За первым столкновением последовали другие, в которых возглавляемое непременным секретарем реакционное большинство руководствовалось интересами «немецкой партии», презиравшей и русскую науку и русский народ, а Бутлеров отстаивал свой взгляд на значение и обязанности Академии, вытекавшие как из существа дела, так и из его чувств русского патриота.
Устав гласил, что «Академия наук есть первенствующее ученое сословие в Российской империи», что «Академии предлежит обращать труды свои непосредственно в пользу России», что «Академии предоставляется право избрания на открывающиеся места академиков и адъюнктов», причем
Ознакомившись с требованиями устава и существующими академическими порядками, Бутлеров увидел, насколько действительность не соответствовала декларируемым намерениям. Следуя уставу, Академия наук должна была бы пополнять свои ряды достойными работниками, и лишь недостаток достойных ученых мог бы извинить существование в Академии вакантных мест. А между тем эти места оставались незамещенными, хотя русских ученых, имевших все права на избрание, было немало. Внеакадемическая общественность признавала за этими учеными их права, а Академия молчала, как бы не замечая того, что, по самому существу своих обязанностей, она должна была видеть, знать и признавать. Непризнание русских ученых «первенствующим ученым сословием Россия» казалось тем более странным, что устав давал Академии право избирать в свою среду отличных ученых, «хотя бы и не было вакансий». Как младший член Академии, Бутлеров не сразу решился высказать большинству свои мысли; вскоре он убедился, что откровенность была бы излишней, не имеющей никаких шансов на сочувствие. Бутлеров решил молчать до случая, хотя положение дела в Академии было ясно: заслуженных отечественных ученых Академия, в лице своего большинства, не желала признавать.
В конце 1872 года в Академии состоялось присуждение «премии К. М. Бэра» дерптскому ботанику Эдмунду Руссову. Большинство комиссии, присудившей премию, отдало предпочтение сочинению, написанному на немецком языке, перед работой профессора И. И. Мечникова, несмотря на обоснованный протест членов комиссии: выдающегося ботаника академика Н. И. Железнова (1816–1877) и известного физиолога академика Ф. В. Овсянникова (1827–1906). Они считали более справедливым присудить премию Мечникову. Особенно же резко возражали они против обращения большинства комиссии — академиков Брандта, Шренка, Штрауха и Максимовича — к берлинскому ботанику Александру Брауну с просьбой дать разбор сочинения Руссова. Бутлеров присоединился к этому протесту, хотя и не мог судить о деле по существу. Обращение за мнениями к иностранным ученым, когда есть не менее заслуженные свои, он назвал «оскорблением» и «унижением» российского «первенствующего ученого сословия».
«Если и было время, — писал по этому поводу Бутлеров, — когда обращение к иностранным авторитетам по естествознанию, для решения наших домашних дел, было позволительно и оправдывалось необходимостью — недостатком русских натуралистов, могущих быть судьями, то необходимость эта уже миновалась, и мы, Русские, не без гордости, можем указать на работы, вполне доказывающие, что естествознание стоит теперь в России достаточно твердо на собственных ногах».
Попытки поднять вопрос о неправильности присуждения премии не имели успеха. По тогдашним правилам, биологический разряд, составляющий комиссию, решал вопрос окончательно, сообщая Академии свое решение только для сведения. Присуждение состоялось, о чем было заявлено в публичном заседании Академии 7 февраля 1873 года. По поводу этого присуждения появилось в газете «Голос» письмо профессора Петербургского университета, впоследствии ректора его, известного ботаника, учителя К. А. Тимирязева, А. Н. Бекетова (1825–1902). В этом письме Бекетов также рассматривал отсылку сочинения Руссова за границу для рецензии как «действие оскорбительное для русских ученых» и ничем не оправданное. Бекетов указывал, что между русскими ботаниками есть заслуженные люди, что игнорирование этих ученых с их трудами более чем странно, что между ними Академии нетрудно было бы найти достойного сочлена и что, наконец, Академия, не открывая конкурса на адъюнктуры, уклоняется от исполнения требований устава и лишает отечественных ученых возможности предъявить свои права на вход в Академию. Вслед за письмом А. Н. Бекетова появились в «Голосе» заметки А. О. Ковалевского и И. И. Мечникова. Первый разбирал дело по существу, а второй, будучи сам конкурентом, разбирал его только в отношении к правилам премии. Оба находили, что большинство комиссии действовало неправильно.
Эти письма передовых русских ученых привлекли внимание к жизни Академии не только специалистов, но и всего русского общества.