Хранящиеся в архиве Казанского университета постановления совета за время ректорства Бутлерова дают представление о том, как был отзывчив Бутлеров на все вопросы, волновавшие русскую общественность. Руководимый Бутлеровым совет решительно защищал самый широкий доступ женщин в университеты. Обсуждая вопрос о реорганизации среднего образования, совет выступал за уничтожение духовных училищ и низших классов семинарий, за «общее образование во всех сословиях», за учреждение «открытых», а не «закрытых», как проектировало министерство, учительских институтов. Препровождая в министерство свое мнение о новом университетском уставе, совет требует скорейшего проведения его в жизнь…
Немедленно по вступлений своем в должность Бутлеров поднял вопрос о возвращении Булича, и совет добился в конце концов его возвращения в Казань.
Наконец в апреле 1861 года Бутлеров входит в совет с заявлением, что «при настоящих условиях» он находит для себя неудобным нести обязанности ректора на прежнем основании, и, предполагая вскоре просить об увольнении его, предложил для «пользы дела» обратиться в министерство с просьбой о возвращении университету права избрания ректора.
Это предложение было принято, и в министерство было послано подробно мотивированное обращение.
Намерение Бутлерова просить о своем увольнении было вызвано не только неприятным сознанием, что он является ректором по назначению, но и столкновением со студентами.
В конце 1860 года по требованию студентов прекратил чтение лекций Ф. А. Струве (1816–1884), профессор римской словесности и древностей, датчанин по происхождению, очень плохой и скучный лектор. Однако в январе следующего года он возобновил лекции. Перед началом лекции студенты вновь высказали пожелание, чтобы он оставил кафедру. Струве отказался вступить в объяснения. Шумом, свистом и криками студенты заставили его уйти из аудитории. Инспектор предложил студентам самим назвать виновных. Виновными признало себя такое количество студентов, какого не могла вместить и аудитория, в которой произошел инцидент.
Александр Михайлович обратился к студентам с довольно резким выговором, указывая главным образом на грубость и бестактность их поведения. Права аудитории выражать свое мнение о достоинствах или недостатках лектора он не касался.
— Разве вы не могли найти других средств для того, чтобы выразить ваши пожелания? — говорил он, указывая на «невоспитанность» и «недостойное молодежи» поведение студентов.
Выговор всеми любимого и уважаемого профессора был воспринят необычайно остро. Аудитория обратилась к Бутлерову с большим письмом, сохранившимся в архиве университета. Студенты писали, что «выговор» Бутлерова, его упрек «в грубости и невоспитанности» «ударил их, как обухом по голове», что они, конечно, знали о других способах для выражения своих пожеланий, но не могли сдержать своего негодования при отказе Струве объясниться с ними.
В заключение студенты добавляли, что они, разумеется, понимают, что Бутлеров действовал по обязанности ректора и «выражал не свое личное мнение, произнес не свои слова».
Видимо, студенты все же мало знали своего ректора, предполагая, что он мог говорить не свои слова. Всякая грубость, всякая резкость так были ему самому несвойственны, что порицал он грубость и «невоспитанность» в других совершенно искренне. В его глазах студенты роняли свое достоинство, выступая так хотя бы и в защиту своего права.
В результате этой истории пострадали двое студентов, исключенных из университета по распоряжению министра, и сам Струве, которому министр через попечителя поставил «на вид отсутствие благоразумия и такта в действиях», после чего Струве вышел в отставку.
Последовавшие вскоре события, в связи с известным восстанием крестьян в селе Бездна, сделали положение Бутлерова в университете еще более трудным.