Вопрос из стел Академии вышел на страницы газет. В защиту комиссии, присудившей премию, выступил академик К. И. Максимович. Возражая профессору А. Н. Бекетову в «С.-Петербургских ведомостях», он, между прочим, писал, что письмо Бекетова преисполнено самых резких выпадов против всего физико-математического отделения Академии наук. Будучи членом того же отделения, Бутлеров обратился с письмом к тем же «С.-Петербургским ведомостям», заявляя, что физико-математическое отделение в полном своем составе и, в особенности, члены его, не принадлежащие к биологическому отделу, не считают возникшую полемику относящейся к ним, так как они в обсуждении вопроса не участвовали вовсе.
Снимая с себя ответственность за тот способ действия, который он считал неправильным, Бутлеров окончательно утратил благорасположение академического большинства, что ему и дали немедленно почувствовать. В ближайшем собрании Академии Веселовский в очень резкой форме обратился с выговором к академику Железнову за то, что Железнов в заседании ботанического отделения Общества естествоиспытателей порицал большинство академиков-биологов
«Не только за самого себя, но и за г. непременного секретаря я был тогда рад, что допущенная им резкость касалась не меня!» — писал по этому поводу Александр Михайлович.
В связи со всем происшедшим научная общественность напомнила академическому большинству биологического разряда, что в их рядах нет крупнейших русских натуралистов-ботаников: Л. С. Ценковского (1822–1887) и А. С. Фаминцына (1835–1918). Права их на академическое место по ботанике не могли подлежать сомнению.
Бутлеров и Овсянников решили воспользоваться правом ординарных академиков представлять к избранию кандидатов в действительные члены Академии, по «взаимному соглашению известного числа ординарных академиков, не ниже трех, преимущественно принадлежащих к тому разряду, в который должен поступить предлагаемый кандидат». Так как Овсянников принадлежал к биологическому разряду, куда относилась и ботаника, Бутлеров совместно с ним возбудил вопрос об избрании в Академию профессора Фаминцына. Считая неделикатным и неправильным не предупредить об этом специалиста по ботанике К. И. Максимовича, Бутлеров переговорил с ним, в надежде, что Максимович предпочтет взять на себя принадлежащий ему по справедливости почин в этом деле. Но Максимович отказался. Бутлеров и Овсянников обратились к президенту Академии за согласием, которое по уставу было необходимо для представления. Этого согласия они не получили именно на том основании, что специалист-ботаник не участвует в представлении.
Тогда Бутлеров и Овсянников обратились к Максимовичу с предложением выдвинуть кандидатуру Л. С. Ценковского. Из разговора выяснилось, что Ценковский не желает вступать в Академию и предполагает предложить к избранию не Фаминцына, а товарища и друга Фаминцына, естествоиспытателя М. С. Воронина (1838–1903). Было при этом однакоже условлено, что в случае отказа Воронина будет представлен Фаминцын.
Воронин отказался от сделанного ему предложения, и К. И. Максимовичу оставалось только исполнить то, что он обещал. Профессор Фаминцын был, наконец, предложен и выбран в адъюнкты Академии по ботанике, через восемь лет после того как освободилась вакансия!
Прямота и принципиальность, с которыми Бутлеров отстаивал дело русской науки, поставили его во главе «русской партии» в Академии. Она составляла академическое меньшинство, которое, однако, поддерживала вся передовая общественность.
Осенью 1874 года Бутлеров и Зинин решили попытаться ввести в Академию Д. И. Менделеева. Право его на место в русской Академии наук трудно было бы оспаривать. В это время в Академии имелись только адъюнктские вакансии, и решено было, согласно тогдашним академическим обычаям, предложить кандидатуру Менделеева в адъюнкты по химии. Прежде всего требовалось, чтобы физико-математическое отделение признало возможным предоставить химии одну из свободных адъюнктур. В этом, казалось, трудно было встретить отказ. Академия имела и прежде троих, а иногда и четверых представителей химии, а, кроме того, по уставу разрешалось «-присоединять к себе достойных ученых» даже ординарными академиками, «хотя бы и не было вакансий». Посоветовавшись с Бутлеровым, Зинин все же счел необходимым запросить непременного секретаря о том, следует ли им представлять Менделеева прямо или надо сначала, не называя лица, поднять вопрос о предоставлении химическому разряду адъюнктского места?
Веселовский, подумав, посоветовал сделать представление прямо, указав лицо. Совет этот настолько не вязался с ожидаемым противодействием со стороны «немецкой партии», что Зинин не ограничился разговором с непременным секретарем, а вместе с Бутлеровым обратился по тому же вопросу к одному из тех академиков, мнение которых наверное не могло быть противоположно мнению Веселовского. Но и он указал тот же путь прямого представления, прибавив, что вопрос о месте возникнет сам собою.