». Инспектор потребовал прекращения аплодисментов, но и в его присутствии аудитория аплодировала. Тогда на лекцию Булича явился помощник попечителя. Студенты также аплодировали. Созданная для расследования комиссия решила исключить восемнадцать студентов. Но после этого к ректору немедленно явилось 137 студентов с прошением об увольнении их и о переводе в другие университеты. Угрозами о неизбежных последствиях такого «бунта» ректору и попечителю удалось заставить большую часть студентов взять свои прошения обратно, но вся эта история была сообщена министром самому царю. Александр II написал на докладе: «Весьма жаль, но делать нечего», однако попечитель округа Е. А. Грубер был уволен, и на его место назначен сын известного поэта, князь П. П. Вяземский, имевший репутацию либерала, а Булич, заподозренный во вредном направлении мыслей, был отстранен от должности и прикомандирован к министерству.
Ректор университета О. М. Ковалевский, в связи с этими событиями, был также смещен, а на его место Вяземский представил Бутлерова, самого молодого из профессоров, надеясь, что ему, любимцу студентов, удастся водворить спокойствие в университете.
Александр Михайлович принял последовавшее 4 февраля 1860 года назначение, надеясь при поддержке своей группы положить начало новой академической эре в университете. Ректорские обязанности должны были помешать его научной работе, в связи с назначением ему пришлось отказаться от обещанной ему вторичной поездки за границу. Вяземский считал, что ректору неудобно покидать университет в столь беспокойное время.
Консервативная часть профессуры в совете университета оставалась численно более значительной, чем возглавляемая Бутлеровым. Александр Михайлович хорошо понимал, что она сильна не только численностью, но и тем, что опиралась на поддержку начальства. Он решил искать опору в общественности, где явно назревала оппозиция правительству. С этой целью он поставил на обсуждение совета следующее заявление:
«Нельзя не заметить и не радоваться, что в настоящее время сочувствие между университетами нашими и обществом становится все более и более ощутительным. Общество более участия оказывает стремлениям университетов, сильнее интересуется тем, что происходит в их стенах. Способствовать всеми силами упрочению этой связи — задача, стоящая внимания членов университета. Будучи передовыми деятелями на пути отечественного просвещения, стремясь неуклонно и честно к своей цели, университеты с полным доверием могут передавать свои побуждения и действия на суд общественного мнения. Каковы бы ни были замечания, которые они могут вызвать, замечания эти будут служить на пользу и университетам и обществу».
Этот призыв к гласности не нашел отклика у реакционного большинства. Предложение Бутлерова о печатании ко всеобщему сведению протоколов заседаний совета было отклонено.
Менее чем через год, вскоре после отмены крепостного права, Александр Михайлович снова поднимает тот же вопрос, считая, что «ныне не будет лишним снова заговорить об этом предмете».
Повторяя свои прежние доводы в пользу гласности, Бутлеров заканчивает свое обращение твердой уверенностью, что «каждый шаг, подвигающий к гласности, будет шагом вперед; а таково было бы появление протоколов советских заседаний в печати».
На этот раз совет выразил полное сочувствие предложению Бутлерова и постановил ходатайствовать о разрешении издания «Университетского листка». В проекте издания, составленном Бутлеровым, Вагнером и Григоровичем, предусматривались два отдела — официальный и неофициальный, где предполагалось печатание статей об устройстве университетов и других учебных заведений, исторических и биографических материалов и т. д.
Однако в Петербурге проект не встретил сочувствия. Министерство уведомило совет, что оно считает нужным «отложить до времени» издание «Университетского листка».